DreINT0102982 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010953 | ndel1a
Description
nudE neurodevelopment protein 1-like 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040115-2]
Coordinates
chr12:26388817-26396003:+
Coord C1 exon
chr12:26388817-26388965
Coord A exon
chr12:26388966-26395028
Coord C2 exon
chr12:26395029-26396003
Length
6063 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTGAGT
5' ss Score
8.2
3' ss Seq
TATGTTTTCTCTGAGCACAGCAG
3' ss Score
0.5
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTTGGAGTCTAAGCTCGCAGCTTGTCGAAATTTTGCAAAGGACCAGGCAGCCAGAAAGAACTATGTTACCAACGTCAACGGCAATCTGATTAATGGCGACATTTCAAATTACTCTCATTCGCTCCACACATCCTACTTCGACAAAGC
Seq A exon
GTGAGTTGCCCATTTAGTTCAGAAAGACCAATCAATACATCATTAGATGTTGATGAGCAGTTACTTGAATTGATCTGTTGCCCATAATTGCACTTTCTTCCTCATTCTGATGTTTTGCAAAAAACAGATAAATAAGAATAAACTATTAAGTTCAGGTTCAGTCACCTAGAAACGGACATCCTGTAATCTTTTTTTCTCATGTTGTACTAAAAACCCATAAGACATTTGCTTATCTCCTAAAAATTGGGAACTTTTTGACTCTATTAACTCAAGCTTTAAAAATATTCAGAAAAACAGTGCATTAATCTATTGTGTTAATCCCAGGTTTATGAAATGCTATGAATTCTTTGTTTGAGCTTTATTTATAGACTAAATATCTTCACTTCCACATGAAAACCAGACAAGTTTACCAGTAATCATTAGTAATGCATTCTTAAGCTGCTCGCACTCCAAATCAGAAGTGTATAGCATTATTTAAAATGACATTATTTAGATGGCTCAGTGAAGCAGAAATTTTTGAACAGCATCCTGAGTAGTAGCTGGGCACCAAGGACTGATGCCCCATTTAGGAACAATTATTTTAAATTATTTTAAATTATTTTAAATTATTTATTTAAAATAAATAATTGAAGACCCAAAGCAGAATCGTTTTAAGATCGTATTAGATCTTATTGTAATGCAAACAACATGGAAGTGATGTTGTTTATGGCAGAGCTTCATTCATTATATTATAATAGAAGATTTTGGTATATTTTGTTTGGGACTTGTTTTAGTTTCTTTGGAATTATGCACAACATTTTATTTTATTTATTGGCAAAGAAAAAAAATTGCATTGTTTCGTGAAACTGGGATTAAATGCTTACTTTTTATAAACGATTCAAAGCTCAAAATGTTCTAGCAGAAAACTGATTGTGAACATGATGGAAAGTTTTTTGGGGACTGGAACAACATGAGGGAGATTAATCAAAGACTTTTGGATGAATTTCTAGTGTGGTTTTAATGGGATTGTTCACCCAAAAATTAGAAATGTACAGATCCTGCTCCACTTGTCCCAAACCTGTTTGAATTTCTTGCTTCTTTTAAACACAAAATGAAGATGTACTGGTGGTGATCATTGGTTAAAAACAGAAACTGACTTCCATGGTATGTTTTGTTCCTACTCTGCATATCAATGGCTGCTTTTTTCCTCCAAACCTCTTCAGTATATCTTTCTTTGTGTTTAACAGAAGAAATGAATTCATAAAAGTTTAGAACTACTTGAAATGTAAATGGTTTGGCAATGTTTGTTTTTGGGTGTACTATCCCTTTAATATGAGGACTGATGGAAAGTGTGATTATAAGAATAAAGAATCTTACACCAGAGATGAAATTCTCTCAGACTTTTATGTGTTTCTCTCCTCAGCAGAAGAGAGAGGGTCATTTTCCCTGCGTTACTCTTGGGTAAATGATCCGACTGGTAGTTTTATGATGGGGTCCATGCATGCTGGTTAACAACCCCTGCATATAACTTATAGTATGATAATCCACTAGGTTAAGATCACATCATCTCCACTAACATCTTGGTGGTGGCTAAATCTGGGATGGTGCACTCCATAGGTTTGCTCAAATGTGTTTTAAGTAAATGTGAAAGGATTGGACTCTTAGCTGAAGATTTAAAAGCTGAAAGGCCATCAGAAAAAAAGTGCAAAATTTATGGAGTTCACTCTGAATGTTGAATTCGATAGAGTTTTTCTCCTGTCTGTCGGTATCAATTACATTACAAGATTAGACCGTTCTAGTCATTAGTTAGATCATGTTCATTTTCTTGGTAAGGTCAACATGAAATGACATTCGCAAACTCGCTTTATTTTCATAATCTGACATTTCTGAGTGAAACAATATATTCAAAAATATAGCATGGTGCTTCTTTTTATCCAAGAGGTTAGGAAGGTAGAGATTATTTACACTACTACAATTCAAAATAACTTTTTTTTGTTTTGTTTTTTTTGCTTGATTGTAATTTCAAATGTAATTTACTTCTGTGATGGTAAAAAAATATATTCTTTGAAGCACTCATGCTGCATTCCAGACAACTCAGTCAGACCTCGGTGCAGTCAATCATACGTCACAGTTGCATTTTCATTATTTCATAACATTTCATGTTAATGTGCCAATGATGGCTCAAACAAAATGCTATCTAAGAGTGACTTCTTGCAAAGCTTCAGGGTCCAAGCGCTATATCAAACTTAATGGGGAGACTCAACAAATGGTAATAATAAACGTTTACAAAGCAAAGTGTTATTAAAAGAGGTCATAAATATTTTCTCAATTTAAATAAGTAGTGGCTCGAACCTGGAAACAGTATTAATTTGTGACTTGACTTAAGCTGATTTAGCTGCCAGAAAAAAATATTATATATTGCACTATTATGCTAATAATATTAGAAACTATGAGAAACCACTCATTTTGTTCTGTAAGCATACTTGAAAGTTTATGTTATGTTTCACATAACATAGCTCTTTGCTAATCTCACTTTAGCAGAACAAGTTGCTGTCTGTGAAGTGTCAAATGAGTTTTGTGGTTGTTCGATCTGCCCTGTTATGTTCAAGTTGGAAAACGCCCAATACAAAGTTGTCTGGAATGCTGGATTATCTCCATTTAGGAAATATTTCATATATGCTAATTAACCCTTGTGTACTGTTAAAATCTACCACACTTTTGTTATGTTGGTGGCTGTTTTTAGCCTATTGACTTTCAATATAACCACATTCTTTGATTGCAAAGCCATGACACCAAATAAACTTACTATGTTCTGAGAGCTGAGGTGCTTATTTTTTATTTTCTCAAACACATCAAGATAAGTGTGCAAAAGTTTGTCTTTCTCTCTTACATACACACTATACTCCATATACAAGCCAGAAACAAATCTTTTTGTGCACTGTAAATGATTATCAACAGAAAAAAGGGAAAAACAAACAATCAAGAATGCATTATTATACGGTGTTATGGCTTTGCAATCAAAAAAAAGTAATCATAATGGAAGTCAATGGGGAAAAAACTGCCACAAACATAACGAAAGGGTAGTCAATTAGCCCAAAGTGTATTGTTGAGTTTTTTTTTTTTTAATTCCAAAGCATTTTCCCAAAATATGTGTCAAAACAAGATTTGTCACCAAACACCATGCCATTTGCTGAAAGTTGTGGCCAAATTAAGCATCAAAATCACCTCAGAGTGAATGAAAACATCCCCAACAGCACAAAAGGGTTAAGGAAAAATTACTATAATTTCTGTGTGGAAATCATGATCTTTTTCCATCTCAGGATACGTTGATGAATAGAAAGCTTTTTTTTAAATACCTTTACAAGTCTTTGTGGCATTATTACTGCTTAACACTGACTTTTGTTCAATTTAACACATTCCTTTCTCTAATAAAACGCACTAATTATTCCTTCAACAAAAACAACCTACAATAAGCTACAATGAGTTATTTCAGAGGCAAATTTTGAAAGAAAGTGTGCAAAAAGACGATTTTTTTATCATACATCCACCATTAAGACCAGGAAATTAATGGCATCCCACAAACAAATGCTTTTCATTTTAAATTTCATGTTGACTTTAAGCTTGTTTAACGATTAAGTTGGGCTGGACAATAATAATATCAATATAAATTGTGATACATTTTTTTTCAATAATGGTGATATGATTTTTAAACTCATTCCCGGTATTTCGATATAGGCTACATTTGCATACGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTTTGTAAAGGCTAAATACAAATAAAAAGAGAACATACATTTTTGTTTTACTTTTTTATTTAAAGAAAAGCTATAAGACCCTCAAGGTATTAAAGACTTTGCAAATTCAGTTTGCAGACATTTGTAGGAACAGACATCTATTGTGTGCGTTCCTAGCAGTTTTTTCATGTCTTTTTAATATTGTCCATATTGATGTCGGAATTATATTGTATCGACCAAAATTAAGAAGTATATCGTGATATAAATTTTGCCATATTGTCCAGCCCTACGATTAAGAAGCTTTATTAGATTTAAACCGTTTAACAAGACAAATGGAGTCCTCCAAAGATTCAGTGTGTCTATTACAGTGCCGTTTTCCGCAGTGCTGAATCAGTCTCTGCTGTGGCTCGAGTAGATCAATAGATGATAAAGGTTACGGTGAGGACGTTTTTCTGTGGAGCTTGTGTTTCTGCTTCGAAAGACTTATCGTGTCTATACATGAGCCGTCACGAAGTGTACATCAGGATTACAAGCTTTAATCTGGTAACTTTATAATATAACTTTACAAATAATTTCAAGAATGTCAAGGTAACGAAAACAGAGACAGTGATGCGTAGCTGAAGGCCATCATCGAATTACCGAAGAAAATCGAAGAAAATCTACAGTTTCAGAGCTTCAGAGTTTTGTTTTGCTTGCTTCTACACCAATTCACTCACGCGTGGGCATTGCTATGCATATTAACTGGCCCTTTTGGTTTTGAAAAAGCTTTTAAAGGCCTGTTTCTGTCTCAGTTTCATCAAGCCAGGTTCTGTCTATTGTCTCTTGTTGGTGTTTACTGAAAGAAGTACTAGCAACTAGAGCTGGGTGATATGGCAGAATACAGAAATAATGTTACAACACAATACCAGTCAATTATAATCTTTGCTTCACTGAAATATTTAATTATAAAATACCAAAAACTTTCTCATTCAGACTGCTTAGGTTACTTCAAATTGTTATCGATGGTTTATATAGTTGTTTAAAATAAATATAAGTGCAATAAAATAAAAATATCAAAATATATTATTAAATGTAACGCTTAAATATGTTTGCTTTATTAATAACAAATATATCATTATTATTATTTTTTAAAAATTACGTCTCCAACTCTGTTTCAAAGGTCCCATGAAATTAAAATAACGTTTTTTTAGATATTAGTATCA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Seq C2 exon
CAGGACGGTGAACGGTTTGGACCCCGGTGACGCGACACACATCACAGCCCCACCGCGATCCAACTCTCCATCTGGCCTGGTCCTCAGCGTATAAAACACACTCAGACTCCATTTATATCCACTATACAGCAATATAATACACTACTGAAGCTGAGTCCACCCTACAGTGGGGTTTACAACAAGGTTGGTAATGGGAGCCCTTCTGTAGCAGCACCTCATAACTCGGTTATAGTCTCGGTTCGCAATATACTACATGAAGTACTTGTTAATAGTTGTTAAAGATGTACAGTATATACCCTGACCTAATATATTTATGGTTACCGTTCATTTAGCATTCATGTACATATTTACGTTGTTTTCTGTTTGTTATGGATGTGATGTCTTCTAACACAATCCAAAAAATGTATTTATTGCTATAGTGTTGGATCGCAACGTATGTGAAACCTGAAAACAAAGGGAATTTATAATATTAATGTATGTTGTGCGATAACTGCACCTGTTTGTGTAAGAAAGTAGACCTGATATATAATGATATACTGTATAATTGATGGAAAAAGGATGGCTATCTAGACTTACATGTGCACTTATATGTCATTTTTATCCCCAGTTATACATTTTTTTTATTATTAAGTGCTAATGTGTGCCTCAGATGGTTGAACTTACTGTATTTCTGTGGCCTGGTGTGAAGCGTCTTTGGAGTTGCACATGAAGGATTGGTTTTGGCTTCAGCAGGTTTGTATTGGAACACTGGTTTTAGTCATTCTGACAATCGACTGCTGTAGTAATACTGTATAATACATTTGCTATCGAGTCTCAGGTTGGTTTCCCAGCCTCATAGTGTTTGTATTGATTTTCATACCTTATTTGTCTCCTTGAATGAGATATCTTACTCGTTTTGCTTTGTATAGTGCAATGTGTTCCCAAAAGCACCTTTTGTTACTTTATTTGTTGCTCAAATAAACTGTTGAGTTCTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010953:ENSDART00000022495:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.010 A=NA C2=0.562
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0076914=ERM=PD(12.9=54.0),PF048808=NUDE_C=FE(24.3=100)
A:
NA
C2:
PF048808=NUDE_C=PD(10.9=68.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]