DreINT0047216 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000020345 | clasp2
Description
cytoplasmic linker associated protein 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2343]
Coordinates
chr19:43200553-43204254:+
Coord C1 exon
chr19:43200553-43200659
Coord A exon
chr19:43200660-43204009
Coord C2 exon
chr19:43204010-43204254
Length
3350 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAAT
5' ss Score
6.06
3' ss Seq
ATTGGTGTTTTCCTAAGCAGAAG
3' ss Score
5
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTGGGTTGGGTATGTCTCAGTCCAGTCGTCTGTCATCTTCAGTTAGTGCCATGAGAGTCTTGAACACCGGATCTGACGTGGAGGAAGCCCTGGCAGATGCTCTG
Seq A exon
GTAAATATATATTACATATCCCAGTTCTCAAATGTTTACGAAGCAGAATTTGGCATTTAGACATTTTTGATAAGTGAAGATATTAAAATGAGTCAAAGATGAAATATTTGTTTGTATATGCATGGTAAATCTCCTTTAATGTTTCAAATAGCATAAGATTCCCTTGTCATATTTTTGTCAAATTAATCAACATATGCATTATGGTCTGGTTTTGTTAAAAATTAAAAAATAATAAGTGATCATATAAATGGTTTAATAAAAACTGATTGCTAACAAATGGCTTAAAACTAGTTTAGATGTATAAAGATGTAAAATCCGGGTTTCCGCACTTCTTGAAAGGACTTGAATTTCAGACATATCGATTCAAGGCCTGAAAAGTACTTAATAACAAACACAGGTCCTTGAAAGTGCTTGAATTAAATTAGAAATGACATTTGTTTATGGTGTTTTTTCAACAATTGTACTGTGCTGCTGAAGAAAACAAAAAAAAAAAAAGAGAAATAGTTAATTAAAAATCTTAAATTTTAATAGAAAAGTGCACTTTTTATCAGTATTTAATTAAAAATTCGACAAATTTCATTAAAGTACTTTGAACATGACTGTTTCACATTCAAGCATGATTATTACTGTCATTTTAATGTAAATATTAAGTGTAAATGAAATGATTTGTACAATAAGGACTTTTATGGCACTAATGGCCTGTTTTCACTGAGTGGTACAGTACGGTACTGGTCACCTTTATTAGGCTTGTGTTTCCACTGCCAAAAGGGTTCCAATGGTGAGTGTGGTGTACGACAAAGTTTCATTCTCACTCGAGAAAATGTCAAAGTAAAGCTGTACATTTCATTCACATTTATCAGAAGCACTTCTCATAAAACAGATGCTTTATACACATAAATACTTGTGTATAAATGTTCATTACTAACCTTTCTATAAACATAATATGATTATAACTGCTGATCAATGATGAATATTTCGGCTTGTCCTTTTTTTTTTTCGCTTCACCCTCGCATTTGTCCGTTTCTTAAAGGATGTCAGAAGCACTTCAATAATCGCATGCACGGTATAATCATCGGCTCAAGAAGTTATTTCAAATATAGACTCGTGGAGAGTGCACAAGAAAACGAAACCGGTCGAGCTTTTTTAAAATTAATGGTGCTTTAATAATCCTTGAAAGTCCTTGAATCTGCTGTTTATGAAATAGTGGGAACCCTGTAAAATCAAAGGATCACGGTGCATTTAAAAAAAAATCTAATAAGTTGTTAAGTATTATTTTGGGGCTACACTGTGTTCCTTAATCAGTCTTTTAATTTGTCATCAAATAATTCTAGTGCTAAATATGCCTGAGAATATTTTGAGTAAATGTTTTTGTAACACTAAATCTCATTTACTGGGTGTTTTCTTTTCTTTTCTTTTGTAAAAAAAAAATGTGAATGTTTAAATCTGTAGTATTACGTTTTAAAGGGGACCTCTTATGCACCTTTTTAAGGGGTTTAAACAGTTTTTTTGGTTGTAGTGTGTGAATATAATCAGCCTCTAAATGTTAGACATTAATTAATTCTATTTTTTAATAATCACACTTCATAAAAATGTGTCTTCAGAAACGCTTTGATTGACATTCTCCCTTTGTGTGTGTCATCAGAGGGGGGAAAACCCCGCTCACTAGTGACCATCTCTCCCTCATTAGCATAAACAGCCCTTAGTGAGAAGCAGCCATCCGCCATTAGAGATTTGAAACTGCTGCTATGCTGACACATAGTCGTTTATAACTCTTGAAAAGAGAACAATCTCATTTGAATTTCAGGGTCATGAAACCACCGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTGAGATTTTTAACAGATTTGCGTGTGTTCAGCATCAGTTAAGACAATGTGACCACCTGTTAGATTTAATTGTGGGGAAAAAATGCATAATTTTGAGTTTTTGTCAGATAATTTCATCTTCCGCCCCAAAAATCATTTTAAACTTGGATCAAAATCGGTGACAATGCAAAACTGCCAGTGCAAAGATGACGCGTCGGTTTCTCATTATTATTCATGGCGGAGTTTTCTTATCCTATGAGAAGAGCCGGCTTCTTAATTATTCACGACTGCGCATGCTTTCCGAAGGCAAGACACAGACCTGCCAGTGCCAAGCTGTGAGACACTAACCCATGGCACAAAGTATTTAGTCATTCATGAAGGGTCATATGTGTTTGTTTCCATGATCCACGGGGTTTTTGGCTTGTTTTTCCCCGCAATGCTGTCAGGGGCGATACAGCAAAGCTGTTTGTGTAAAGCAAGCATTTTTGTTCGGAGAGTAGTACGAGAATTGGAGAATGGCGGACGTTGTCTTTTATCTGGAGTTCGTTCACATTTAGACACATCGCCGTGCTGTTGTGTTCACCTAAATCCTCTAGATTACCAACAGGACTAATGGTTAAAATAGACTGATTCAGACCCAGGGATTGAGGGAAAAGTTCTCATTTATAGTGTTTATATGAACATCTGTATAAAAAATTACGAATAACAAATGAAGCAGGGCATTAAATTACTGTTCATTTCTTTGCATTTTAACTTTGTAAACTATAAACTCATGCGTCTCCTCACGGTTTGTGTCTCATTTTGTGAGCCGACTGACAACAGTTGTTCGCTCCCCTGCTCTGCTGGCCACGCCCACTCCTGATGGCCCACTCCTCCCATTATGATGCATCTGTTGAAAAAATTCTGAGGTAGACCTGAACCGAAAGTCGAGGGTGTCATGGCTCTTTAAAGCGACAGTCAGCATAAAAGGGGCAGTTTCAAAGAGTTATAAAACAATTTTTGTGTTTTTTGTGTTTTGAGCTGAAGCTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTTAGGCACATCAGAGACTTATTTTACATCTTGTAAAAAGATGCGTAATAGGTCCTCTTTAAAGCTTGAAAACTCCCTTTCAAGTTTCCAAACTCTTACAACTAAATATTGGTTTGGGATGCGAAAAGTAATTGTAAATCTTTAATTGTAGATTCAGCATGCAAATGATTTGTACTCACAAAAATTAACCCAGCAGATTGACATGATCATTTATTAATGCACTGTGTTTTGTCTGCCTTTAACTCGTCTGTCATGCTTTAACTTTAACCTTTGGCTTTGTCAATGCTGCCAGCTATTAGGAGATATGCGGAGCAAGGTTAGTCTGTCTGGCTTTTTCTGTCTGTCTCTCTGCTTTCAACATTTTCATTATCTATATTTCAAGCTCTCAAAGTGTTTAATCCCTACCTTAAATACTCATTCTCCATTGGTGTTTTCCTAAGCAG
Seq C2 exon
AAGAAACCTGCTCGGCGGCGGTACGACACGTATGGGATGTATTCAGATGATGATGCTAATAGCGACGCCTCTAGCGCGTGTTCTGAGCGCTCGTACAGCTCCAGAAATGGCAGCATCCCAACGTATATGCGGCAGACGGAGGACGTGGCTGAAGTGCTCAATCGCTGTGCCTCCGCCAACTGGTCCGAGAGGAAAGAGGGGCTGATGGGATTGCAGGCGTTGCTGAAAAACCATCGAACTCTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000020345:ENSDART00000144557:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.930 A=NA C2=0.652
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=PU(17.0=47.0),PF046827=Herpes_BTRF1=PU(19.8=21.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]