DreINT0029644 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000076787 | angpt4
Description
angiopoietin 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110104-1]
Coordinates
chr6:52025302-52030818:+
Coord C1 exon
chr6:52025302-52025432
Coord A exon
chr6:52025433-52030199
Coord C2 exon
chr6:52030200-52030818
Length
4767 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
CTCATCTCGTTTGTCCTCAGGCT
3' ss Score
9.82
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTCTTGCTAGGGAGCCATAGTGGAACAGCAGGACAAAAAAGCAGCTTAGCATTAAACGGCACAGGCTTCAGCACTCGCGATGCCGACAACGACAAGTGCGAGTGCAAGTGTGCTCTCATGATGACTGGAG
Seq A exon
GTGAGGGAATGCAGATTATCTAATGCAAAAACACTGATTCATAGAGGAAATCTGATGTTTAGTGTGTAATGTGTTTGTTTGTGCATATATACCATCTGCAGAATTCTTAAACAAGAAGCATTGATCCATTTCCAGATATTATACTGTATTATATGGGTCACGGTTTGATTTATAATCATAATGTCGCCCAATGGTATATGTAAAGAGTGTTGCTGAATATCATACAATATGCAGCATTTGAAAATAGTGCCCAGTTAGGTAACTAGGTAGCATTGCTGCATAATATCATAGTGCTGTTGTGACCATGGAACAACAACAAAGTTTCTTGATTATTACACCAAAATGAAAGTATTGTTCTTGCCATATCGGCCTAAATAAAGTTTCTAGTAAAATTATTTACAATTTTATAGCGAGATGCTAATGGTCTAATCTGAATCAATGATCTATGCCAGTGGTTCTCAAACTGTGGTACGTGTACCACTAGTGGTACGCAGGCTTCCTTCTAGTGGTATGCGGAGAAATTAAATATGTGATGTACATGCTACACACATTTCAAAATTTATCAAAAATGATGTACATGATAAGCCATATATGACATATAGCCTATATTTCTAAGATAATCTGCCACATTTTTTAACTGTGCAGAGTTGTAGCTGCTTTACTGGGCCTACTACGCTACTATATTTCAATACTGCTCATTTTGGTGGTACTTAAAAAGACAATTTTTTTCTGAGGTGGTACTTGATGAAAAATATTTGAGAAGCACTGATCTATGCTAAGCTAAGCTAAAAATGCCCCCGCCAGATTGAATAAATGGATTCAAAAATAGTACAAATAAACTCTTTAACTCTAGGGCACTTGTAAAATGAGATTATACACACAAAACTTTGTGTTTCTTCAAGACTGGTTTTGCTATTATATTTAATTTTTTATTATATTGAATAAAAAACTGCAGCTCAATGGATGAAGAGAGATTACATTTAAAAAAAAAACTTTCATTGTCATCAAAAAACATCACCTTTTTTCTTTAATTGGTCATTTAAAACACGTAAATCTCAATTGTCACTCACCAATCGCAGGCCATCATCAACATTCATATCTATTTAATAACATTTATTCACTCGTGGCTTGAATGCTAACCCGAAACGGTCATGCAGAATGCCTCTGATCCTCTGGTAATCGTTGAAAACACAACTCTATCGCATAATTGTTTAAAACACGTCTGCAATCCAAATAATTTCTCCAATTTACTCCATGATGTAACAACAAAAGAAGTAAGTTTTAAATAGGAAAATTATGTAAAATTGAGCGAGATGCTAATGGTCTAATCTGATTCAATGATCTATGCTAAGCTAAGCTAAAAATCCTTTCTGCAGATCGAAAGATCGGCTGAATGGATTAAAAAATGGTAAAACTCAACTTTTTAACTCAAGGGAAGGTGCAATATATGCCTATATAAAAAAGCAGAGTGTTTCTTTAATGATATCAAATTTTCTAATGATATTGAATCAAAACCTGCTGTTCACTGGTATTTTTTTATTTACTGCACTGACTAAAAACAATAACCAGTCTGATGGATCATTTGAGAGTATAGTTCTTGCATCGTTACAGAAGATTCAAACTTTAAATAGGTTTTAAATAAAGTTATGTAAAAAAATTTGAGCGAAATGCTAATGGTCTAATCTGATTCAATGATTTATGCTAAGCTAAGCTAAAATGCTCCCGCCAGACCCGGAGATTGGCTGAATGGATTCAGAAATGGTAAAACTCAACTCTTTAACTCAATGGAAGGTGCAAAATTAGCAAATATAAAAAAGTGGAGTGTTCCTTTAATTATGTTGATTTTTATTTTTATGATATTGAATCCGAAATTTCTGTTTAATGGTTTTTTTTAGCTGTCATTTTCATTCATCGCACTGACTAAAAACATCACCAGACTTTGACCTTTAATGAATCATTTAAAACACTTAAATGTCCACTGGCACTCACCAATCGCAGGCCATCATCAACATTCATATCTTTTTAGTAACATTTATTCACTTGTGGCTTGAAAGCGAACCCGAAACGGTCATGCAGAATGCCTCTGATCCTCTGGTAATCGAAGAAAACACAACCCCATCACAGAATTATGTAAAACATGTCTGCAATCCAAACAATTTACTCCCGGCCTGCAGATCCCACACCTCCGGCCTCCAAGATAAACAGCGTTTTAATAGCATGCATTGCCGTTGATTTGGAAAGTTGTTGGAGTTAATTACCGTTGAAGTGGCTGGAGACCTTGGAGTGCCCTTTATGTTTGCATTTCAAATAGTAATCAGAAAGATCGAAAGATGGATCCATCTGAGCAGCCCGTCCAAACTAAACACGCATTGAGGGAGGTGATGCTGATTTAATCAGGGTTAGATCGACGGTGTCCTCTCTGAAGAGTCCAAGTCTGGCTTTTATTGAAGAATCACAGTTTGCTTTGACAGGTCTTGCTGAGACATCGACCGCACAGTGGGAATAACAGAGCCTTTGAAAACGCTGACAGACTGCAGAGAGAAAATATAAAAAAGACACAATATTAGAGCGGAGCGAAGGGTCAAGGGCTCGGGTTGTTTTGAGAAGATGTAATTTTTAAGCCTGTCATCGTTTGCTCAACCTCATGTCCTTCCAGAATCCTGTATGACTTGCTGTCTTTTGTGGAATGTATAATGAAATGCTTTGTATAATCTCTGGGTTGGGGTTATTTTTCGACCTGTAAAATTCGATCACGTTCCAAAAAGCTGCACGAACGTAGTCTGTACAAATCTCATGCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTATATATAAGGATGTTAAGCAATTAAATATGAAAAACATTTATAAGCATAATATAATTAAAATTTTTACCTGAAGTATAATATGCTAATCAAGATACGTGCCATTTTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATGAACATATATATATATATATATATATACATTCATTTTCTTGTTGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATTCAGCAAGTTTTTATGCAGCGGATGCCCTTCCAGCCGCAACCCATCTCTGGGAAACATTCACACACACATTCACAGACACAGACACACACATTCATACACTACAGACAATTTAGCCTACCTAATTCACCTGTACCACATGTCTTTGGACTGTGGGGAAAACCGGAGCACCCGGAAGAAACCCACGCGAAGGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACAAAGAAATGCCAACTGAGCCGAGGTTCGAACCAGCGACCCAGCAACGTTCTTGCACTACTGCGCCACTGCCTCGCATATATATACTAATAAATACAACTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAGTTGTATTTATTAGTTGTATTTTGGTTTTATTTATTTTTTTATGTAGTATTAAGTTTGGATTATATTTTTAAGTTATTTCTAAGTACAGTGTTTAGTCATTGCATTATTAAACAATAAAAATTTTGAACATGAACATGCAATGTATTCATGTAAAGCTTTTTGTTCCGTATTGCATTATTTTTATACGTTAATTTAGTTTGATATGTTCTTTATGAATGTTTTTTATTAATATTAATGTTTTTATTAATCTACTAGTTGAATTTGCTGTCAAGTTTGTTTTATTTTCAGTTATTATTTTAGTGCATGATATAGGGAGCGTTCTTAATTTCTACATATTTTGTCATGTAATATTTCAGATTTAATTATATTTTCAGCTTTTTTTGGATTAACCAAATTTAAAAATATATATATTGATGTTAACAATAATATATAAATTTGCCTTCTCCTGTGGTTTGCAATGTAATGGGCAGCACAAATGTCTTGATACCTCAGGCTGTTGATGTTGCCATCCACTCTGCAGATCTCTCGCACACGCCCATTCTGAATGTAACACCAAACCATGATTTGTCCTTCACCAAACTTGACTGATTTCTGTAAAAATCTTGAGTTTATGCTGGTTCCAATAGGTCTTCTGCAGTATTAGTGATGATTGGGATGCAGATGATTCATCAGAAAAATCTACCTTCTGACAGTTTTCCCAAATAATCTACTAGTTATCAAGTTATTAATGTTTACTCTTACTATTGAGATCGACGACAAGACTTTTGTTAGGTAGTGTAGAAACTATTCTGAGAAATCTGAGAGTTTTATCTAAATACTGAATAAGTAGCCTTTAAAGTTGTCTAAATTAAGCGTTTGGCAATGCATATTGTTAAAAAAAATATCTAAAATTTTAAAATAAAATTGTAAATATTTACAGCAGGAAATTTCTTGATCTCTGAAGAACTAGATCTTTATTTAATATTTTTATGATTTTGGGCAAAACTATTTTTAAAATGTTTTCCCAATGTATTTTTGGCTACCAAATTAAGCTCTTAGCAATGAATATTATGAATCAAAAAATCGTAAAAGTTTTTTTTATATATATTTACAGTAGTAAATTTACGAAATGTCCTCATGCAAATTGATCTTTACTTTATATTCTATTGATTTTGGGCTAAAAAATTATAATGTTGACCCCTATTATGTGCCAAATAACCAAAAGTATGCCCAGCTTAAGATTGATTTTATGGATCGGGCCACATACAATATATGAACACTCATTTTAAGACAATTTTGTCTCAATCTCATCTCGTTTGTCCTCAG
Seq C2 exon
GCTGGTGGTTTGAAGCTTGCGGTATGTCCAACCTGAACGGCATCTACTACACCATCGGTCACAACATCCGCAAACTCAATGGCATTAAATGGCATCACTTCCGAGGACCCAGTTATTCACTCCAGTCCACTTCCATGATGATCCGACCCACTGATTTCTAAAGCTAATGAACCAGCATTTCCACAAGACTGTCGTACTGTAGGACAGTGGAACCAGATTTAAAAAAGCAATGTAATGGATGAACAGTGATGATTTACTGCAAATCCGACTGCTGGAATGGACAAAAGCATTCATCTATGCCAACATTTCCATTTTAGACATAACTGTATAAAGACGCTTCACCTTCACAGCTGCTCTAGCGTGAATTCATTCGTCTCTTATAACCTGAAACATTCTCAGTGACGGAGACTTCTGCTGAACAAGGATCGTCGCTGTGCAATGAAATTATTCCAAAGGAAAACCTTTTGACCTTGAGGAGGCTGAAGATTTTGGAGCAGTTTTTCAGAAAGTTCCAGTGGAAACCAGAGGATTATTAACAGTTTTTTTTTTTGTAAAAGATAACGGCTGTTAAAGGGGTAGTTCACCCAAAAATGAAAATTATTGACTCCAAAACTTGGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000076787:ENSDART00000156256:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(20.5=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PD(23.3=92.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]