HsaINT0120863 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000185630 | PBX1
Description
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Coordinates
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Seq C2 exon
GCTAATGGAGGTTGGCAGGATGCTACTACCCCTTCATCAGTGACCTCCCCTACAGAAGGCCCTGGCAGTGTTCACTCTGATACCTCCAACTGATCTCCCAGCAATCGCATCCCGGCTGACCCTGTGCCCCAGTTGGGGCAGGGGCAGGAGGGAGGGTTTCTCTCCCAACGCTGAAGCGGTCAGACTGGAGGTCGAAGCAATCAGCAAACACAATAAGAGTCTCCTTCTCTTCTCTTCTTTGGGATGCTATTTCAGCCAATCTGGACACTTCTTTATACTCTCTTCCCTTTTTTTTCTGGGTAGAAGCCACCCTTCCCTGCCTCCAGCTGTCAGCCTGGTTTTCGTCATCTTCCCTGCCCCTGTGCCTCTGTCCTAGACTCCCGGGGTCCCCGCCCTCTCTCATATCACTGAAGGATATTTTCAACAATTAGAGGAATTTAAAGAGGAAAAAAATTACAAAGAAAATAATAAAAGTGTTTGTACGTTTTCATGCTGGTGGTTTGAGGAGCCAAATTTACCTCACTCGAATCCCTCACTCCCTATGTTAACAGGCAATCCTTCTCTGTTTCTCTTATTACTCTCACTACCTCTTAGCAGGAATACTCCACATTGCCCTATTCATTCCAGGCCTCCCTGCTTCCTCTTGCTCTTCCTCCCTGGGGACAGTACTGATTGGAACACTTTCCTCCTCTTCCTTCCTAGCCCCAGCTATTCACTGGGGACTGTCATAGCTGGGATTCTAAAGGTGCCACATTTTTCAGTTTCATCTCCACTAGGTTGGTTCCCGGGCAGGAAGTCAGGCAGCAGGGAAGGACACGGGAACAGCAGGTGGAGAATTCCTACAGTCTTTCTTACCCTGCTAGCAATAGCTCTCAGTTTCAGAGGCACAGTCTTTGGAGACCATTCAGCACTGAGAAAGCAATATTTAGAACCTATTGCAAAACTGGGCCTGAGTTAGGCATGGTGATGAATGCATCAGCAAGGAATAGAAAGTTCTTATCGTGAAACCCTTCAACCTCAACTATGCCTTCATAGACACACACGTTCATGCACATGTAGGCACATGTACCATCTCACATCTTCACTTTCCCGAGATGCCATATACAATTACCTACATTAATAACTGTAGCACTATGCCTTTTGAGCCCGAGAGAGGGAATTAGTGACTCTAAGTGAAGGTCACTGACACAGAGAAGCAGTATGTGTCTGGGGCTTCCAGGACCTGCAGGCCCACTAGCGTGCACTTACCAGAATGGCATACACAGGACCTGATCATGAGGAAGACCAGGTTTCCAGTGTAAACTACTCTTGTTCCCACCACCTCTGGAGCACTCAGGGAGCCCCATACAGTACTTACAATGTCTTTAATGGACTTGATTCTGTTTAATTTTTTGTTTTATATTAGGCACACTGTATTAATTTTCCAAAATGTTATACCACACTATGTTCTTGGTCCTGACCTATTGCTCTGGAGGAAAGAGTTGTATAAGAACGTGGCTCATGTGAACTTTTGCTAGCTTCATTTGAGGACCTGAGAATCATGGGGAAAGGGAAGGTAATGTTTTCATTGAAATCATCACAGTGATTTTTATTCCCTGGGAACACAGCGTGTACTAAAAATACATGAGAAAATAGCATGTATATGAAAGCTATTCTCAAAAGTCACCTGAGCTCACCATCTTCATAGCCAACCCTACCAGTTATAAAGATGGCAGCTCTATCACTTGATTAAGTGGGAGGTGGTCAAATATTTTGGTGCCTCATTTTCTTCATCTGTGAGATGGGAACTGTTATGCCTGGCTTACTAAGAGTCTTGTGAGAGACTGAGAAGTTGATTTTGTTCATATCCAATCTGTAAATGCGAAGTCAGGGGAAGTAATGTCCCTGAAATAAACGGGTTCATGCCATCTAGGGACAATAAATGGTTTTCTTGTTGTAACTTCTGGTTAATATCAGTACCTTGATGTCATCACCGTGATGACAAAGAGAAGAGTTATTGTTGATCTTCTTGGTTTTGGTCTGTCTCTTTTCTTAGGATAAAGAAAAACTTCCAAACTAGAAAAACAGGCCCTGGTTCCCTTAGTTTGCACTTGAACCCAATATGTTGCCTTGTACATACTTGGTCCCTGTCACATTGACTGCTTGGGAGGCTTCCAGGGAGAAGTATGAGACCCTGAGGGGTGAGAATGGGCAGCTAGCAAGAACATGGAAATTCTGCTTGGCACTACAGTCATAAATAGAAAACACTGTGTGTGCTCAGGGGAGCAGGGGATGCCACTGAAGAAACTCAAGGGAATGTGTATTTGAAGGAAATGCAAAAACTAAGTATTTAGCAAAATGAAATTATGCCTTGATGACTAAAAGGCACTAGAAAGGTTGTGTCTACTAACTTCAGCCCTAATCAGAACAGATGCCTAGAAGGAGCATTTTTGTGACAACTTCATAGTGATTAGAATCAGTGGAGAACTCCATCTTAGTGGCAGGAATATAATGAAACTACCCACGCAAGAACATGGTTGAATCACATTTGCTTGACTTAGGGCAAAGTACGAAAGAGAGACAAAAGGGTTCTCTTGGAAACAAGAAGAGTGACTCCAGATGTGGCCTGAATAATTGCCATGTTAAGTTAATGCAAAAGATCAGAACAGGGCTACATTTGCACAGGCAGTTTCTCTCCGGGCCGTAGTTTTCACTGATGATCACCTTTCACAGCATTTTCCCCAACCAGCATTTCACTTAGTCTTCTCTATACCCAGCACCTCCCCCGGCACCCCCGGCAAGCCCACTATCACTTCCGACTTCCAACGTGGCATCCGTGAGATCTGTCCACATTAGGCGAAGCAGGAGAACACTGAGAGCAGCAGGATGGGTTTGGAAAGAGCATGCCTCTGGAAACACAGCTTCCTGGGAATTCACATGAGGCCAGTCCTACAGAGAGCAAGATGCACCCCAGGATTTCTTCATTTTCTAATAGATGTGGGAGTGCTCCATTTTCCCCGACAGCGAATTTCCCCTGAGAAACGATACTAGACCCTGGGTTTGCCCACCTTGTAACTCTTCCTTATCTCCTCCTTTTCATCCCTAATCCATCCTCCCTCTGGCATGGAATTGACGCCCGTGCAGTACATTTGCCAAGTGGCACCTTCTTTCAATTTATGTTTTATTTTGCTATGGTGGTGATTCTTTATTTGCTGGTTGTCTTTTCTCACACATCTTTCTCTCTGTCTCTCTCTTTCCTGCTCTTTGTTTTTCTGCCCAGAAAAACCTGACTTCGATACCAAAAAAGATGAAACTACAGAAACTCAAATTTAAAAAAAACTTTAAAAGAAACAAAAAAATACTCAACGATTCTTTCAGCTTTATTAACATTTTCCATTGTTTCTTGCGACTTGTGTCTCGTTCTTTGTAGTATTGATGATGAACATTTGATAATGAATGTTCTTGTATATTCAGATAAAGAAAAAAAAAACCAAAAAAGCGGTCTGAATTTAATAGTGTTTATAATAAAAATTTTAAAAATGACCCTCATAGCACGCAAAACAGGATGGGGAATTTCCCCTCTTCTTTCTGTGACAATGCGCATCATTCCTGCATTAGTTTTTAACACCAGACTACCTACATTCATCATTTCCCTCATTTTTCTTTTATTTTCTTGCATTTGTGAATTAGTTCAAGAATGCTAGAAAAGTGTCGAGTTGTGCACATCCATTTCTTGTTTCACAATGTTTAAAAGTGACAGTAATTCATTTTGTAAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTTGGAATAGTGAGCATAATAGGTACAACCTAACACATTATTATGTTTATTAACTTTGAGACCCAGAAATAAATTCTTTTCTTTTCTTGATTCTTGCTCTTAAAAATACAAAAAAAAAAATGTTTTGTTTTGTGTTATTTTTGGTTTGTTTATTGGGGGGCTTTTTTTAATTGTCAGGATTATGATCTTGCTGTTTTTCTTCAATATGTATACAAGGTGATGTGAAAAGATGACTTGGGCAGAGGAGTAAGAACAAGTAGGCTTGTTCTTCTACTTTGCTTCAGAATTCAGTTAATGCCAAAAGCGAAGATCAAGCCCATGTTGATGTCTCGTTGCTCACCTGCATTTCCAGAGAGTGTGACACTCATGCAGTCCCTGAGAAAAATAAAATCAGGGACATACTTCTCCTTTTAGCCTTTTAAAAATTCAAAAACGTTTAGTCCAAGGGAACTTTTTATGCTATCAGGAAAGGTTTTTGCTGTTTTTGATTCTGATTATCACAGCCAAGTACTTTGTTTTATTTCTCCCTAATTAATAACTACATTCCATGAGGCCTCTTCCAACCAAAGAGGCCTTTTCTTCCAGGAGAGTCCCGCAGGAGATGCTGGTATGATGGGCACCATTGGTTAAGTAAACTACATGCAGGAAGAAGTCCTTGGGGCCAGTCTGCCAGCTGAGTCCTGGTTTTGGATGAAGAGTTAATGAGATATTGGGCCAGGCTCAATGCTGTAGTTTTAATGCTAAGAGGTTACGTTTACTTCACAGAGTACACCTCTTAGTAACCTCTGACTTAGGCAGCTGCTTAAAGCAAATTGCAAAACTGGCTTGATTTGGAATGTTTTTATTAGAGGAAAAAAGAAAGCCATATTATCTGGAAAAAAATTCATTTTAAATACCATCATTCAACAAATTATGTTCAGAAAGTGGTCAGAACTTAAGCAAGAAAAGTAAAGAAAGAATGCAGAATTGTGGAGCAATGCTTTAGGAAATATTTCTACCTGAACACTTGTACTCTTGAAGTCACAACAAAATAATGATGAGCTTTTCACATCACCTTTATGGTTTCAATCCCTAGCTCAAAGCTTCCTGGAATCTTTTATTTTTTGTAAACTTTTTTTTCTTTTGTTAAAATAAATAAAACATTCAATGTTTTTCTCCTTTTCTCTCTTATTACTTCTTTCCTTTGGCATTTTCAATTTGAAATGCTTTCCTTTGGTTGTTGGTT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000185630:ENST00000420696:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.624 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004624=Homeobox=PD(4.1=6.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development