MmuINT0139780 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000023033 | Scn8a
Description
sodium channel, voltage-gated, type VIII, alpha [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:103169]
Coordinates
chr15:100766702-100785959:+
Coord C1 exon
chr15:100766702-100767031
Coord A exon
chr15:100767032-100785840
Coord C2 exon
chr15:100785841-100785959
Length
18809 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
CTCTCTCTCTTTCTCCACAGACT
3' ss Score
13.7
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTTTTGTAGTATTAAACAGAGGGAAAACTCTCTTCAGATTTAGCGCCACTCCTGCCTTGTACATTCTAAGTCCTTTTAACCTGATAAGAAGAATAGCTATTAAAATTTTGATACATTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000023033-Scn8a:NM_011323:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NA
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: