DreINT0060554 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078386 | dync1i2a
Description
dynein, cytoplasmic 1, intermediate chain 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060929-1086]
Coordinates
chr9:3164087-3169292:+
Coord C1 exon
chr9:3164087-3164142
Coord A exon
chr9:3164143-3169180
Coord C2 exon
chr9:3169181-3169292
Length
5038 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCTGC
5' ss Score
5.61
3' ss Seq
TGTGTGTTTGCTTTTTAAAGCAT
3' ss Score
7.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAAACTGAGCAGGGCAACAAAAGCAGCGCTTTCTGCAGGCAACAAACAATCTCAG
Seq A exon
GTCTGCTTATAACATGCTTTTAAATAAGAGAAAACGTTTCAATAATGTGTCTATGACTCTAGTCAACTTTTTATCCGCCGGGTTGTCACTTTTATGCGTTGGGTGTAGTCCAGCAGTAGCTATTTACCAGGAGTGCTGTTGGGAGTCAGTCATATGACAGTCACGCATTTAAAATCGACTGCGAATATAATATTTTGTATATAACGTTAACATGATGTAATATGATATGAATGAAGTGATGTGCTTATGATTCTGTTTGTTTATGTAGTGAAAGGACAGAAGTTAATCTCTAGCAGATTAACAGTTACTGACAGCAGGAAAATCCGCTTTAAGATGATTTAGTCAATATTTATTTGCTCCCAGAGCTAGTGAAGTGTTTACTGATTTTATAACTAATGTAATTGAGATCAAATTGGTTTTATATTCGCACATTCATTCATTTTTGAACAGTGACAGGGTCTCTGCATTGTTTACCACGATGTTTTGTAAATTGGGTCTAAAATATAGAGGTAAAGTTGGTTTTATATTCGGATATTCAGACATTCCCCTTAATAATATCATTTCAGAAAAGTATTCATTGCAAATTCTAAATAGGGAAATCATATTAGCCGCACATGAGTATCAAAGTACAACATTGTTCACAGTCAAATAAACAGTGTTAATGTTGTTTTCAAGTCATACTTGCATGGTAATTCCGATCGAATATTCAAAGTAACATGGTAAACAATATATATAGACTGCTAAATAAACGAATGTGTGAATATAAAACCAACTTTACCTCTATGTCTAAAATTGCAGTCTCTGATACTGGTAATATACAAGCATATTTCACCCACTAATATCTTAAAACTTGGTTTCTTAATAGTAAGTTTACATTTTATGAATGTAAAATTTTGTTAACAATATAAGTAATCTAATTAAATAAATTGATTAGGATAGACTGTAAAGCCAAAAAGTGATTTTTTCCCATAATGATGAAAGAGGTTTTGAACACTGAAAATTGGTTACAAATAAATTAATACATTACAAACATTAATACATTTTTTGCACCTTTGCAAGTTGACTATGTACAATGCCAAAATAAGTGAAGAGTACAGATGCAAAAACCTCTAAGTGCCGTCTGAAATTTTCATAAAAAATGAGCCTTTCTCAGCCTCCTCCTATTCTCAGCCTCCTTTGTTTTTGTTGAGTAATTTCGCTTTGAAAAGTAGTACTGAACCTACACACAGGAGGCTAATAAAAATGATAGAGGTAAAGATAGTTTTAGATTTGGATATTTAGACATTCTCCTTAATTTAATTTCAGAAAAGTATGCTTTGCAAATTCTAAAAAGGGGAAATCATATTAGCAGCCAATGACTATCAAAGTACAACATTGTTCACAGTGACTTAGATAGTGTTAATTTTGTTTAGAAGTCATACTTGCATGCTAATTCTGACCTAATATTCAATTTAGCATGGTAAACAATATTAAGACAGTTAAATGAATGAATGTGCGAATACAAAACCAACTTTACATCTAAAAAATTATAATTTTTGCATCAAAAAAATTATAATTTTTGGGTATTTCTGTTGTCTCATATTTATTACAAAAAAATACAATTTACATCTATCCCACTTTTAAGTTTATGTGGAATGTTTTGCTGGATAAAATCTGTGGAGACGTTTATAGGATATTTCTTTCATTTAATTTCTAACATGATATTTCAGTTGTAACAGCCACACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAGAAAATCAATTTACTGTAGAATGAGATAGATATATGTATATATATATATATATGTAGGCACAACACAATTGTTGTTTGCTAGTTTCAGCTCGGCGCAAGAGTCGTTTTGACGTTTTGCAGCACGTTGTTTAGATATCAAATGCATTTGCGCTCATATGTGCGCCCATAGGCATTCTGGTCTAAAAAAGGAGGTGTGTTGAGGCACATTGCTGGCGCGTTGCTATTTTCAGGAACTTAAATAGACGGTTCAATAGATCAGATCAAAGCCGGTCTATTGTCCAGCGCAGAGCGTGATAGTTTTGCGCCTCACTTACACATTGCTTAACACACACAGGATGTACAGCAATACACAAATATCTTTATAAATGAGAAAGAATTAAAGGGTTAAAATATTACAAAAAATATTTTTTTCTAGCCTACATAAATATAAAAACCAAACTTTCATGTCTTCTTCATCTCGGGGGCCTTTTTCAGTTCATTCATAACAATTTGCTTTTGTATAATGTTATTATTATTCGCAGTATTACTTATTATATCCATATTTATATTTGTTTTATTAAAAACATGCTTAGATTTGTTCACCTGTCAGGTTTTAGACCATATGGGGCACAGCATGTGTATTTTGATATAACTCAGGTTTTTGAGCACATTTTGCTATTATTATTCATTTATTCATTTGCTGGAAATTAGCACTGAATTTAGAAATAGTTTTGAAACAAATATTTGTGCTTAACAAACTAAATTAAACATAGGCTAATTAATGTCTGCGTACAACACATTTCCCTATCCATGAGAGCGAAAGTGAAAGTAAAGAATGAGGAGGCTTATTTCTCATTCTCGCGCTGCAGATGCTCTGTTTAACTGTTTTCTTTCTAGTGAAGCGTTCAGTTTTTCCACTTACAAAGTTCACCATGTATATAGCAAATGCGCTTACACGCGGCAGAACTGGCTCTTAAAGGGAAAGGGAGATGAAACTCTGATTGGTTTATTCTCAAAACAGATCTATAACTCATTAAGAGAATAATGCGCCATAGCCCAAAGGGGATTTTTCCGTCTTTAAAATAGCAAAAGTGGATTCTGACACACCCTGAATGCGTTTGCGCCCTGCGCGTTGGACTTTGCGCTTGGACCGTCTAAATAGAGTCCTATGTCTTTAAAACCATTCAAATTAAATACTATTAATAGTAATAATAGTAATAATAATAACACTAACAAACAAATATTTCACAAAAAGAGGTTACTTAAAAAAAAAAATAATAATTTTAATATAATAATTTTATATTCCCTTCTGTTATTTATTTTTAAAATTTTTGAAATATTTCTCAAATGATGTTTAACAGAGGAAGGAAATTTTCACAGTATTTCAGATAATATTTTTTTTTCTAGAGAAAGTCTTAATTATTTTATTTTGGCCAGAATAAAAGCAGTTTTTAATAATTTAAAAACCATTTTAAGGTCAATATTATGAGCCCCTTTAGCAATATTTTTCCCCAACTGTATTCAGAACAAACCATCGTTATACAATGACTTACCCTAAATATATTAACCCAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTAAATACTAGTATCTTTAAAAATATCTAATCACATATTTTTTACTGTCATCATGACAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATGAAAACTATTATTTTTAGAAATGGGTTAAAAAAATATTTTTTCTTTTTAACTTTACTGTTTAAAATCCAAAAAAGCACAGAAAACCATGGTTTTGAAAAAATAACCTGACAGTGGGCATGTTGTGCTTTTGAGCTCCTCTTAAGATCACGAGTTGTGTGATGTATCAGGCTCGGGCAGCTGGCAGAAAACATTGGAGTCAATGATTATTCTCTTCTGTAATCTTCAGCATGATTTGTTCAGATTACCAGGCTGAAAAGGCAGTTTGCTCTTTGTTTTTTGAAGTGCGTGTTTTAATGTGGTGATCGAGAGCTGTGTTGAGAGTCAGGTGCTGACTGAGCACAAAAGCCAGATTAGAGAAGAGACTCTTAAACTGATCCTGTAAATCTGTCTGGAGAATCTGAGACGGGCTGACAGACAGGCGGCAGTCAATGGGGGGCCTGAGGCCAGGTGAACGAGGTCTCTCGCTTTCCCTTGGCAGTTTACCGCTCCATTTGGATGCGTTATACACTCAATAAATATATATTTTTGCTTTTTGTTCAAACTGCTTATATAAAATGAGCTGAATCAACATAATTCTTGAGTTTGTATTGGGACAATCTGATTGTTTTATGTTCAATCCACTTAAATTGGTTAACTTAATTGATTTGTGTAAATATAAGAGTTGCACGATATTGGAAAAACCTGACATTGCAATATTTTGTTTTGCTGCGATATACAGTTGTAGTATATGAATATAGTTGAAGTTGAAATCTTTCCAAATAGAGCTATTCAAATCGTCTTGTGAAATTATATTCATATCGCAATATGCAGTCGAAGTCAGAATTATTAGCTCTTCTGAATCTTTTGGCCAAAATAACATCAGCAACTGTGTCACATTGTTTATTTTTGGCCTATGAAAAAAAATTTGGATGTTTTTGAAGCAAAGGTGGATGAGCTATTAAATCTGGTGAATAATATATATTAATTAAAAAAGAAGACAGTGGCTGTTTCTGACTTTTGATGTCTGTCTAAATAATATTACATTAAATACAGAAAAACATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCTTGACATTTTTATTTCTTTTTTTTTTAAATATTTCCCATGTTTAACAGAGCAAGGAAGTTTTCACAGTGTTTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTTTTTGTTTTATTTCGGCTAGAATAAAAGCCGTTTTTAATTTTTTAAACACCATTTTAAGGAGAAAATCTTTAGCTATTGTAAGCTGTTTTTTTTTCAATAGTCTACAGAACAAACCATCATTATACAATAACCTGCCTAATTAACCTAATTAACCTAGTTACGTCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGAGAAAATAAATCCGTTATTAGAAATGAGTTATTTCAACTATTATGATTAAAAATGTGTTAAAAAAAAAAATCTGCTCTCCGTTAAACAGAAATTGGGGAAAAAATAAACAGGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATACATTTGGGACTGCCGACACTCACTTTTCCCTGTGTGTTTGTGTGTTTGCTTTTTAAAG
Seq C2 exon
CATCATGTCGGATAAAAGTGAGCTGAAAGCTGAGCTAGAGCGGAAGAAACAGCGCCTGGCTCAGATTCGAGAGGAGAAGAAGAGAAAGGAGGAGGAACGCAAGAAAAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078386:ENSDART00000160567:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]