GgaINT0048446 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008479 | PLEKHM3
Description
NA
Coordinates
chr7:13108679-13123010:+
Coord C1 exon
chr7:13108679-13109614
Coord A exon
chr7:13109615-13122864
Coord C2 exon
chr7:13122865-13123010
Length
13250 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TCTTCTCCTCTCTCCTTCAGGCT
3' ss Score
11.89
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008479:ENSGALT00000013817:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.091 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=WD(100=30.4)
A:
NA
C2:
PF145671=SUKH_5=FE(55.8=100),PF139011=DUF4206=PU(24.0=71.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]