BtaINT0119934 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000014947 | PTPN13
Description
Bos taurus protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 (APO-1/CD95 (Fas)-associated phosphatase) (PTPN13), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174590]
Coordinates
chr6:103443607-103451204:+
Coord C1 exon
chr6:103443607-103443700
Coord A exon
chr6:103443701-103450984
Coord C2 exon
chr6:103450985-103451204
Length
7284 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TTCACTTTTCTATATGGCAGACA
3' ss Score
6.65
Exon sequences
Seq C1 exon
TGAGAAAAAGTGAAACTTCAAAGAGATTTGAATCCAACAGTGGTCTCCCAGGCGTAGATGAAACCCCAAGTCAAGGCCAGTCACAGAGACCAAG
Seq A exon
GTATGTAATATGAAAAAATGGTAATATATTTCCAGTTGCATGTGGTTTTTTTCTTCATTAGAATCAAGGGGAATATTTTTTTAATTATTCTCTTCCCTCTGTTTTCTCCATTCTCCTTTTCTTCCCTCCTCTTTAAGTTCTTGCAAATTCAATTATATAAAAAATGTTACAATTGTTTGAGTTATTGGAATCTTTTAAAATTAGAATTGGCCCTGATTATTTTAGTTTGTGCTTGATTTTTTTTAATTGCCAATATGAATATAAAATAACTAACAGTATGGATGTTCTAAAGGTATAGCATTAAACATCTATGAGAAGATACAAACTTTGATTTCTAAAAGAATAATGCTTTTTTCAAAAGGTTACATGGGCTCAACAAGTAGGCTTTCAGTATTATTTGTTTAATGAATAATTAGTAGATTACTACTAAGTAACCTATCATGTGAAATCTGTTATATAAAAAGTTAAGTTTTCACTACATCTTCCTGAATTAAAAGAAGCTATCTTGTACTTAAACTTTTTTTTAAGCCCAGTTTGGACTGTTTAGAGTTCATTTTCATACTGAGACACTCAGCATACTTATAAGATTAACCCTAGCAGTTATTCTTGTGGTATTATAACTGTGGGTTGATTTACTTTGAAGTGAAATGTGTCCACTCAGTACTGAATATATTAATGTGTGTCTTCTTCATGTGTGCACAGATCCCTTACATGAACAGAAGCATATTGTTAAAGTTAAGCATTAATTTGAAATTCATAGTGTAATATTAGAGAATCAGAAGTTGCTTCAGAATTTACTACCAAACTATAGTAATACTTTTAAATTTGATATTTCAGTTCATTTGATTTAGGTACCATTATATACTAAAGTATCATTTGGAAATTAACAAAAACCTGCCCCTTAGCTGACTAATTCTGGCAGGCAAATGTTTCATACCCATAAACTGTTAATAGTCTAGGTAACCCTACCCATGTGATTAAAGCAGACAGTTTATCCAGGGTTAACACTCCAAGTAATTACATACATTGCACTAAAATTATTCTGTAATATTTCAGTTTTTATGAAATTTATGTCTTTTTCTCATGTTCCTTTTTAAAATGTCCGTGATACTTTCTATAAGGAAAGTTCTAATCAGTGTTCATTTGCCTAAAGTGATATAATCTTCACATAATAGCACTGTATATTACTATAACCCCATTGTGGGAATAGTAATTGCAATGAGCCTATTTTGGTAATTTTGACCAAAGAGATTAGAGACAAAGATAGATCTATGCTTGATAGTAGATAGTTTTGTTAAAGAAGCAAAACTGTTTGGAGATGACCAGCAATAAGAAGCAAATGTTGAATTGCACTAAGGTCTGTGTTGAATTGAGGAAGTCACTCCTCTCTATATCTGTAATTTAGAGAAAGCTTACAGTTAATATGATGCCTTCTTAGCTTAATCAAAAGAAGGAATAGAGAGCAATGGAAGAATTGTTGGAATTATATGTTAAAATTGATTGATTTTATAGTCAGTTTGCTAGTTATTTAGAAAACATATTCCTCCAAACAAAGTTAAATCATTTTGTGAGACTTACTTCAGTTTTCTTGAGAAGGTAACTCAAAAGCATGGGGATTATAAGAGAATCTTAGTTTTGACGGTTTCCAGTTTTTTTTTAGGAAACAATAACATTAAAGTGTTAGCTCATCAGATCATAATTTAGTGATAAGCTGCTTTTATTTCACACTTTAAGATGTTAAAAAACACAACTTGATGCTCATAGCATCTGCATTAGATATAGGTGAAACAGAAATATTTCTTTCAAGGAGAAGTTGACTGTTATTGTTGTTTAGTCGCTAACTTGTGTCCAACTCTTTGAGACCCCACGGACTTAAGCACACCAGGCTTCCTTGTCCTTCACTGTCTCCCAGAGTTCACTTGAACTCATGTCCATACAGTCGGTGATGCCATCCAGCCATCTCACCCTCAGCTGCCCCCTTCTCCTCCTGTCCTCAGTCTTTCTTAGCATCGGGGTCTTTTCCACTGAGTTGGCTCTTCACATCAACATGCAGCTTCCAGTGAATATTCAGGGTTGATTTCCTTTAGGATCGAATGATTTGATCTCCTTGAAGTCCAAGGGACTCTCAAGGGTCCACGGTTCAAAAGCATCAATTTTTTGGCACTCAGCCTTCTTTATGATCCAACTGTCACATGACTACTGGAAAAACATAGCTTTGACTTTGTTGGCAAAGTGATGTCTCTGCTTTTTAATACGCTGTCTAGGTTTGTCATAGCTTTTCTTCTAAGGAGCAAGCGTCTTTTAATTCCATGGCTGCAGTCACCATCCGCAGTGATTTTGGAGCCCAAGAAAATTTTTCCACTTTTCCCCTATCTGTTTGCCATGAAGTAATGGGATAGGATGCCATGATCTTAGTTTTTGAATGTTGAATTTTAAGGCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACCCTCATCAAGAGGCTCTTTAGTTCCTCTTTGCTTTCTGCCATTGGAGTGATATCATCTGCATATCTGAGGTTGTTGATATTGCTCCCAACCATCTTGATGATGTTTCCATCTGTCCAAGGAAAAACACATTAACTGAGGTATTGTCTAAATTTCTTATTCAAGTGCAGAGTTTTCTGTATGTGTACAAAGTCTTCTGAAAATATCTTTAACATGTCAGTACACAATCAGGAGGTTCTGTTTGTTCTTTAGGTCACGTATTTGTGAGATCTATAAATAGTTCTCTATTTAGATATGTTACATAATTCTTTATAAAAATTTCCATTCCTTTATCTAGAATGAAATGGAAAAAGAGATCCACACAGTGCTATTGATTTATATCATAGTGGGTGGGAGGAGATTAACAGGAAGTTATGAGTCAGATCCATCAAACTGAGTAATTTTGGATTTGAACTATCAAAAGTGTCTTTCAGTGACCAAAAAAAGACATTCAAAGCTATTTTCCAAAGAGCATCTCTAAATTTTTTTTCTGTGTTAACTTTTGAAGTACAGTTTTACATAGTACAATTCCTACTGCTTCTATGCGTATCTGTTTAATGATGTAACCTTTTTTTGTCTTGAAAGAACTTGTTTATCCGTTCCTAAATCATCTAGGTTTTGTGAGTTTCTTGTTTGTTTGCATGTGTTTTGTCTATATTTTGTTTGTTTTTGTTTTGCTTCTCAAACGTTGCAATCAGATACTGTGATGGGACACAAAATGATGATCAGTCACTTTTGTTATCTGTTTGTTGCTCTGGTAGAAAAGAATTTGAACAAGAAGGCTAATATATTTGATGAAAATGACAGGTGTTGGTTAAAATGTATAGATTCAAAGTTTTATCGTTTTCCTTGACCCCCGTTAAGTGAGAGCGAGCCATAAAATCATGTTCAATCACTGGCTCAATAGTGTCTTCCCTGGTGACTCAGAGGTTAAAGCGTCTGCCTCCAGTGCGTGAGACCCGGCTTTGATCCCTGGATCGGGAAGATCCCCTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGTCTGGAGAATCCCATGGATGGAGGAGCCTGGTAGGCTGCAGTCCACAGGGTCGCAAAGAGTCGGACACGATTGAGCGACTTCACTCACTCGCTCACTCACCTTGTAGAGGGTACTTCTATGTACGGGAAATGAGATCATGAACAAGACCAAAAAATTCCCTCCAGAGATGTGATAGGGCTGAGAGATATTCGGTAAACCACTAAAAAAAAAGTAAGTAATGCACCATCAAAATGTGATGGTACTTGGAAGAAAAATAAACCACGCTAAAGAGATAGAGACTGCAAGGGTATGATGTCCAAGTTCGAGTTCACTTAGGTAGGCTGGTCAGAGGAGGCATCTCCTAAGGGTTAGGGTTAGGATTAGGATTAACTATTTTGAGTATAATGGGAATCCATTGGATGGTTGAGACATAGAGAGCTATGATCATATTTACATTTTAATGGGATTACTCTGATCTGTTCTGTGAAAAACAGATTACAGAAGTAAAAGACTGGTTTGGAGGTGATTACAGTGCTCCATTTGAGATGCATACAGCACAGACTAGTTTGTTAGTAATAGAGAAGAGTTGGAAATAGATTTCTTCAATGTTATGCCCTTAAGGATTTGCTGCTCATTCAGATGTTGGATTTGTAAGGAATGAAGAATGACTCCAGATTGTGTCCTAAGCAACCAGTGAATGATTGAGAGAAGGTTGCACATAAGTAACAAGTATCAAGAGTTTGGTTTTAGACATCTTAGGCTAAAGATGCATATACACATCCAAGTCGAACACTCACCTAAGCAGGTAAGTAGAATCAGAATTCAAGGGAGAGCCTGGAGTTATGGAAATATAAGGTAATTGAGGCCATGTGACTACATGAGATCAGATAAGTGTGACCTGTATATGGAGACTAGAAAAATCTGGAGGTCTGAGCACTATTGTGGTCTAAAGGTGTTATTGTTCAGTCGCTAAGTTGTGTCTGATTCTTTGTGACCCCATGGACTGTAGCACACCAGGCTTCTTTGTTCTTTACCATCTCCCAGAGTTTTCTCAAACTCATGTCCATTGAGTCAGTGATGCCATCCAACCATCTCATCCTCTGTTGCCCCCTTCTCCTCGTGCTCTCAGTCTTGCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCATTGAGTCAGCTGTTCAGATCAGGTGGCCAATGTTTTGAAGCTTCAGCTTCAACACCCGTCCTTACAATGAATACTCAGGGTTGATTTCCTTTAGGATTGACTAGTTTGATCTTCTTGGTAAGGAACTCTAAAGATTCTTCTCCAGCAATGCAATTTGAAAGCATCAATTCTTCGGCGCTCCGTCTAACATTAAGAAATTAGAAATGAAGGAAGATCCAGAAAAAAAGACTAAGGAGGAGCCAGTGAATATTTATTTTTGGCTGTGCTGAGTCTTCGTGGCTGTGCATGCTTCTCTCTAGTTGCAGCAGTGGTTGGAGGGGAGGCGGCTGCTCTCTAG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Seq C2 exon
ACAATATGAAACACCTCTTGAAGGCAACTTAATTAATCAAGAGATCATGCTAAAACGGCAAGAAGAAGAAATGATGCAGCTGCAAGCCAGAATGGCCCTTAGACAGTCTCGATTGAGCCTGTATCCAGGGGACACCATCAAAGCTTCCATGCTTGATATCACCAGGGATCCCTTAAGAGAAATAGCTCTAGAAACAGCCATGACCCAAAGGAAACTAAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000014947:ENSBTAT00000055276:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.969 A=NA C2=0.243
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]