DreINT0050380 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000021720 | col7a1
Description
collagen, type VII, alpha 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-2427]
Coordinates
chr6:40275603-40279518:-
Coord C1 exon
chr6:40279399-40279518
Coord A exon
chr6:40275759-40279398
Coord C2 exon
chr6:40275603-40275758
Length
3640 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
GTTGTTTGATTGGTTTACAGGTC
3' ss Score
7.55
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCCTCTTTTGGGCGTGACAACACTGCGACTGGTGCGGGCTGGGTTTTTCTCTTTGGCTTTGGCCTGGGATGCTCCAGCTGAGCAAGTACAGGGCTACAGAATCACCTATGGACCTACAG
Seq A exon
GTGAGATAAGATCCATATGAATGCTATTCAGGGTTCCCTAGCTTCTTGAAAGTACTTGAAAGTGCTTGATTTTCAGACATATGGATTCAAGGCCTGGTACGTACTTAAAAGCAAACATAGGTCCTTGACAATGCTTGAATTTAAAGTTTATAGTGTTATTTCAACAATTGTTCTGTGCTACTTTCAGAAACTGAACGAAAAAATGAATAAATTCTTAATTTAAAGATCTTAAATTTCAATCTTACATGAACTATGACAAATAATGCATTTTAGCAATATTTCAGAAACTGCATTTGAATATTGTCAGGATTGAAGTCAACTAATTGTATTAAAGTTCTTTGACCATGACTTTAAAACGGTTGTTTATAAAGGTCAGCATTTTTAAAAATGACATTAAAAACACCATCATAACATTTTAATGTAAATATTAAGAATAAGTTAAATGTTAAGTACAGGAAGGACTTTCATGCACTATATATGTATTACAAAGGTGCTAGTATTAAAAAACAGTGATTTAAAAGGTCTTTAAATTTGGTGTCCATGAAAGAGTGGGAATACTGATTATTTCATAGTTTCGTAGCATTTCATAGTATTATTTTAACTCTTTTAATAGCAAACCCACAAAGAAATCTGATGTGTGGCAATATATGCAAATTACATACTGTATATTACAGACAAGTTCATTTGTATTTCACGTTTCTAAAATATATGCCATACATGCAACATATACCTAAAAATATTGGAAAAATGGTCGCTTTTATATGTATATATTTTTAACAATTGGATCTACAATTATGCATATAAATATGTGCAAATATATTATCTATAATTTTTTATATGTTTTTATATATAAGAACATATATGAACACACACACATATAATATATTTGAACAAATTTGTACATATAAATAGTAAAAAAAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAGCGTCAATTGTTTGAACCTCGAGTTTGTCAAATGTTTTTTTGTTTATGCATGAAAAATGATTAATAAAACAATGATCACACTTTAATATAATTTGCTTACATTTTAATTTAGCTGCCGTCTTTCTTAAATTAATTTTATAAAATAATTCAGCACACAGAGTTTATAAGTTTTCTTAAAGTTTATATAAGTTTTTTATATACATTTAAAGGCAATTCATGTAATTTAAATGACAAAATCCCTATTTTACAAATTAAAGTTGCACATTTTTTTCATTTAATTGCAAACTTGCCATACATTTCCTGTGTACAGTATCTGTTTGCTAAAACAAAATACTACATTTAAAAACAGCACAAGCTCATCTCCTCAAAAATACACAGTAATTTATATTCATGTGTGCTGCAGAAACGGGTAACACACCAAATGCAATGCTTAGGGAGAGGATTTTGAACAAATCCCTTATTCTACGCCTGAGCAGTAACAGTGATTATCCCCTTAGCAAGTGGTGCTAACTAATGATTTTAGCAGTCTGATGAAAAGGAGATGGCAGGGTTGAGAATGTGATTTTTGTTTCCCAAAGGCATTTTTTGTCTATTGCTTAAAGGAGTGCCAGTTTTCTTTTACCTGGTTGGCATCCAGGTATGAGCTGGCATTCAGGGAACAGATCTGTCAGGTTAGGTGTGGCCTTGTCTTTAATAAGGTTAGTTTTTGAAAGCAGAGGAATATGTTTTAACATGTCTGTCTCATGTCTAAAAGCTCAGCGTTTAATGCAAATGAACAGATGCTGAAACACCTATTTAATTTAATATGATACTGTGGAATTCACTGCCTCATATACACTTTTAACATTATTGGGGTTTTTAGAATAGAAAGTCATCATTTGTGCATTTTTATTGGCTACAACAGGACAAGTAAAACAAAAAATCAATGGCAGCTTTACCATGACTAGAACTGTGGAATAAAATATTGCAAGATTGTTTACACTTAAAAAATGTTCTACACAATTCATTTATGTTGTCCCCACACAAATCGATTAAGTTACCTTAACACATTTAAGTGGATTGAACATAAAACAATTAATTTGTCCCAAAATAATCAAAAGAATTGTGTTGTTTAGCTCATTTTAAATAAGTAACAAGCAGCAAAATCATTTTAAGTGTAAAATAGAAGGACAAAGAAGAAGATTTTTTTTTTAGTGTCAGTTTTTTGCATTGGGAAAACTCACATCCCAGCATTAATTAGTACTCGATGACTTAAAGGGCACCTATAATGAAGATCAACTTTTGTAAGCTGTTTGGACAGAACTGTGTGTAGGTATAGTGTGTCCACAGTCATATTGGAGTGATATAAATACAACAAGTCTCTTTTTTTAATTTACTGACGTTAAAATAAGACCCAAATCCTAATTAATTTAAGGCCCACCGCAACCTAATGTAGGATTTTGGTTTTTCCTGCCCACCAAATTGATTGACAGATGCCATGTTTCTATAATAACATGTATACACGTGTCCACATTTTTATGCAGATATTCTGGGATTAAATTATTTGTTACAACTCTCTGTGATTTTTAGCACTCTCTGTGGCATTTTTAAAACGGAGCATATTTGTAATAAAGACAGTATTGGCATTTGTGTGAGATTCATCATTTCAGAAAGGCTTTAATAATCTCCACCACAAATACATGAAATAAACTTGCTTGGTATTTTTGACTAATGAGCTGTATTTCAGCTTCATCCGAGTCTGTGTCTGTCACTGTGATGAAAATCTGATGCAACACATGATGAGAAGCAGACACGCATATTGGAGCGGTGGGCGGGGAGAAGCAGCTCATTTTTATTTAAAGTCACAGGCTACAAAACAGCTACAGTATACTCGGACACCAATATGGGCAGATACTAGATTCTATGATAAATATTCTGATGGGTGTTTTGAGCTGAAAATTTATAGACACATTTTGGAGACACCAAAGGCTTATCTTACATCTTGTAAAATGTGCCATTTAATGCCAAGATAGGTAAACACAAATTGTATGGTTATAAATAAACGTAATATAAAGTCTTTGGCATTTTTACTATGGCTAGAATAGTGGGTTAAATATTAAGAATTGTTAGAAGAGAGAAAGTATTTACCCTCACATTTGTGTATTAGAAACACTCACAAAGCAGCATTAACTAGATCTGTATGATTTGATGCAAAGGTAATGAAACACAAAATTCCTTGTTATAAATGTACATAATATTTTCTAATTAAAAAAATATTGTATTAAGTCATTAAAACATTTTTAAAATAAAATGTGGGGAAATGCTTTTGTCACTTTGTAAAACATAAAACAAAAAGAGGATAACCATGAAAAGAGACCTCACTTTCTCATACAGATTAAAAGATAATGCATCTTTGCTTTTTTTGGCAGCAAGTCTATTGTTGTTGAAGTGTGTGTTGATTCAATAGCTACGGATGAGTTCAGTGAGTTCATTCAGTGAAAGATTTCACAGACAGATTCAAACAAGTAACTCCTGAGTATTCAGTTGACTCTAAGTATATTTTATTATTCAGTTTTCACACTCTTCTTTGCTAATTTATTTCTGTGCTGCAAGCCATAGTTGAAACAACTCTGCCGTTTTCTTGTGCATGGCATAATTCATGATTTGTGTTGTTTGATTGGTTTACAG
Seq C2 exon
GTCAGCCTGCTGCACGACTGGAGGAGCAGTCTGTGGGGGCGGAGTCTACTTCGCTGAATTTGCTCGGCCTCAAGTCAAACACAGAATATGCGATCAACTTGTTACCTCTTTTTCCTCGTAACAATGGCTCACCAGCTTCCCTGACTGCCCGTACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000021720:ENSDART00000154878:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.073 A=NA C2=0.208
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=PU(44.3=85.4)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PD(54.4=81.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]