GgaINT0048446 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008479 | PLEKHM3
Description
pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:34006]
Coordinates
chr7:11545479-11559810:+
Coord C1 exon
chr7:11545479-11546414
Coord A exon
chr7:11546415-11559664
Coord C2 exon
chr7:11559665-11559810
Length
13250 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TCTTCTCCTCTCTCCTTCAGGCT
3' ss Score
11.89
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008479:ENSGALT00000013817:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.086 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=WD(100=30.4)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=PU(17.3=71.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]