RnoINT0131688 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005309 | Scn8a
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 8 [Source:RGD Symbol;Acc:3638]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Length
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Sequences
Splice sites
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AAAGTGAGT
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Seq C2 exon
ACCTTTGTAGTATTAAACAGAGGGAAAACTCTCTTCAGATTTAGTGCCACACCTGCCTTGTACATTTTAAGCCCTTTTAACCTGATAAGAAGAATAGCTATTAAAATTTTGATACACTCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005309:ENSRNOT00000008160:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.389 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]