DreINT0116010 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000030633 | plekhm3
Description
pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-382]
Coordinates
chr9:28349189-28359858:+
Coord C1 exon
chr9:28349189-28350136
Coord A exon
chr9:28350137-28359712
Coord C2 exon
chr9:28359713-28359858
Length
9576 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGACC
5' ss Score
6.54
3' ss Seq
TTCGTTTTTTGTCTGTTCAGGAT
3' ss Score
9.56
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCACAAGGAGAGCAGCTCTTACCTGGTGAAGCAGGGAACTCTAGAACAGCGAGAAGGCCCGTGGGGACGGTGGACTGCCTGTCATGTGGAGCTTACACCCTGCGAACTGCGTCTCTACAGCCTCGACAGCAGCGGAAACCAGCAGCTATGTGCCGCCCTCTCGCTGTCCCACTGCCAAGGGGTAAGTGCGCCACAGCCACAGGACGGACGGGTGCTACAGGCCGTCTTCTTTAACAGCACCCGTGTGCAGTTACGAGCACCCTGCCAGTGGGAGGCACTGGAGTGGCGTAGACTCCTCTGGGAACGAGTCTTGGCCGCCCGTCCCACTCACAGCAAAGCGGAGCCAGCTTGTGCCAACTCCCCAACCCCCCATGAACCTGACCCAGATGCAGCGATGGTTCCCGCTCCTCGTCCACTGGTACGTCCCACCGCCCTACCACTGTTCACCCAGCACTGTGCTGATGTTCTCAAGTCTGGCCTTCTGCACCAACTCACCGACCTCAACAACTGGAGGGCCTTCACGTTTGTACTGAGCAGGACTGATCTGCAGGCCTTCCCGACTGAGGGAAGAGGTCCAGTGTCTGAGCCAGTGCTGCGGTACCAGCTGGCATCCTGTCTGGCTGTGCAGCGGGATGATGAAGACGGAGGCAGGAGCTCCCGCTTTCAGGTCGTCTTTCCTGATGATGTGCTACGTCTGCGGGCAGAGAACGAGGCTAAGGCCCAGGACTGGGTTGAGGGTCTTCGCATTGCAGTGACAGCTCAGCGGCCGCAGTGTGAGAGTACTGAAGCCCCCAGCGGAGTCTTGATGAGGAACAAGCCAACCAGGGAGAAAAAGCACAAGGAGGCCCAGAGAGCTAAACGGCAGTCTGTCACAACTAGCTTTCTCAGCATCCTTACCTGTCTGGCCGTAGAAAAGGGCCTCACTGCTCAGAGCTTCCGATGTGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GATGTCAGAGGCCAGTGGGTCTATCACGGGGCAAGGCCAAAGTTTGCGCCTACAGCGGCTGGTACTACTGCACAAGTTGTCACCAGGACAACCTCTTCCTCATACCTGCCCGTCTGTTGCACAACTGGGACACTAATAGACACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000030633:ENSDART00000046880:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.227 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=WD(100=29.7),PF0016924=PH=WD(100=30.9)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=PU(17.2=71.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]