Special

MmuINT0115810 @ mm10

Intron Retention

Gene
Description
pre B cell leukemia homeobox 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:97495]
Coordinates
chr1:168119364-168183619:-
Coord C1 exon
chr1:168183530-168183619
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
62049 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGTGTAAGC
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5.32
3' ss Seq
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8.94
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Disorder rate (Iupred):
  C1=0.629 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0004624=Homeobox=PD(4.1=6.7)
A:
NA
C2:
NA


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types