BtaINT0113858 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000007830 | PLEKHM3
Description
Bos taurus pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 (PLEKHM3), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001206217]
Coordinates
chr2:96665018-96697886:-
Coord C1 exon
chr2:96696951-96697886
Coord A exon
chr2:96665164-96696950
Coord C2 exon
chr2:96665018-96665163
Length
31787 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
TTTTCTTCTCCCCTGAACAGGAT
3' ss Score
11.73
Exon sequences
Seq C1 exon
AACACAAGCCAGCATTCCCGAACATCCTGAAGAAGGGTTACCTGGAGATTCGGAAGGAGCATGACAGTTACTGGCAAAGCTGTTACGCCGAGCTCTCCCCCTACAGCTTATACTTCTACAGCCTCGACAGCAGTGGGAATCAGAACCTCTACGCCACGTACCAGCTGTCCCACTTCCAGAGCATATCCGTTCTGGGAAACCTTGAGGCCAGGCTGGTGGACACCGTCCTGTATGACAACACTCAGCTGCAGCTAAAGGCAGAGTCACCGTGGGAGGCTTTGGACTGGGGGCAGAAGCTCTGGGAAGGTGTGCATGCGGCCGCACCAGCCTACATGGGCCGGCCGGGAGAGCTGGCCAACTCCCCGGGGCTTGGCCATCATGTGGACTGTCCACAGAATCATTGTTTACAGAAGAAATCCCGCGAGCTGCTCATGCCATCCCCTGTGCTGGATAGCCCCAAACAGTATCAAAACATCCTCAAATCCGGGACACTGTACAGGCTGACCATGCAGAACAACTGGAAGGCATTTACGTTTGTGCTGAGCAGGACCTGCCTGATGGCCTTTCCGCCGGGCAAGCTGGACGAGGACCCCCTGCTGAGCTACAATGTGGACGTGTGTCTGGCCGTCCAACTGGACCACCTGGACGACTGTGATTCTTGCTTTCAAGTCATTTTCCCCCAAGATGTCCTCCGCCTCCGTGCTGAGACGCGGCAGAGGGCTCAGGAGTGGATGGAGGCCCTGAAAACAGCTGCCAACACGGCAAGGAGCTCAGAACAGAACCTGCAGGTCACGCTGAGGACCAAACCCAGGGATCAGATGGGTGGGCACGAACTCAGGAAGAACAAACGCCAGTCGGTGACTACTAGCTTCCTTAGCATCCTGACGACTTTGTCTCTGGAACGAGGGCTCACTGCTCAGAGTTTCAAATGTGCAG
Seq A exon
GTATGAAACAGCATTTCAGCCTAAAACTCATTAAAGAACAAAATCCTGAATCCCGCAAATGGAATTCACTTGAAAAATCCCTTTGAGAAGCCAGTCCCCAATACCTCTTGCATCTCACTAAGTCGTGTCCAACTCTTTGTGATCCCATGGACTGTAGCCCGCCAGACTCCTCTGTCCATGGGATTTCTCAGGTTAGAATACTAGAATGGGTAGCCATTCCCTTCTCCAGGGAATCTTCCCGACCAAGGATCGAACCGGGCTCTCCCATGTTACAGACAGATTCTTTACTGTCTGAGCCACCAGGGAAGCCCCTCCTTTAAGGAGTTTGCTATAGTAAACCATCTATCCATCTTCATGCCACTCTGATGAAGTAAGTAGAAGCAGCTGTGATCTACCCACTGAATCAAAATGACTCGGCTGCAGCATAAGCAGGCTAGAATGTAGACTTCCTGAGTCCTCTGTGATTCCATTTCCTCTGCCTTCTTAAATCAAGGTCACTGGGAATGTAGACTGTCTCCTAAGAGACATCCATGCCCAAAGCTGACTGCTGGCATTCCTTAGGTAAGGAAAGCATCCATAGTCAGTAACTGTCATTGATCATGACCTTGTCAGATTCTGTTAAGGAAGACTCCAGAAAGTCAGCCTTGACAGAGAACCTGGAGATGGCCAAGTGCAGGGCGATGATGAATCAGCAGGGGACCTCTGAGTCACGATGGGCTGGGCCCTCATTCTTGGGACTCCTGGGGCTACCAGAACTGCTGTGGAGGGCAAGACCCAAGGTGGAGGCCAAGGCCCAGTTATCTGGTAGTCCTTAAAACCCTGTTATTGCTTCTCTCCCCTACTCACCATTCCTCTCACCTTCCCGCAAACAGTAAACCAGAAAGCACGCATCTCTCACTAAACCAAGTCTGTTTATCTCCTATGAGCAAAATCAAATTATTTCCCTTTCACTATACATGCTTGTGTGATCAGTCGAGTCTGACTCTTTGTGACCCCGTGGACCATAGCCTGCCAAGCTCCTCTGTCCATGGGATTTTCTAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTACTCCAGGGGATCTTACCAACCCAGGGATCAAACCCATGTCTCTTGTATTTCCTGCATTGGCAGGCGGGTTCTTTACCAACTGTGCCACCTGGCAAGCCTTTCCCTTTGATTAAACCCCATGCAATTTGTCACAAGAAATTTACCATGGAGGTAGCTTTAAATGGAAGCTTGATTTGGAAAATTTCAATTCAGGTGTATCAGATTTAAGTATGTTGCTTAAAAATGAACAAGAAACCTACCACCAGTCAAGAGCAGATTTTCAATTTCATGCCCCTTCCTGCATTCAGAAAAGCCAAATAGCAGTGGCACAGTGAACCTTTGAATTTACCTTAGTTATGATGGTCGCCTCTTCTATTGAAAAATAATTTACTCAAAGCGGGGATTAAGTGAATCATCCATGCTTTGTCTGGAGGGCCTCAGTAGCTTGGGAGCCGACACTTGCAGGGTGGGCTGGGAGAGACCAGCAACTCTGAGCCATACTGGGTGAGGTGCACACGTCTGCAAGCTTGTGTGACCTTGTGTTAAGTCAGCCAGCTACTTTCAGGAAAGGTTTTTGAAATAAGGAGATGCTGGTTTTAGCACAGTTTTTAGAAATTATTGACATTGCAGTGTCTTCATTTACTAGTGCATATATTATATTTCAGAGTTCAGCCAGTCAATAATAATTTATGAGTGCTTGCTCTATGGATGTGCTGGAATTGTGGTACACTCCTGTGGCTTTAGACTGCTGAGGAGGGCAACAAATCTGCTGTGTTATTAGAATCGGGGAGAACAGCCCAGCTTCATTTTCAAGGCGGAGACCAGAGTATGAATTGGGACCTTCCTAGTAAAAGAGGGAAGAAAAGCCTCAGGTGTTACACAGAATGATCCCTTTGTGGCCCTCTACTTCACCTTCCTGTCCTAAGTCTGCTTCCTGATGGAATGTGCCCTGCATACACCTTGAGCTACCTGAGTAGCATCTCTAACACCCAGAGGAAGGAGAAATACAGGCAGAGGGTACCGTTCAGCAGGTATACCACATCTGGCAGTTGGAGAAAGGAGAACAGGAAAAAGGCATAGAAAGGTGAGTGGAAGAGACAGGGAGACGGAAGCTAAGTGGAAAAGAGTAGGGAAAGGATCATGTAATGGGCTGGGATAGGACCTGGAGCAGCTTCTTTGTGTGTGCCTGCTAGATTCTTTGCGACCGTATGGACTGTAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTAGAGTGGGTTGTCGTGCCCTCCTCCAGGGGATCTTCCCAACCCAGGGATCGAGCCCGAGTCTCTTATGTGTCCTGCATTGGCAGGTGGGTTCTTTACCACTAGCGCCACCTGGAAAGCCCCAGAGCATCTGCTTTAGGGTCCATGTTTTAGGATGCCACCGTTTGCTGTGTGAATAGGGGGCTCACTGATCGACCGTCTGGAGAATAGGCTGTGGATGGTGGTAACAGGGACCCCAGAGACAGGGTAAGGTAGCCTAAGAGTCCTTTGCTCTGCTCGACTTTTACCTTCTTGCTTTTGGTTTGGAGTACTAATGGGGCACAAGTAGCTTTCTCATTTGGCGTGGGGAGAAGTCAGTCCTAATTTGTACAGTGTGGCTGATTCTCAAGCAAAATGTTTAATTTCACTTCACGTCCCCTCTTCCATCAGAAACAGCTACGCTCAGTCGCTCTGTGGTACACGTGGGTTATGCGTGGCTTCTATTTTCCTAAATACCTGTGCCCAGAATACTGGTTTCCTACTCAGATAGGCATACTCCATCTCCTGTAGGGGGCAGAGTCTCAAAAGAAAAAGGCCCAAACTTAGTAAGCAAACCTCTGAATGTTGTTTTAAGTTACTTAGGAGGCTGTTCCTTATATCAAAGATTATTATAACAGATGGAACTTGAAAAATTGATCTATGTTTCTCACAAACACAGTTAATCTAAACCAGCTGTTTGTGCATTTAGTCCTTGTGTCCCCTAGCTTTTCATCTTCATAAAGACATGCATTCAGTGAAAGAGCTGGTTGCATAGCATGTTTACCTTCCAAGCTGTCAAAAAGTCCAATAAACTGTTTTTAGTTGAATCTTGGCTTTCTTTATCATTTTGGGGAGAAGCTAATTCACAGTATTGCACTGTTTAAGTGAGCCTCTTTAGACTACAGGGACTTATGTCCACTTGGTCCCTCCCCCTTTAAATATTCCTAATGAATAAACTTTAACAGTGGAAGATTGCACTGAGCAGGTCTTTATCATGATGTCATTCGGTTGCTATTCGGGGGAGCTACAGATGTTGGCTTTTAAATCTATAAAATAGTGCAGTTGGCCTCATTTCACTGAATACTTTCTGTAGGTGAAGAATTTTCTATATCCTTTTTAGAAACTTAGAGAGCCCCGGCAGAGAAAACGGACCCTGACCATCCCCAGATGCCTGAGGTTATGGTTTTGAAAATACATGCTTGCACGTAACTATTTATTTCTTAACATGTGCTTGAACTTTTTATAGTTGCGTTTGATTATGTGTGCTTTGTTACATGGCTCCCTCTCCAGCTCCATGGATGCTAGAAAACCCAGCTACAGCGGTCTTCCTGCTATTCTGTAACCTGTTCTTGCTCATTCATGGCTCCAAGGCCCTTATATACGCTCTTCCTTCTTTCTGAGAACGTGCCTTTGAAAATTAAATTCTTCCATTCATTCCACCGTTTATTGTGTACCAAGTTTCTGACCACATGCCTGAACCTCAGATGTACCTGGAGGAGTCAGTGGTCCCTGCCCTCAGGGATCTTGCAGTCTCCTAGGGAAACCAACATGAACCAGATTCATCACCAATGCCAAATGGCAACTGTGAGCAGAGCTGGGGAAGCAAGGCCCACAGGTCAGATTGGGGAGCTGTCAGAGTAGTGCCTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCGTGGAGAATCCCATGGACGGAGAAGCCTGGTAGGCTGCAGTCCATGGGGTCACACAGAGTCGGACACGACTGAAGCGAGTTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGAGTGGTGCCAAGTGGAAGTCTATGAAACTGCAAACATTGTGTCTTTTCTGACCGACAAAAAAGGGCAGTTTGATAAGGTTGAACTTCATGTTTGACCTTGAAGTCCCAGAAGGTTCCTGGGCAAAGGAGCACATGAGGAAAGTGGTATTTAGGAACAATTAATTTGCTAGTGCTTTAGTACAACTTTACAGAAGCACTTTAGCAGAAAGTAAGGAATGCTTCTTTAATGAAGTCACTGGTTGGGATTCAAAATTATGTTTGGCAATAGGGCATCTATAGTTTTAAAATATTAATGCTAAAACAAATAACTGTGCGGCTTATTAAAATATTTATGGGGTATGTACCTGTAAGTGGTTCTAAATGAGGTCATTCACAAAATGCTGTATCAATTTGATTATAAAGCAGTAGCACAGTTTTCTTCAGGAATTAGAAAATGTGTACATACCTATTCCCCCTCAACAGATACTTGGTTTCCTGGCAGTAATATATACAGACAGTTCTCCTGTAATTTCCCAACAATCAAGAAACATAGCAGATGAGTGTTATGCTAAAAGAGCCCAGAGCCTTGTTTATAGATGTGGCAAGAGATGGCAACACTCACGTCTCCAAGCGTGTTACTGCTTTGTGATTTGGAGGTGCAAACGGAAGGCCCACTGTGGGGCAGTGTTCTTGATTGTGAACCGAAATTGAAAATGTTAACAGAAGAAACAGCAGAAAAACAGTGATCTGAGGGGATCCCCTCCACCATTTCACACTGTCAGTTTTTATGGTTTTACTCCTTGGGCTGCTGTTTAACCTCTTAGGACTGCTCTTGGTGATTACATCTCTCTGGCATTAAGAGCTTTTTACTTTCCTTTTTTCTACCCCCCCTAGCCCTTGGGAGGG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000007830:ENSBTAT00000010299:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.064 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=WD(100=30.4)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=PU(34.7=71.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]