HsaINT0120863 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000185630 | PBX1
Description
pre-B-cell leukemia homeobox 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:8632]
Coordinates
chr1:164790774-164821045:+
Coord C1 exon
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Length
24957 bp
Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
GCTAATGGAGGTTGGCAGGATGCTACTACCCCTTCATCAGTGACCTCCCCTACAGAAGGCCCTGGCAGTGTTCACTCTGATACCTCCAACTGATCTCCCAGCAATCGCATCCCGGCTGACCCTGTGCCCCAGTTGGGGCAGGGGCAGGAGGGAGGGTTTCTCTCCCAACGCTGAAGCGGTCAGACTGGAGGTCGAAGCAATCAGCAAACACAATAAGAGTCTCCTTCTCTTCTCTTCTTTGGGATGCTATTTCAGCCAATCTGGACACTTCTTTATACTCTCTTCCCTTTTTTTTCTGGGTAGAAGCCACCCTTCCCTGCCTCCAGCTGTCAGCCTGGTTTTCGTCATCTTCCCTGCCCCTGTGCCTCTGTCCTAGACTCCCGGGGTCCCCGCCCTCTCTCATATCACTGAAGGATATTTTCAACAATTAGAGGAATTTAAAGAGGAAAAAAATTACAAAGAAAATAATAAAAGTGTTTGTACGTTTTCATGCTGGTGGTTTGAGGAGCCAAATTTACCTCACTCGAATCCCTCACTCCCTATGTTAACAGGCAATCCTTCTCTGTTTCTCTTATTACTCTCACTACCTCTTAGCAGGAATACTCCACATTGCCCTATTCATTCCAGGCCTCCCTGCTTCCTCTTGCTCTTCCTCCCTGGGGACAGTACTGATTGGAACACTTTCCTCCTCTTCCTTCCTAGCCCCAGCTATTCACTGGGGACTGTCATAGCTGGGATTCTAAAGGTGCCACATTTTTCAGTTTCATCTCCACTAGGTTGGTTCCCGGGCAGGAAGTCAGGCAGCAGGGAAGGACACGGGAACAGCAGGTGGAGAATTCCTACAGTCTTTCTTACCCTGCTAGCAATAGCTCTCAGTTTCAGAGGCACAGTCTTTGGAGACCATTCAGCACTGAGAAAGCAATATTTAGAACCTATTGCAAAACTGGGCCTGAGTTAGGCATGGTGATGAATGCATCAGCAAGGAATAGAAAGTTCTTATCGTGAAACCCTTCAACCTCAACTATGCCTTCATAGACACACACGTTCATGCACATGTAGGCACATGTACCATCTCACATCTTCACTTTCCCGAGATGCCATATACAATTACCTACATTAATAACTGTAGCACTATGCCTTTTGAGCCCGAGAGAGGGAATTAGTGACTCTAAGTGAAGGTCACTGACACAGAGAAGCAGTATGTGTCTGGGGCTTCCAGGACCTGCAGGCCCACTAGCGTGCACTTACCAGAATGGCATACACAGGACCTGATCATGAGGAAGACCAGGTTTCCAGTGTAAACTACTCTTGTTCCCACCACCTCTGGAGCACTCAGGGAGCCCCATACAGTACTTACAATGTCTTTAATGGACTTGATTCTGTTTAATTTTTTGTTTTATATTAGGCACACTGTATTAATTTTCCAAAATGTTATACCACACTATGTTCTTGGTCCTGACCTATTGCTCTGGAGGAAAGAGTTGTATAAGAACGTGGCTCATGTGAACTTTTGCTAGCTTCATTTGAGGACCTGAGAATCATGGGGAAAGGGAAGGTAATGTTTTCATTGAAATCATCACAGTGATTTTTATTCCCTGGGAACACAGCGTGTACTAAAAATACATGAGAAAATAGCATGTATATGAAAGCTATTCTCAAAAGTCACCTGAGCTCACCATCTTCATAGCCAACCCTACCAGTTATAAAGATGGCAGCTCTATCACTTGATTAAGTGGGAGGTGGTCAAATATTTTGGTGCCTCATTTTCTTCATCTGTGAGATGGGAACTGTTATGCCTGGCTTACTAAGAGTCTTGTGAGAGACTGAGAAGTTGATTTTGTTCATATCCAATCTGTAAATGCGAAGTCAGGGGAAGTAATGTCCCTGAAATAAACGGGTTCATGCCATCTAGGGACAATAAATGGTTTTCTTGTTGTAACTTCTGGTTAATATCAGTACCTTGATGTCATCACCGTGATGACAAAGAGAAGAGTTATTGTTGATCTTCTTGGTTTTGGTCTGTCTCTTTTCTTAGGATAAAGAAAAACTTCCAAACTAGAAAAACAGGCCCTGGTTCCCTTAGTTTGCACTTGAACCCAATATGTTGCCTTGTACATACTTGGTCCCTGTCACATTGACTGCTTGGGAGGCTTCCAGGGAGAAGTATGAGACCCTGAGGGGTGAGAATGGGCAGCTAGCAAGAACATGGAAATTCTGCTTGGCACTACAGTCATAAATAGAAAACACTGTGTGTGCTCAGGGGAGCAGGGGATGCCACTGAAGAAACTCAAGGGAATGTGTATTTGAAGGAAATGCAAAAACTAAGTATTTAGCAAAATGAAATTATGCCTTGATGACTAAAAGGCACTAGAAAGGTTGTGTCTACTAACTTCAGCCCTAATCAGAACAGATGCCTAGAAGGAGCATTTTTGTGACAACTTCATAGTGATTAGAATCAGTGGAGAACTCCATCTTAGTGGCAGGAATATAATGAAACTACCCACGCAAGAACATGGTTGAATCACATTTGCTTGACTTAGGGCAAAGTACGAAAGAGAGACAAAAGGGTTCTCTTGGAAACAAGAAGAGTGACTCCAGATGTGGCCTGAATAATTGCCATGTTAAGTTAATGCAAAAGATCAGAACAGGGCTACATTTGCACAGGCAGTTTCTCTCCGGGCCGTAGTTTTCACTGATGATCACCTTTCACAGCATTTTCCCCAACCAGCATTTCACTTAGTCTTCTCTATACCCAGCACCTCCCCCGGCACCCCCGGCAAGCCCACTATCACTTCCGACTTCCAACGTGGCATCCGTGAGATCTGTCCACATTAGGCGAAGCAGGAGAACACTGAGAGCAGCAGGATGGGTTTGGAAAGAGCATGCCTCTGGAAACACAGCTTCCTGGGAATTCACATGAGGCCAGTCCTACAGAGAGCAAGATGCACCCCAGGATTTCTTCATTTTCTAATAGATGTGGGAGTGCTCCATTTTCCCCGACAGCGAATTTCCCCTGAGAAACGATACTAGACCCTGGGTTTGCCCACCTTGTAACTCTTCCTTATCTCCTCCTTTTCATCCCTAATCCATCCTCCCTCTGGCATGGAATTGACGCCCGTGCAGTACATTTGCCAAGTGGCACCTTCTTTCAATTTATGTTTTATTTTGCTATGGTGGTGATTCTTTATTTGCTGGTTGTCTTTTCTCACACATCTTTCTCTCTGTCTCTCTCTTTCCTGCTCTTTGTTTTTCTGCCCAGAAAAACCTGACTTCGATACCAAAAAAGATGAAACTACAGAAACTCAAATTTAAAAAAAACTTTAAAAGAAACAAAAAAATACTCAACGATTCTTTCAGCTTTATTAACATTTTCCATTGTTTCTTGCGACTTGTGTCTCGTTCTTTGTAGTATTGATGATGAACATTTGATAATGAATGTTCTTGTATATTCAGATAAAGAAAAAAAAAACCAAAAAAGCGGTCTGAATTTAATAGTGTTTATAATAAAAATTTTAAAAATGACCCTCATAGCACGCAAAACAGGATGGGGAATTTCCCCTCTTCTTTCTGTGACAATGCGCATCATTCCTGCATTAGTTTTTAACACCAGACTACCTACATTCATCATTTCCCTCATTTTTCTTTTATTTTCTTGCATTTGTGAATTAGTTCAAGAATGCTAGAAAAGTGTCGAGTTGTGCACATCCATTTCTTGTTTCACAATGTTTAAAAGTGACAGTAATTCATTTTGTAAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTTGGAATAGTGAGCATAATAGGTACAACCTAACACATTATTATGTTTATTAACTTTGAGACCCAGAAATAAATTCTTTTCTTTTCTTGATTCTTGCTCTTAAAAATACAAAAAAAAAAATGTTTTGTTTTGTGTTATTTTTGGTTTGTTTATTGGGGGGCTTTTTTTAATTGTCAGGATTATGATCTTGCTGTTTTTCTTCAATATGTATACAAGGTGATGTGAAAAGATGACTTGGGCAGAGGAGTAAGAACAAGTAGGCTTGTTCTTCTACTTTGCTTCAGAATTCAGTTAATGCCAAAAGCGAAGATCAAGCCCATGTTGATGTCTCGTTGCTCACCTGCATTTCCAGAGAGTGTGACACTCATGCAGTCCCTGAGAAAAATAAAATCAGGGACATACTTCTCCTTTTAGCCTTTTAAAAATTCAAAAACGTTTAGTCCAAGGGAACTTTTTATGCTATCAGGAAAGGTTTTTGCTGTTTTTGATTCTGATTATCACAGCCAAGTACTTTGTTTTATTTCTCCCTAATTAATAACTACATTCCATGAGGCCTCTTCCAACCAAAGAGGCCTTTTCTTCCAGGAGAGTCCCGCAGGAGATGCTGGTATGATGGGCACCATTGGTTAAGTAAACTACATGCAGGAAGAAGTCCTTGGGGCCAGTCTGCCAGCTGAGTCCTGGTTTTGGATGAAGAGTTAATGAGATATTGGGCCAGGCTCAATGCTGTAGTTTTAATGCTAAGAGGTTACGTTTACTTCACAGAGTACACCTCTTAGTAACCTCTGACTTAGGCAGCTGCTTAAAGCAAATTGCAAAACTGGCTTGATTTGGAATGTTTTTATTAGAGGAAAAAAGAAAGCCATATTATCTGGAAAAAAATTCATTTTAAATACCATCATTCAACAAATTATGTTCAGAAAGTGGTCAGAACTTAAGCAAGAAAAGTAAAGAAAGAATGCAGAATTGTGGAGCAATGCTTTAGGAAATATTTCTACCTGAACACTTGTACTCTTGAAGTCACAACAAAATAATGATGAGCTTTTCACATCACCTTTATGGTTTCAATCCCTAGCTCAAAGCTTCCTGGAATCTTTTATTTTTTGTAAACTTTTTTTTCTTTTGTTAAAATAAATAAAACATTCAATGTTTTTCTCCTTTTCTCTCTTATTACTTCTTTCCTTTGGCATTTTCAATTTGAAATGCTTTCCTTTGGTTGTTGGTTTTATTCTCCCCCTACCCCTCCCCTTTTCTTATTATTCAGAATATAAACCTGCAAAGCTCTGCTCTGTTTTGGTTTTGAAAGTTTAAGCTTTTCTGCTTCTGTGAGAGCACAGGCTTCTGTCCCTTTTGATTCCAACTGAACTTTTGTGTTCTCTAATGATACTAACACGGTGTAGGTTTTACAGTCTCCTAATTTGTACTGGTAATGCATATTCCAAATAAATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000185630-PBX1:NM_002585:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.783 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0157913=DUF19=FE(17.6=100),PF0004624=Homeobox=PD(4.1=6.7)
A:
NA
C2:
PF0157913=DUF19=PD(1.2=6.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)