DreINT0058774 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010042 | dnm1a
Description
dynamin 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-27]
Coordinates
chr5:1352814-1363930:+
Coord C1 exon
chr5:1352814-1353020
Coord A exon
chr5:1353021-1362821
Coord C2 exon
chr5:1362822-1363930
Length
9801 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
TCTCTGTGTTCCCATGGCAGCCG
3' ss Score
8.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTCCGGCCACCAGCCCAACCCCTCAAAGACGGGCTCCACCTCCAGGGCCTCCAGCTCGCCCAGGTTCCCGTGGTTCGGCCCCAGGGCCCCCAGCTGCAGGTGGGCCACCTGTTCCCTCCCGCCCCGGAGCCTCTCCGGACCCCTTCGGCGGACCTCCTCCTACGGTCCCATCCCGTCCTAACCGCGCCCCACCCAGTGTGCCCAG
Seq A exon
GTGAGACCCAGGAATATTAACAGCAGACTCACTAGTAAACAACACTAATGTGCTCAGGCTAGAGGAATAAATGTAATTTCTGCTGCACTAGCGCCACCTAGTGTTTTTTTTTGTCCAGCCAACAGAAGACAAGCAACTTCTGTCTACATTAAACCAGACACATTTGATCACTTTTTATTTCAAAAGCTCTTTCTGTCTGCACTGGTGTTTCCAAAAGCTTCTCGTCCACATTGAAAAAATCTTCTTTATGAGTATACATATACAGTTTGCTCATAGATATTAGCAATAACTTTATATATGTGGCCATTTATGAACATACATGTGTAGTTTTATGTAATATAGTTGAACATATTATTCAAGTGCAAGGATATTTATTTATTATAGAGCACATTTAAAAGCAGTCACAAGACTGACTAAAGTGCTGTACGTAAGACAAGGTAAAAATAAAAAGACAGAATATAAAAACATAGAAATAAGGCAAGAGAAACGTCAGTAAAAATGTAGCACTGGAAAGGACTATTAAAATAATCTTAGAAAGCCAAGCTGAACAGGTACGTTTTAAGAAGTGATTTAAAAATAGATAATGATGGAGCTATTCTAATCTCAAGGGGCAAGGTTTTCCACAACCGAGGACCCGCTACAGAGAAAGCTCTGTCCCCTCAACGTTTAGCCTGGACTGAGGAACTGAAAGAAGATTCTGATCACCTGACCTGAGACAGGGGTCACCAATCCTGGTCTTGGAGGGCCGGTGTCCCTGCAGGGTTTAGCTCCAACTTACCTCAACACACCCGCCTGTATGTTTCAAGTATACCTAGTAAGACCTTGATTAACTTGTTCAGGTGTGTTCGATTAGGGTTGGAGGTCAAATCTGCATGATACCGGCCCTCCAGGAACAAGTTTGGTGATCCCTGATCTAAGAGATCTCACAGGAGTGTAAAAATGAAGCAGCTCTGAGAGATGGGATGGGGCTAGATTATGGAGGGATTTATAAACCAGTAAAAGCACTTAAAACTCAATTCTGAATTGGACAGGCAGCCAATGAAGGCCTCTTAGAAGCGGGGTAATGTGGTCATATTTTTTTGCGATTACAAACGAATCTAGTAGCAGCAATTTGGACCAACTGATGGCGAAAAACCTGGGATTTTGACATGCCATAGTAAAGTGCAATGCAGTAGTCTAACTGTGATGTAATGAAAGTGTGGACAGCCATCTCTCGAGTGGTGGGATTAAAAAGTGTTTAACTTTAGACAGCAACCATAGTTGATAAAAACTGGAGCCAATAAGCGAACTGATCTGTTCGTCGAGTTTTAATGGCTCATCAAGGATGACACCCAGATTGCGGACATGGGGGGATCTGAAGGCAGATAAGCAGCCCAAATCTAGACAAGAGGCCTGAATGTTTTCAGTAGGGTATAATCGTTGCATTCCTAACGGAAACATAGCTATTGACATCCATAGTAGTAGGAACTAAAATGTTTTCAGTATTATTCAGAATATATTTTTGCAGAAAGAAACTCAAACTGGTTTTAAACGAGTAAATGAAGACATAAGTATCATGTTTGGGTGATCTGCCCCTAATGTGTCTGGCTTGATGTAAACAAGCCTCCATCTGATGTAGCAAGTGGTGCAGAAATAAGCATATACTGTACAGTACAACACTGTACATGAAAGATTAGAAATGCACAGAAACACTAACCTCTGCAGTCTAATAAGAGATTGCATTTGCTCTTAGCCGCGGAGTGTGAGACTGTAATCGGTGGATTAAATGCAGTGGTGTGGGTGAGTTAACCGGTCACCATAGCAACATTTAAATGATAAGCAGTCGCAGTCTTATCATCACTGACAGTTCATTGTTTCTGGTTATCAAAGTGTTCAGATGTCCACAGTCTGCTGTCCTGCTTCTAACACTTATAATCGGTCAAACATCACAGTAGAGCTGGGTGATGTATTTCGCTGGTGATATGCAGTGCTCAGTATAAATGAGTACACCCTCTTTTATACTGAAATTTTCTACAGGATGCTTTACAGTAATATATAAGTGCAAATACACTAGATTAGACAGCACCAAAGACGAAACTGATGAACTAATCTAACAAAAAAAACTAAAGATGTAATCTAATGTAATGTAATGTAAAGAATCATCATTGGGGACATCAGAATAAAAGATCACAGTCGAAAAATGTACACTCCTTAACTAATGTCAGAGACAAATAGTAAATCAAATTTCAATAAACAGGAAAAACCAAGAGAAACTTTTACAAAATATTAAATTTATTTGTAATTATAGTTTTGTTTGAATTTATATGTATTATCTTTCAATCCTAAATATGCTTGGTGAGCAAACTCTTATTTTACTGCATGTAACTGTTGAATAAAACTGTTTTGTTCAAATGCATTAACATATATTGGCTATATTTACTGAGAAATTGATTTATACATTTTTAAATACGGTTATACTCATTTTAGCGGAGCACTGTAAATGTAAACAATACTAGCAAAACTGTCACAATTTTGGTTAAAAAATAAAGGTTTTTTTTGCGGATCGTATAGTGACACTCCCAGGTTAAATCAGGGATACTATTTGGATTAAAAGTTGATTAATTCAATTTATTTGTGCAAATCAGTCGTCTAAATAAATAAAAACAGTCTGATTTAAAATAAAATAATTTATTAAACTAATTAGATTTGTTTTTTAAACATTTTTTTTACAAATGTCTTTTTTTTGACATTGATAATATAATATAATAAAATAAAATAAAATATAATATAAAATAATAAAATATAATATAAAATAATATAATAAAATATAATATAATATAATATAGTACAATATATTATAATATAATATAAAATAATAAAATATAATATATATTTTTTGACTTTTTCCTATGTTTTATTTCATCAAAAATAAAGTAATATCAGTAATATTGTGAAACATATTTTTCCTAAATTAAAACAGATGTTTTTAATGTTTGTTTTTTTCAGAAGTCTGTTCAGCTCAGCAAGCCTGCATTATTTAATCCAAAGTTATATCTTCGCTATTTAAAATAACTTGCTTTTTGAATATATTTTAAAATGTAATTATTTATGTGATTTTTTGGCATCATTACTCCAGTAACATTATCCTTCAGAAATCATTGTGATATTCAGATTTACTTATTTAAGACTATTTATTTAGACTTTAGATCAAATATTCAACATTCTGACAGCTAGTGAGTGTTTTAAAATATATCCCCCCCAACCTTGAACATTTTACAGATGGATATGAATAAGTCAATGTGATTAGATCAATAATTGTACAGTCAAGGTGTAAAGTGACATATAATAGTGAGCAAAGACTGAAAACCCTGCAACCCTGAGAATGAACATCTCTACCTGCTCAAAAACAAAGCATATCAGGAAGAGAAAAACCCAAGGTATTCTTGAGTATTATTTGTTTTGTAAAAAGGAGAAGAGGTTAAAATCTGGATTTTAATGTCTTAATTATATCACCCAGCTCTAATAATAGTCTGAATCTCGTCTCTGAATGTGTCACTGAATGGACGTTTGGTCACATTGGCTCTGCGCAACACACACACACTGCACAACACACACACTCAAAAGATGCTTTACTAACCATACAGATGAGGGTGCGAGGGATTTTTCTGTTCTTTCTTCAGTTTCTTTGTGTTTAACGCTGAAGTCTTCTGTTGTATGTGATTTAATCATTCTAATTCGCTTGCTTCCTTACAGCAACACACACTCACTCATTCATTCACACACACCCTAATGAAGTCCTAAATTTAACACTGCAATCCCTAATAAATGCACTGCAAAAAGTATTTTTCTTACTTCATGACAAGCTAAAAATATGATTTTGTTTTCAGAGTCGATATGAAGCGAGTTTCTTAAAACAAGCAAACTAATCGGCCAATGGAGAATGCTTTCACTTTGATTTAATATTATTTTGCATACTCCATTGGCAGAATACTTTGCTTGGTTTAAGGAAAAACTCACCGCATTTTGACTTATTATTTCTGAAAACAAGACCATATTCTTTGCTTGTCTAGAAAATGCTCATTGATTTAATAATTTTTAGATATTTTGACCAAAAACAAGACAAAAACTGTGTAAGAAAAGCATTTTTTGCAGTATGATTTGTCAACTGAGCTGCAAAACCTCTGATCAAAACAAACACTTCTGAAAAAAATAGTATCATATCTCATTATAAGGCCAGACAGAATCTGCAGTCATTTGTTATTTCTGCGCAGACTTTCATACAAAATCTGGCTACTCATTGCTGATTGGCTGTTAAATGCGTATTGAAGCGTGGAGGTTTTGGACATCAGTCTGTGGTTAGCTTGGACTGGAGATGTGTTCATGTTAGGGCTGCACAATGTATTGAAAAATTATCGTTATTGCAATAATAGCATATGCAATATACAGTTGAAGCCTTGCTAAATTATTAGCCCCCCTGTATATCTTTCCCCAATTTTTGTTTAACACATTTCTAATCATAATAGTTTTAATAACTTATTTCTAATAGCTGATTTATTTTCTCTATGCCATGATGACAGTAGATAATACTAGACTAGATATTCTTCAAGACACTAGTATTCAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTCACTAGGTTAGTTAGGGTAAAGTTAGGGTAATTAGGCAAGTCATTGTATAACAGTGGTTTGTTCTGGAGACAATCCAACACTAATATTGCTTAGAGGGCTAATAATATTGACTTTAAATGAGTTTAAAACAATTAAAAACTGCTTTAATTCTAGCCAAAGTAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAAAAAATTTTTTAGAGGAAATACTGTGAACAATTCCTGAATCTGTTTAACATTTTTTAGGAAATATTTGAAAAAGTAAACAAATTTACAGGAAGGCAAATAGTTCTGACTTTAACTGTGTATTGCAGACATGTGTGATAAATGACATTTACTTCATGCATTGGTTGTTTATCTAAATTTGCCCAATCAGATG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Seq C2 exon
CCGACGACCCCCGGCATCACCTACGCGACCATACTGACCCACAGACTCCTCCCGCTTAGACTATTAGCCCCTCCCACACCCGTGACAGACAACGAGGACAGACACGCCCACCCAGCCAGAGCTCCTCCCCTTCCTTCCTGCTCCTCATCACTAATACACAACATACACACTGATTCAACAACTCTACAACCCTCTGTCACAAGTTTTACATTTATGCTATTAATATTATTATAATTATTTAGCTTAGGCGTCTCAAACTCATATATTCAAGTGTATATAATAGTCAGAAATGAACTACTGATAATAATGTAAAGCATTGTAGGCCAAACTAAAATTTGATGAATGAAATGATGCATTTTAAATGTTTATGAACTCAATCTCTTTGACAGAAGGTTGATGAGTTTTAGATGCCTGTTCGTGATATTCAACAATTAAAATGCCTACTCTTCCTTAAACAATAAGCTTGATACACTTCAAAAAAATGATCTTATTGGTATATTCATCTTAAATCAAGACACATTTACTAGAGAAGCAATTTTATTTGGGCTTGTTTTCTAAAATTTTTAACAATAATTATAAAGTTTACGCTTGAATCAATTAAAAAAATCAGTCAACAAGGTCAGAAAAATAACCATAATTCAACAGAAATCACATTTTTTCTAACCCAATGCCATTTTTATTCAGTTTTAAACCAAAAACTTATTTAATTTCATTAATATCTTCATTACATTGCATCTTAAGTAAATGTACCTTGATGTGAGAATGATTTTCAGAACAAATTTTTTTTTTGCAGTGTAGCAAAGGTCAAACGAATGACGGCAGGGTCTGATGAATGCATTCCTGTCCGATTTCTGTTGCTTTATTTATTTTCTATCATCTCAAGCTTCTTTTGGTTATCCGATGCTTGATCTTCTGCCCTATAAGCGATGCATTATCTCTCCAAAGTGTGTGCTGGAGCTTGACGATAACTGCATCTTCTGAATGTGCTGCTGTGTGTCTGTGTTTCTGTACATTACTATTGGCTCTGTTTTGTTTTTGTTCTGTATGTGCGTCGGCCTGCAGTGGTCCCTGAGCTTACGGGCCAGAAGACGACACCAAATTCCTGAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010042:ENSDART00000147972:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]