DreINT0100484 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078582 | myo16
Description
myosin XVI [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-470]
Coordinates
chr9:8135878-8142922:+
Coord C1 exon
chr9:8135878-8136124
Coord A exon
chr9:8136125-8142605
Coord C2 exon
chr9:8142606-8142922
Length
6481 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TTGTTCATTCTTTTGTTTAGGGT
3' ss Score
9.11
Exon sequences
Seq C1 exon
TAATGCGTGGCTGGTTGGCCAGACAGCAGGTGCGTCGCAGGCTCACTTCTAGGAAACAGGAGCTCTGCAATGTCCAGCGGTTCCTGCAAGGAGCTGAGGACTTGGGTTTGCGCACTTATGACAACCTGGTCATTCAAAACGCAGCCGATATTGCTAGAGAGAACGACCGCCTGCGGGGTCACATCAGTGCTCCACCACTGGGAGAGCGACCAGAACCTGTGGGCAAAGAAGAAGATTCGCCTAAAAG
Seq A exon
GTAAATACTCAACTCACAGGATTAAAAAAACAAAACAAAAAAAGTAGTCTTTATTAGGCCCCGTTCACATTACACAATTTTTATTGTCGGTTAAGACAATCAGTGTGTCATATTAAGCTATTTTGTTTAGATGCTCTCCTGACATGTCATAGCTACCAAATATGCCAGACTACAGTCAGTCATCGTGCAATGTATACAATATGCATTTTGTCATATGCATATTATTTTTATTATTTATAAATTATAAAGATTTCGATTATGGATGTAACAATTCACCGTGAGCTGGTTGAAAATCCATTCAAATATGTGATGATTCAAACCGGTAGAAATGTTGAACGAATCGCGATACATGTTTTAAAGTGAGGGGCGCTGTGTTTACAGGCGCAAGCTCGCTTTACCTACACATCAGCGGTGAGCAAAAGGTGAGACGGCAGAGTAAAATGACCGTGGTGAAGTGTGCCAGACAAAACACGAACTGTCTGCAAATACTGCAAAAAAGACGCTTACTTACACTAACAGAACAACAAATATGATTCACATAAACCATCAGTATAGTGATAAACTACTGGCACAGACATCTATATGCAAAAAATAAAATATTTATTATCCAAACCATGTGGACCGGAGGATTTGCAGCTCCGCTTGCTCTGACTAGTGCTACCGAGATCACTGGTGCATCAGTGTTTTCATAGCGAAAGTGTGAAGATGTTTTCAGACTGAAAGAGAAAGTTGATCATTACAGAAGCAGATATTACATTATTTTGACCCTGTCTTCAAATTAGTGTATGCATATTTGTAATAATTTGCTCATTATTATTGAATATTTAAAAATTTTCAAGGTTATCTCTTCTTAAGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCATATATTTGTTTTTGTTTTTTTGTTGTTGGTTTTTTTATGCCAGTGGTAAGTTCCCTGGATCAGAGGGCTTATTGGCCACCTCTGTACACACTGCTCTCTGGTTTAGGAAAGGCGTTCTTCTTCACACCAGCCCTCTCAGCCCCAGTAAAAGAGTTTTCTCATCAGCAGGGGACATTGGAAATGTGCAAATAAGCTGATATTTCTTTTTAAAAATGGTAAATCTCAGCACAGTCACAGTTTTAGTTTGTTTAGTTTCTTCTTTAGTTTTTATTATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAAAATAGCATTTAGTTACAGCAGAAAACATATTATTTTGCAAAAAGTGTGCAGCCTTAAAGAAAAAGATGAAAGGGCTCTTCACCTTAAAGTTGTTTCAAATAACTTTGTTCAAAAAAATTGTGACTAAATTGTATCGTACGTTTAAGATCGTTAATCATATCGTGAGTCAGGTAAATGGTTACATCCCTAGTCTCAGTAATTGTCTGATTATAGTTTACATGGTAACTCCTAGGGATGGATACTGAAACTCAGTACTTTATCAATATCGGTGCTAAACTATAAAAGACATTAACGGTTCTGCTATTGGTACTGGAGAATTATTGCTACATAAACATTATCTACAGTAGCATAATTTAACTGACCAACAATTTCTAATTTGCAATTTTTGATATTCAACCCATACACTTGCACTAAATAAATGGTGGAGAGAACCAAACGGTCGAGAGTATGGTTGTATTTCACCCGAGTAGACACTATGTGCTAGCAGTCAGTCATATAAGGTCTCTTTAAATTAGTAAAATGTTAATAATATAGTAAACACATTCAGTTACATTGAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATTTTTTTTTCCTAAACATTAAAAATGTATTTACATCACTGTATTTACAAATAGATGAATAATTCTAAACTATGCTTATTAAAAAATTATAAAGAAATAATAATAAAAAAACATCTTATTTTCATCTCCAAAATGGTATTAATTTAATTACAAACACCGTTAACTTATTTATGTGAATATGTTAATGATAAATCAAAAGCATTAGCCACAGTGGATTGTTTAACTGCATTTTGCAACTCAAAGAGGGTATTTTCAACTGATGGGAGCAAAAGAAGCCAAGAAAGCTTCCGACTTCTGCCAGAAAAGGCAAACATGTTGATTTTTCCCCAGAAGAATGGTTAAAACCTTGTCATTTGCAGCCTAACCTACATGTTCTTACTATGCTACTTCAAACCTTTGCACATTCTTTTTCAGTAAATTGTTTATTTAATTTCACATTTAAAAAGTTATAAAATAAAATGTTGTTATTTCTGTTCAATTAGTTTTTTGGGTTTTATTTTTTCATTTAAAAAAGCTACACAAAAGTATACAGATAAGAGTACCGTTAAAGTACCAAACCGATAATTGGTATCAATAAAAGTAGTTATACCATTAAAATCTTAATGATACCCATTACTAGTAACTCCAGTACCTACTACAGAAGTGCCTCGGCTATCAATTGCTGTGATAACACATTTGTCTTTTACAAATCCCTACATTACCCTACATCCAGCTAACAGTGTAATTCTGAACGAGGATTTAATGATCTCTTTAGAATAGTCAACATGAGTTTCTATATAAACATCACAATTTAATGCAATATTAAAAGCAGGTAGTGGAGCTACATATGAGGTAATAAGATTGTTTATGTAAAGGGCTCCTGTCTCTACTGTTTAAGCAGATATTGTAATAAAACATATCAAAAAAATAATCAAATTCATATTGGTGTTCCTTAGGGGATTGACATCTTTTGTCTGCTGAAATTGAATCTGATTTGGCAGCTCAGATCTGTCTGCGCTACTGTGAAACTTCCTCTTGAAGGATTATATTAGACACACTAACAGTCTAAATTATATTGGAGTGCCTGATTATATTATACACTGCAAAATGTGCCATCTTCAACTCGGGTTCGTGGAACCTATAAAAATTCATGGGAGATTTTATTGGTTCTGCTTGTTCTCCTCTTGCAAATAAAACAGGAACAGAGTGAGCCTTCATTTGTCACTGATGTGAGAAGCGTTTGCACTCTTTGAAACTTTGTGGGATTTTAGCAAAAGGAAAGACTGATGTCTGAGTTGTAGAGCAGTTTGCATTGAGATAAAGAAAAGCAAAACAACTTACCCACAAAATTACCTTAACCAAAATAACCTACTAACTTACTACAAATTACCTTGATATTTTTTTTTCTTTGATAATCAGTATCCAAAACTGAACTCATAATCACAGTGTGTATATACTGTAAACAAAAAAGGGGGAAAAATGTTGCCCTCCTGTGAAATTTGTATTGTTTTTTTTTGTTTTGTTTTTTTACTTTATTTGCCAAGTGATGGAATATGATTTTGGAGAAAGTATTATTTGTTTTAGTTGATGCATTTTAAGGTCAATATTATTATCCCCCTTAAAAAATTTATATTCTTTTTTTTTAATAGGCTTAAAAAAAACACTGTTGTACAATGACTTGCCTAATTGACGTAGTTAAGCCTTTGAATTGCAAGTTCAATACTAGTATCTTACAAAGTAACTAGAAATATGTGATGTTCTGTCATCATGGCAAAGACAAAATATATTAGTTATAAAAATTATTATGTTTAGGGTTGTCACGATACTGGAATTCGGTACTAATCGATACTGAAATTGTAAAAAACATTTCCATTTCCCCCAAACATTTTAACGCTTTTAGCGCTGATATGCCATTGTGTTCATGTGCTCAACAGATGTGACCGTGATTGGCCGTGAAGGTCATTGGTTCACCAAACTCATTGCTGTTTACTGAGTGTAAACACTGATACAGGGACACTGGGGCATTTTAAAGGCGCGATTCATCAGTGGATCACTTGTATGTCAGCTTATAGACAATCCAGCTGATCAACATGACTTTGAAACGCTCCAGTGTCCCTGTATCTGTGGTTACACTTGGTAAACAGGAGCGATTTTAGTGAATCAATGACCTTCCCAACCAATTACAATCATTTCTGTTGAGCATGTGAATATAATGGCAAATCAGCTCTGTTTAAGAACAAGCCCAAATGTTCGCAGGAATTGGACGGTTTTAAAATTTCAGTACCGATTGATACTGAATTCCAGTATTGCGACAACCCAAATGTTTGTAAATAGGTTGAAAAAATCTTGTCACTTTGGAAATATGTAAAAAAAAACAATACAAATTTTACAGGAGGGCTTCATCTGTGTTTAGCAGGAAGTAGTGGCAAAAGGTACCAAAAATCAACAAAGAAAATCTCAAGCACTATATTTAAAGACATTTTTGTTTTAATGACAAAAAAAATAATAATAAATAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATCATACTAATATATCTTCCTATTACCCATTCAACCATGCACAGTTTAGATTGGCTTATGTATAAGCATTAATAGCTGTTGTATTGATATCAGTGGAAAGCGTAGCTGAACATAAAGCTATTTGTTTTGTTGTTTCACAGAAGAATGCAATGAACATACATGCATGTATTAGTGTTCCCATCGAGTGCTATATGACCATCTGCTCTTATGAAGGGGGTTGGCTTCTTGTTTTTCAAAACACGCACATTCATCACATACATTCACTTTTAGCATCACAAATGAGGGAGGTGCCAGGTGACTGAGTGATGGGGGTTTCATAGCTAATCTAGATGTGGCAAACTCAATCAGCGAGTCAAGAGGAGCTCCATGCTGCTAATCAGAGAGAGAGATAAGACCCACCCCCCCACTCCGGGTTACTGAAATCTCCTTAGGGTTTTAAGTCACTGTAACCCCCTACCACCCCCTGTTCCCCGAACACCATCCACCCCAACACACTAATGCTTTTTCTCCAAGAACAACAGATGGTAGACCCAGATTAAAAAGGAAATATCAAATAAGAGTGTGTGTGTCAAATTACAGTATTACAGGAAGCAGCTTAGATTTAAACAATCAACAATGTAAATAATCGTTTGGGGCTTTGGTTTCTGTGTTATCCAATTGATATCCATTAATGTAATGCTAATTTGTAT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Seq C2 exon
GGTTGTTGAAAAAAGTGGGAGAGGTAATGATGTGGCCAACCGTGGGGGGAACCGACCAATTCGGCATTTTCGCTCCAGCTCTGTGCCTCTACCCCTGGTAATGGACAGCTTGGTACACTCCAGCATTGGGGCATCAATCAAAGCAGCCCTTCAGCCTACACCACATTCCACTGATGAAGGCAATGGAGGAAGCCTTTCCTCTCCACGAAAACAACCTCCTCCCAAACCCAAACGAGACCCTAATACACGTCTGAGTGCATCATATGAGGCAGTGAGTGCAGGCCTGAGTATTGCACCCAAAGACAGCCCTGCTGAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078582:ENSDART00000138167:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.343 A=NA C2=0.910
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061222=IQ=PD(52.4=13.3),PF154391=NYAP_N=PU(7.0=37.3)
A:
NA
C2:
PF154391=NYAP_N=FE(28.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]