DreINT0131568 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000018032 | scn8ab
Description
sodium channel, voltage gated, type VIII, alpha subunit b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060906-2]
Coordinates
chr6:39462272-39477824:-
Coord C1 exon
chr6:39477487-39477824
Coord A exon
chr6:39462393-39477486
Coord C2 exon
chr6:39462272-39462392
Length
15094 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
CTCTTCTTTTTTCTCCCCAGACC
3' ss Score
12.69
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCTTGCTGTCCTGAATGGCTTCTAAATAAAGAGGACTCTGCTGCAGGATGACAATATGGCTGCGCCGCTGCTCGCACCTCCAGGCCCCGACAGCTTCAAGAGGTTCACCCCTGAATCTTTGGCCAACATCGAGAAGCGCATCGCTGAGGAGAAGAAGAAGAAGCCTGTTAAACCCAGATCTGACAGCAGTCACCGCGATGACGATGATGACAACAAACCCAAGCCCAACAGTGACCTGGAAGCGGGGAAGGGCGTGCCCTTTATTTATGGGGACGTCCCGTCTAATATGTTGGCCGTGCCCCTGGAAGACCTGGACCCCTTCTATTTGAACAAGAAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACCTTTATAGTGCTTAACAAAGGAAAAACAATCTTCCGTTTCAGTGCCACGCCCTCATTATATATCATTAGTCCTTTTAACCTGTTCAGGCAAATAGCAATTAAAATTTTGATACACTCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000018032:ENSDART00000151299:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.500 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]