DreINT0110737 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100494 | pbx1a
Description
pre-B-cell leukemia homeobox 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000405-1]
Coordinates
chr2:19049120-19065304:-
Coord C1 exon
chr2:19065215-19065304
Coord A exon
chr2:19054247-19065214
Coord C2 exon
chr2:19049120-19054246
Length
10968 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
TTTTTTTTCTCTCACAAAAGGCA
3' ss Score
6.48
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100494:ENSDART00000165698:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.600 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]