BtaINT0129543 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002425 | SCN9A
Description
sodium channel, voltage gated, type IX alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10597]
Coordinates
chr2:30093697-30100221:+
Coord C1 exon
chr2:30093697-30093954
Coord A exon
chr2:30093955-30100102
Coord C2 exon
chr2:30100103-30100221
Length
6148 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
TTTTCTTTTTGCTCCTGCAGACT
3' ss Score
11.78
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCAATGTTGCCTCCCCCGGGACCTCAGAGCTTTGTCTTCTTCACAAAACAGTCTCTTGCCCTCATTGAACAACGTATTGCTGAAGGAAAAGCAAAGGAACCCAAAGAAGAAAAGAAAGACGATGACGATGAAGGGCCGAAGCCAAGCAGTGACTTGGAAGCCGGCAAGCAGCTGCCCTTCATCTATGGGGACATTCCTCCGGGCATGGTGTCAGAGCCTCTGGAGGACTTGGACCCTTACTATGCAGACAAAAAA
Seq A exon
GTGAGTTTATTGTACCTGCAATGGTGTAGTTTCTCTTTACCTCTTTTGTACAAACAGATACTGAGATTAAGAGGAATTTAGTGAAAAATTACATCATGAAAACATGTTTAGTTAAAAATGCATATGTAGGATATTTCAGAATATGTACTTTTTCTAATTTTTCATCAAAACTGATTCTGTCACTGGCATACTATTTTGATTTTTTTTTTTTGAAAATAGTGTTCAGTATCATGTTCTGCCCTTTAGACATGACATAAGTGCATCCTCATAGAAACAAAATAACTGTCAATGTGAGAAGTAAGACCTGGGTAAACGTCCAGAATGCATTTGCATGGAGGTGTCAGTTGAATCCGTGGGAATATATAAAATCACTTAACTAATTATAGGGTTTTGAGAGCCACTCATTTAGGGGGTTGGAGAGAATGGAGAATCTGAGATGGTCAGAAAGGTAAGACATAAATAAGAAAATTTTCCACTATTCAAGAAAAAAAGGAAAGAGAATATCTTATAAAATTACTCAGGAAGCTGAGGCTGGATAAAGACTATTGGAATGAACAAGGAGGATGAGTTGGTAACTTTTTTGCAAGCAGTTTATGTTGATGGAAATCAAAGCAAGAGAGTAGTAACTCTGCTCAAAACTCTGTAATGGCCTATATGGGAAAAGAATCTTAAAAAAAAGAGAGGATATATGTATAACTGATTCCCTTTGCTGTATGCCTGAAACTAATACAACATTGTAATTAACCATACTCTGTTCATTTTTTTAAAAAAGCAAGATAGTGTTGGACAGCAAGTGAAAAGAGGAAGTTTGAGAAATTTCCATCAGAAAGATGGTCACTTAAGGCAACAGAAAAATTGAAAACATTTTTTTTAAAAATAATGAAACGTTGCAGTTACAGTTTTTTTAGTATTTATTTTTGGCTGTGCTAGGCCTTCCTTGCTGTGTGCAGGCTTTCTCTCGTTGCGGCGAGCAAGGGCTAGTCTGTAGCTGTAGTGTGTGGGCTTCTCATTGCAGTGGCTTCTCTTGCTGTAGAACATGGGCTTCAGTAGTTGTGGCACACAGGCTTAGTTGTCCCATGGCATGTGGAATCTTCCAGACCAGGTATCAGACGCACGTCGCCTTGCATTGGTAGGCATATTCTCAACCACTGGACCACCAGGGAAGTCCCTTGAAAACCTTTTTTACATAGGGTATAAATAGCATGTTTAAAAGTGGAGAAAAATTATTCCCAGAGAGGAAAATACAGAAGGTTGAGTAAAGTAGTTAGTTGCTGATGTTAACAGACAAGGGATAAACCACAAGTCGACTTGAATTTGCATTAGAAAACTTCAGAAAAGTGGAGAGAAGCCTTACTGTGTGAGCCTTGTAGGGCAAATACGATGATTTAAGATATGTTGAAGTAAATGTAGGGACATCTGAGGAAATGCACGTTAAATACTGTCAATATTTTCCATGCTACAGGAGTGGAAGCTGTCCTTTGAGAGTCAGTCTTGGGAACAAGGAAATGGGAGAGTTTGAAACAATTGCTGTAAAGATAATTCTACCAACAAAATGAGAAGGAGGTTACCGTCATTTTTGAGACAGTAGCAGATACAACCAGATCTAACTTGACAAAGAAGAGACAGTACAGGATAAAATCAGCAGGTTCCCTACCTTTCTCCCAATAACGGTTTGCTGCACAGCACCTGCAGACTTACCGTCAAGAGGTCAAGAGAGGCAGGATAAAGTCCGTTTAAAAGTTATTTTGATTTAAGATATAAATAAAAGGGCACATTTCTTGATAAGATAACTAGCAGACAAAATAAGGAATAGTAAAATGTCTTGTGAAATAGAAAATGTGATTAACTTAATTTTGATGGTATAAACACATCTACTATGAATAACAATGCATAATTTTTTGCCTCATATTAAAATCAGCATGTCAACAAACTGACAGCATGTCAAACAAGCAGAATACCTGAGAAGCCTTTGAGATAATACCCAGCATTCTTATTCACCCATCAGTACTCCGACACAGAAGAAAAGAAAGCTAACATGTTTTTAGGGTCTCTGTGATAGACACTGGATTTTTCATACAAATTAGCAACATATTCACCACAACTGGGAGAGATAGGAATTAATAAAGGATTCAAGGAAATTAATTAACTCACAAAATGTTACATAAACACTCGTAAATTCCGTCCTAGATTTTTTAGTTCAAGTTGATTTGACTCCCTACTGAGATGTTGTCCGGCATCTCTTAGTTTGGTTTTGTTTCTGTTGTATAGCAACTACTGTGCTCACAACTTTACAAAAATGAATGAAACAATGAGTGGATAAATAATGAAATAGGCAAAATTAAAAATGCTTTCTCATTTTACTTATTGATATTACTTCATCCTGAAAAATGTCTGGCTCCTGCATTTCCCATTTCCAGAGAGGGCCTGGATGTAATTTAACCAGCCACCTTAAGGAGGAAAAAATCTTTCTGGAGTAAATCCCAGTTCAGAGACATAAACTAATATTGGCTTAAAGTGACTTGGGAGGTAAGAAGAAAATGTTTGCATTTGGAGGATGAAAAATGGAATCATTTAACTCTGGCATAGACTAATGTAACAGAGAATATTTGGGTGGGACTCCAATCGCTCGCTTTGGCACCAGCTCCTTTCAGATGTGACACCAACCATGTTAAAAGCACAACGCACATCTGCATCAGAATATAATACTTAGGTAGAGCTAAGTCAGACTAAGTAATCTATTTTTCATGGCCCTTTCTTAACAGATAAATAAATACCCAAAGGGATTATTGAGTCTTCTTATTTTTATTTTTTGGTTTGGAGCTTTAAGTGATCAACTTTTGGTGCTGTGTCCTAGCTCCTCAATCATTCTTGGTTAAAACAGTTTGGACTTCCCCTTGCAACTTCAGGGTTGACTTTCATGTGGATTGAGTCTTTAATGTTTCAGGTTATTCGCACTAATAGATGAGAACTTTGTTTCTGCTACACTATAATCATTGCTTGGATTAAAAATCTTAATGACTCCTGATTTGACTTAGGTTCAGATTTTAACTTATGCTTGAGTGTAATGGTCAATACTTTGTTAAAAAAAAAAAGAACATTTAATAAATTAATGTAGAGGTATGCAGAGGTTAGGGCTTCATTTTCATATATGATGAATATATTAAGTGGCTTCCTAGTGGTAAAGAACTCACCTGCCAATACAGGAGACATAAGAGATGCGGGTTTGATTCCTGGAGTGGGAAGATTCCCTGGAGGAGGGCATGGCAACCCACTCCCGTATACTTGCCTGGAGAATCCCACGGACAGAGAAGCCTGGTGAGCTGCAGTCTCTAGGGTCACACAGAGTCAGACAGGACTGAAGTGACTTAGCACGCATACATGTTCCCAGCATTTACCAAGAAGTTACAATGTACCAGAACTTAAAAGCTTCACAGACACTGAGTGCTGGCTCTCAAGTTGTGAAATGGTAGATCAAGTATTTAGAATACTATCTGTCCAACTCCAAAGCTTATACTCGTAATTTCATAATTCTCTAATTTTATGTTCAATAAATTATTAAATAAGTGAGCCATATTAAAATAATTTATTCAGACATTGACATCTGTGCATTTGCTAGCAGGAATTTAGAATTTTCTAGAGATATTCATTCTGCTACTCAAAATTTCATATCTGTTTTCCCGTCTGTAATTTAACTAGTGGCTATGTATAAATCCAGATAATCCTAAAGAAGTTTTTAATGTAAATGAAAATTGGGAATTTGAATTTAAAAATAGTAAGCCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTCAAGTACAAGTTAACTTGATCTTGCCAAGTTGAGGCAGTAATATTTTCATGTTAGCTCAGGTGACTTCTGTTTCATGAAGCCTCCCTAATTATTCCAATAGACATAAGACCCTGCTCCCTCTTCACTCTCATGCTCTGCCATTTGAATTTCTCTGTATGATACCTGTCATGTCATGCCTTCTATTAGAGTTGTGCTGTCTGCTTAGTCACTCAGTCGTGTCTGACTCTTTATGACCCCATGGACTGTAGCCTGCCAGGCTTCTCTGTCCATGGGGATTCTCTAGACAAGAATACAGGAGGGGCTGCCATACCCTCCTCCAGGGAATCTTCCCAACCTAGGGATCGAACCCAGGTCTCCCGTGTTGATTCTTTACTTTCTGAGCCACCAAGGAAGCCCTGTATTAGTTACTGTGCTCTTAATCACTTTTCTCTGAAACCTCTTGAATGCAAAATTCATGCCTCACTTATATTCAAATTCATTTCAGTATCTCTTATGCCATAGTTGCTCCCAGGTGGCATTAGTGGTTAAAAAAAGGCTTGTCTATCAATGCAGAAGAGACTTAAGAGACACTGGTTTGATCCCTGGGTCAGGAAGATCCCCTGGAGGAGGGCATGGCAACCCACTTGAGTATTCTTGCTTGGAAAATCCCATGGACAGAGAAACCTGGCAGGCTACAATCTAAAGGGCCGCAAAGAGTTGACAAAAGTGAAGCGACTTGGCACACACTCACGTTCACTAGACAATTGTAGAAAATATTAGATGAATGAATTTTAAAAAGCACAGTGCATTGAGATTTAAGAAAGCAATAATTGTACTCAAACATGAGGTATTAATTTAAAAACTAATTTTCAATATAAAAGTGAACTTTATATAAAAGTGAACTTTATGTTCAATTATGTTTTAACATAACTGGTATAGTAAAAGAGACCAGGAGTATAAAAAGTTGACCTAAGATAGTTCTCGTTTGTTTTCTCAGGAACACTACCACATACAAAAGCAAGATTACCCAGTTATATCTCTAAAATTTGGTGGAAAATATTTATTACATATGTTTACCACTCATAAACATATGTAAAATTCAGAGTCAACATCAAAAACACCAAAAATAAGTGTCTTCTGTTAATAGATAGCACGAGGAATTTGCTTGCCAGCCACAGATAAGTAAGAGCAGGCTTTGAGGTTAAGTGTTTCTGGTT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Seq C2 exon
ACTTTCATAGTGTTGAACAAAGGGAAAGCAATCTTCCGTTTCAATGCCACACCTGCTTTGTACATGCTCTCTCCTTTCAGTCCTCTCAGAAGAATATCTATTAAGATTTTAGTACATGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002425:ENSBTAT00000003146:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.326 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]