BtaINT0129518 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021339 | SCN8A
Description
sodium channel, voltage gated, type VIII alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10596]
Coordinates
chr5:28302701-28331404:-
Coord C1 exon
chr5:28331129-28331404
Coord A exon
chr5:28302820-28331128
Coord C2 exon
chr5:28302701-28302819
Length
28309 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
CTCTCTTTCTTTCTCCACAGACC
3' ss Score
14.53
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCAGCGCGGCTGCTCGCACCACCAGGCCCTGATAGTTTCAAGCCTTTCACCCCTGAGTCACTGGCAAACATCGAGAGGCGCATCGCCGAGAGCAAGCTCAAGAAGCCACCCAAGGCCGATGGCAGTCATCGGGAGGACGATGAGGACAGCAAGCCCAAGCCAAACAGTGACCTGGAGGCAGGGAAGAGTTTGCCTTTCATCTATGGGGACATCCCACAAGGCTTGGTCGCGGTTCCCCTGGAGGACTTTGACCCATACTATTTGACGCAGAAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.402 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]