MmuINT0115810 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000052534 | Pbx1
Description
pre B cell leukemia homeobox 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:97495]
Coordinates
chr1:170084000-170113750:-
Coord C1 exon
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Length
24705 bp
Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
GCTAATGGAGGTTGGCAGGATGCTACTACCCCTTCATCAGTGACCTCCCCTACAGAAGGCCCTGGCAGTGTTCACTCTGATACCTCCAACTGATCTCCCAGCAATCGCATCCCGGCTGACCCTGTGCCGCAGTTGGGGCAGGGCCAGGAGGGAGGGTTTCTCTCCCAACGCTGAAGCGGTCAGACTGGAGGTCGAAGCAATCAGCAAACACAATAAGAGTCTCCTTCTCTTCTCTTCTTTGGGATGCTATTTCAGCCAATCTGGACACTTCTTTATACTCTCTTCCCTTTTTTTCTGGGTAGAAGCCACCCTTCCCTGCCTCCAGCTGTCAGACTGGTTTCTGTCATCTTCCCTGGCCCCTGCTCTCTGTTATAGACGCCCGGTCCCTGCCCTCTATGACTTCACTGAAGGATTTTTTTTTCTTCCACAATTAGAGGAATTTAAAAAGGAAAAACAAATTACAAAGAAAACAATAAACGCATTTGTATGTTTTCATGCTGGTGGTTTGAGGAGGCAAATTTACCTCACTAGGAGCCCTCATCCCTATGTTGACAGGCAATCCTTCTGTCTCCCTTGTTACTCTCACTACCTCTTAGCAGGAATACACCACACTGCCCTACTCATTCCAAGCCACTCTGTCTCCATTTTCCCCTTCTTTCTGGGAACAATCCTGATTTTTTCCTCTTCTTTCTGGCCCCAGGTGTTTTTTGGGGATGGCCATAACTGGGCTTCTAAAGGTGCCACATATCCCAATGTAGTTCCATCAGGTTGAGTCCTAGGCAGGAAGTCTGGCAGGTAAGGGCACAAAGAACAGCAAAGGCAGAGCTCCTATCAGCTTTCTCATCCTCTTAGAAACAGCTCTTGGTCTTAGAGGCACAGTCTATGAACATCCAACCATTCAATGTTCAGAACCTCAGGCAAGCCAGGTCTAAGAGAGGCATCCTGATGAGGGTGTCTATAAAGAGTGAAGGATCTCATCTTGAAAGGCTGCACTGTCCCTTCATAGACATACACACACATAGGTAACACACAGGTGGACACATGCACAACCTTATAGTTTTGCTTGGCAGGATGCTAGTAACCTTTCATCAGTGACTTCTGCTACAGAAGGCCCTGGCAGCGTTCACTCTGATACCTCCCAGATGGTCTCCCAGCAATCAAATCCTGTACATTAGCAAGCATAGTGCTCTACCTGGTGAGCCCAAGAGAGGAGCAGTATGTGGCTAAGGCTTCTAGGACCCACTAACATGTACTTACCACAGTAGGATGTGCAGGACTTCATTAACATGGGCCAGGATTCAAGAGTAAACTGTCTTCATTCCTACCACCTCTGAAGCTCTCAGGGAGCCACACACAGGACTTCCTATATCTATGATGGATTTGGATGCTTTGTTTGTGTTTTTTTATTATATTATCTTTTCAAAATACTATAGTAAACCATGGTCTTCACTCTGGATTCTTCCTCCAGAGAAGAGAATCATATAAGTATATGGTTAACTTTTACTAATTAATTTGAAGACATAAGAATCATGGAGTAAGGATGATGAATTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGAGATATCAACAGTGATCTATCTATAATGCCAAGGGATCGACAGAAAATCAGTTACTAGAAAGGTAGTCTTGCTTTTGACATGAGCTTAAATTCTCCAGATGGTTCTGCCAGCCATAAAGATGGCAGCTTTGCCAGTAGATTAAGTGGCAAGTGGTCAGATATCTTTGGGGCCTCATGCACTTCCTCTGTAAAATGGGAATTGTTATCCATGGCTCACCAAGGGTCTTGTAAGAGGCCCAAGAAACTGATCTTGCTTGTATTTAATCTCCAGGTCTGATGGTCAGGGAAGGCAGTCTCCCTATAATGAACATGTCATGCTAGGTCAGAATAATACATGGTTTTCTTGTTCTAATTTCTACTTGTTCTCAGTACCTTGATGCCATCACCATCATGAGAGTGTTTCAGAGGCTTTCTGCTCTGATTTGGTTTTGGTCTGTTTGTCTTCTTAGGATAGAGAAGAGATTCAAAACTAGAGGAGTAGAACCTGGTTTTATTAGTTTCAACTTGAATCCAGTTATGAGACCTTGCAAGTCCTTGTCCCTATGACAACTCTTCTGCTTCAGGGACTCCCAGGAAGAAGTACAAGAGCTTGAGGGCTGAGAGACAAGCCCACAGTGCCAAACACATTCCACATGCAGTGATAAATAGGAGACATGCTTCATGTGTGTTTGGAGGAGTTGGGCCTGTATACCTGGAACCTGGGGGACTGAGTATTTGAAGATAATGCAGAACAGAATTGTTTGGCAAATGTAAATTTGTCCAGCTGACCCCAGTCACTAGAAAGACTGTCATCTAACCTCTGCCATGCTCAGAACGCGTGCCTAGAAGGGACAATACAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTAGTGATGAGAACCGGTGATTTTTGTCTTTGTGGCAGGAATACATTGAAACCACTCTCAGAACAATGGTTGGACCACATCATTTTCCATAAAGCACATTATAAGATTTGCTGAAGGGTTCTCTTGGAAACAAGAGTGACCCCAGCTCTGGATGGAACACATGAAGGGACATGAGTGGATCAGGCCACAGCAGTGCCACCCTCACAGAATGCTTCTCTCTAGGCAGTGGCTGTGCTGAGAGGCCCACCTACCCAGCACTTCATTAGGCCTCCTGAAGGTTCAACATGTAGCCAGCAGTCTGTTCTCCATGCCCACTGTCACCTCCAATGTGGCAGCCACCAGATCTCTGTGGTCAAGCAAGGCTAGGGAAAACTGGCAGCCTCCAGATAGAAGTGGAAAGAGTGTGCCTCTAAAAACTTGGCTCCCTATGATTTCAGGTCAGGTCAACTTTCTAGATCCCAAAAAATCTGTGCCCGAGAATTCTTCATAGTCTTTAAGTACAAGTGGGAGTTCTCTGTCTTCCACAATAGCAATTCTCTCTCCCTGAGAGATGGTAGCAGACCTTGGGGTTGCTACCGTATAGCTTGTTTATCATCGCCTCTTCCCCTTAGAGTAGAATGGACTTCTGGGTAGCTGTTGAGCCCACAGGCACCTTCTCTCCACTTCCTTCCCTGTGGTAGTAGTATTAATTATTATTATTTTTTTATTATTATTTTGATTGCTTTTGCCCACACCTGTCTTCACTTCTTTCTTCCTCCTCTTTATTTTTTTCTGCCCAGAAAAACCTGACTTCGATACCAAAAAAAGATAAAACTACAGAAACTCAAATTTAAAAAAAAAAGAAAAAAACTCTTAGAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAACCTCAATTCTTTCAGCTTTATTAACATTTTCCATTGTTTCTTGCGAATTGTGTCTCGTTCTTTGTAGTATTGATGATGAACATTTGATAATGAATGTTCTTGTATATTCAGATAAAGAAAAAAAAAAACCAAAAAAGCGGTCTGAATTTAATAGTGTTTATAATAAAAAAAAATTTAAAAATGACCCTCATAGCACGCAAAACAGGAAGGGGAAGTGTCCCTTCTTTCTGTGACAATACACATCATTCCTGCATACTTTTTTTTTTTAACACCAAACTACCTATGTTCCTCATTTCTCCCGTTTTTCTTTTTAATTTTCTTGCATTTGTGAATTAGTTCAAGAATGCTAGAAAAGTGTCAAGGTGTGTACATCCATTTCTTCTCTCACGATGTTTAAAAGTGACCGTACTTCATTTTGTAAACTAAGAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAGGAAAAAAAAAAAGGTTGGAATAGTGTGAACATAATAGGTTCAACCTAACACATGTTTATTAATTTTGAGACCCAGAAATGAATTCTTCTCTTTATTCCTGCTCTTAAAAATACAAAAAAAGAGAAAGTTTTGTTTTGTGTTCTTTTTTGGTTTTGTTTATTTGAGGGGGGGTGCTCCTTTTCCGCTGTTGGGTTTGTGGGTCTTGCTGGGTTTATTCTTACGTATGTATACAGGGTGATGTGAAAAGAGGTACCTGGGAGAGAAGGCTGCTTCCATGCTCTGCTTTGCTTCAGTCCATGTCAAAACCATCGAGAAAGCTCATGGCCTCATGTCCCTGCTTTCTTGCATGCCCGGGGTGTGTGGCACTCTGGTAGTCCCTGAGATAACAAGACAGGGACTTCCTTCCTTAAATACTCATCTTTTCTTATATTGAAAAGAAAGGCTTTTGTTGATTCTGATTGTCCCAACCAAGGGTTTTCTTTCTCCCTGATTAACTTCAACAGTCCACAAGTATGCTTCCAACAAGACAGGATCTTTCTCCAGGCAGAAAAGCACTGCTGTGGAGGGCACCATAACCCAGTAGAGTAGATCTGTGAAGCAGGCCCTGGGCCCATCTTCTTGGGATCCAGAGTCCCCGTATTCTGTGTGCAGTGTGGGTAAAGTGAGGAGCCTGGGTCAAGGCTGCAATTAGAATGCTAAGAAGCTATCTTTCAATTGGTGCCACTTGTTGCTAACCTCTGGTGAGGTTAACTCTTTAAATTGCCAGGTGGGCTTCATCGGAAAGTCTGTATTGGTCATAGGGGAAAAGAAAGCCATGTGGTTGGACAGACTTTCAGTTTCAGACATTGCTCATTCAAACACTCAGGTGTTCAGAAAGCAGACAGAATTCCAACCAGATATGTAAAGAAGACAAGCGTGAGTAGTGGAGCTCTGCTGTAGGAAGCAGTCCACCTGGAGACAGCTTAGCTCTTGTTTCTGTGTCCTAAGAGATGAAAGAGATGAAAGGCACCCTTTTCACGTCACCTTTGTGGTTTTCAGCCTAGCTCAAAGCTTTCTGGAAACTTTTATTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTGTAAGCTACTTCTTTCCCTTTCGTTAAAATAAATAAAACATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000052534-Pbx1:NM_183355:8
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.813 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0157913=DUF19=FE(17.6=100),PF0004624=Homeobox=PD(4.1=6.7)
A:
NA
C2:
PF0157913=DUF19=PD(1.2=6.5)
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: