BtaINT0129350 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018520 | SCN1A
Description
sodium channel, voltage gated, type I alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10585]
Coordinates
chr2:30321635-30340924:+
Coord C1 exon
chr2:30321635-30321898
Coord A exon
chr2:30321899-30340803
Coord C2 exon
chr2:30340804-30340924
Length
18905 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
GTTGTGTTCCTATCTTACAGACT
3' ss Score
9.58
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTTTTATAGTATTGAATAAAGGGAAGGCCATCTTCCGGTTCAGTGCCACCTCTGCCCTGTACATTTTAACTCCCTTCAATCCTCTTAGGAAAATAGCTATTAAGATTTTGGTACATTCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018520:ENSBTAT00000021951:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.364 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]