RnoINT0099522 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004139 | Ndel1
Description
nudE neurodevelopment protein 1-like 1 [Source:RGD Symbol;Acc:621235]
Coordinates
chr10:55411901-55419995:-
Coord C1 exon
chr10:55419844-55419995
Coord A exon
chr10:55413111-55419843
Coord C2 exon
chr10:55411901-55413110
Length
6733 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
CTATTCTGGTCACCCCACAGGGC
3' ss Score
9.14
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTTAGAATCCAAGTTAGCAGCTTGCAGGAACTTTGCAAAAGACCAAGCATCCCGAAAATCCTATGTTCCAGGGAGCGTTAACTGTGGGGTAATGAACAGCAACGGTCCAGAGTGCCCAAGGTCAGGGCGTGCAACTTTCTTCCATAAAGG
Seq A exon
GTAAGTCCTTTACTTTTTTTTGGCGGTTCTAGGGCTAAAAGAAACCTAGGGCTTCGTATGTGCCAGACAGTAATTTACCACTGAGCTACAGCCTCAGTCCTCATACTCACTGATGAGTTTTAGTAAGTTTACCAAGTCTTTTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATATATATGAATACACTGTCACTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAAATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCACTGCCCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCAAGTTTACCAAGTCTTATGTGAGGGTACCAGAGTCTTGAAGGTCACGAACACTGGTGAGATTCCCTGCTTTGCTTATTCAAGTCCCAGAGGACAGAGGTCTGTTCTTGTTTCGTGGTTCCCAAGGAGTTTGCTGCCCCTGGAACCTACAGCTTCTGCCCTGGGGGTAGACTCCTAAAGGCAACTGTGTTGGGCTCAGGAGACTGCAGAGCTCCTGTGGGCCTGGTCTCTAGATCCTTACAGCTTGAGAAACTCAGCACATCTCCTTTAAGGGAAGGGGAGATTGTTTGTACACAGACTGAACGGCAAACCTTTTATTTGAAGATTTTAGAAAAATACAAAGTTCTAAAGTGCTTAGACACTGGGTCATATACAAGTGAGAGTTCAAGGCTAGCCTGGTACTTAGTGCGTTTCAAGCCAGCTAGAGCCTCATGATGAGACTGGCTTAAAAAAAAAGTAAGTGTGTGTGTGCACTTATATTCAAACTAAAAAAAGCTTTAAGCTTAAAGCAGTGGTATATTGTTAGTGAAAACATTGCAGAATGTGCAGTAAGAAGCAAGTGTCCTATTTTCACACTATTGTGGTCATTCCTTAGAGTTAATTTTCAGGCTTGTAAAAATGAGATTTTTATGCATCTGCTGTAAGAGTACAGTTTAAATATGGCTCAGTAACTTGCCTGTTTTGATTTACATTGCCAGTATCTTTCCATATCAGTACCTTTCCTTCTGTCTCATTTTGTTTTCTCTCTAATATGCATAACTATCTTCCTGTTAGAGACATGACTTCATACTAATTAGGACCTGTAATCCATCTGCTGATCAGGTCCCTGTAGGTAGTGGTTACTGGAACAGCAGCTGCTGTGCTCATGATCCCTTGCCATTGTCTTTTGTGAGGGGAGTAGGCAGCTTTAAAAACAGAACAGAACAAAGAGGGATAGCTCTGGAAAACGCCACAGTATTTTTTAAAGGTGCTTGTATTTCTGATGTCCTCAATAGTTATGGTTTGTTTACAGACAACCTGATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGTGCAACAAGAGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCCAACCTGATTGTTATATACAATGTGCTCTCTCTTTGGTTTTGGTTTTTGAGACAGATTCTCCCTATCTAGCCCTTGTCATGGAACTCACTCTGCAGACCAGGCTGGTCTTGAACTCACAGAGATCCACTTGCCTCTCTCTAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTCCCATTATCCTCAGCTACAGTCTACGGTGGAAAGAGTTTTAAGGCCAGGCATGGTGATGTATGCTTTTAATTTCCAGCGCTGGGGAGGTAAAGGAAGGCTGATCTCTGTGAGTTCAAGATTGGACTACAATGTGAGTCGAGGAGAGTCACGGCTACACAGAGTCAGGAAACCCCATCTCAAAAAAAACCAAACCAAAACAAAACAAAAACAAAGTATTCATCCCGTAGTGGAGAATTGTGGCCTATTTCCGTTTCTTATGACACTTATGTCTTGAAAAGGAGACAAAGACCTCCTACTAAAAGTATATTGTAAAATATCTGTTTTTAAGTCAGAGCTCTGTTTTAACTCCTAAGGTCTTTCTGGTAGGCTAAGTGTAAAGGTAACGTTCATCAGGCTAGGGCGCGCACATTTCTGAGCAGTTCTGAAACATGACGTGGATAGACATGTCCACATTAGACTGGCCTTTCCCCAAACGATAGAGGAAGTATGAAGGAAGTGCTCTTCACGAGTGTTGGAAACTTGGGATTATGCCACAGTCTCTGTCTCTGGAATCAGGTTCTTGGTGGCTGCAGGTGGTATCTTACAGCGTGAGAGGAGGCACGGACTAGGGTGGGTTGGTTAGGCAGGGGCCTTTGTGTGGAAAGTACTTGGAGGTGGTCACACGAGGGAAGAGTACATTGTCATTCAGGTCACTGCTCTTCTCTTGCATTTGCCTCCCATCCCAGGGTGCCAGGGCAGGCATTGCTCAGAGAGGGAACCTGCCTAGGATGTGGAGCAGCAGTGTAAGCTGAAAGCTGGAGCCCCAGGAGCAGCTAGATGCAGGTCTCCCCATCTCCTGAGCTGCACCATGGGGAAAGGGCAGAACAGTTCTTTTTCCTGACAGATCCACTTGTAGTTACTATTTGTGTTTTGTTTTAAATTATGAAAATTTTATGTTGTACTGTTTCAACCAGCAGTGAAATATGCCTTTATGGATTGTCTCTTGATAACAGTGTTTGCTTTATTTAATAAGAGGATTGTGGGTGCACACTGCAGTGTTAACCCGCGGTTGCCTGAGGGATCCCGTGTCCTCACTGTGCTCTGGAGGGTTGCTCTTCGTGGGTTTGCTATGTGACCACATCCTTGCTGCTCTGCTCTCTTTCCACCTGTCTTGTAGTCCTGGCTTTTTATCTCTGTTTTCATCTGCTGACTAGATAAAAACCAGGATGTCAGGTTTCCGCTGGAAGAGTAAAGGGAATAGCTTGATTCCAGACATTATTACTCTGGCATGTTAATGAAAAGCCAGTCTTTGTAGAAATAGGAAAGTGTAGCTTGGGACTTTAGCATGTGAAAAGCTGCATCTTAAAACCTTGGCTGTGGCTGTGGTACTGGTGTTGCTTGCCCTTTGCTCCTGACAAGTATGTCTGTAGCTCCATCACAGTAGCTCACTAGTATGACTGAAGACCTGTTTCTTGGAAGGTTGTGAGCATGTGTACTTCATATTGCTCATCGTCTTTGCAGGGCAATGCAGCCCTTGACATGTAAAACTGCACACACCTCACTGGGTCTGTGGCCTTACATTGAGTCACGAGTATTTTTTCAGATTATGGTTATCTGAGGACTTCTTAGAACTAGGATTTGTCTTCTGGGGTTTCTGCCAGCCCCCCAGATGCAGGCTGCTGCTGCCTGGCTCCCAGTCATTCCACCACCGATCCTCTCTGTATTCCTGCCTTGGGGATATGCAGTTTGTGTATTACTTGAATTTGCTCTAAAACATTTTATTTTCTTCCATAAATTTAATCTGGTTTTATTTATGTTACTTGTACATGGTGCAAATTGTGGGCAAACCAGTTAGGTTTTCTGGGTCATATGTAGGTAGGTATGGGCTCATTTCAGGGCATGATGTGAAAACAGTGTTTGCATTGCTGTTTAATGATCTTTCCTTTTTTTTATTAGGCAAGAAAAAGTCATATTCCCCACGTTGTTCATGGGTAACTCAATTTGTTTGCTGTGCTTTCTTCTCTGTCTTAATCATGCTGTGTGGTGGAAGACACATTAACAAACTGGTTTTACTAACTGCATGGGGTGGACTCAGCTTTAACCAACTTTTAGCCCATGAGTGAGCTTTCAAGATCTTGTTTGACTTGATTAACCATTGCTGTGACTTGATCACACGCACTGTTGCTGCTGTGCAGGACAGTAGCCCAACTGGAGTTGAGTGTCTGTGGTCTCAGCTAGCTGAGTGAGGTCTGAGGCAGAAGGGGGCTTGAGCTCAGGAGTTTAGGCCACAGGGTGAGACACCAACCAGACCCCAGCATTGTGGTCTGGGTGGTGGGGAGTCTCTGTGGCACTCCCATTACATGGCAGGATGAAGTTTGAGTTGAGCGGTAGAGGCAGTGCTAGGCTCCAGGATCTCCTCGCTGCCTTCATGGGGATGGGTGGGGCTCTTCCTGCCTTGGAGTTGCTTCTGTGTTCTCCTTTCAGAAACTGAAGATAATGAACTTTCTTTCCCTGCACTTGCTTTTGTTTCCATGTTGAACTGGGATGGTAAATAGGAGGTGTACAGAATCCCCCTTCTCTTTCTGAACTGTTGATGTAGCCTGGCTAGAGGACCGAGCTGCCTGGAGCTGCTCCGTGCTTCTGTTTACACACAGGGAGAGTGGGCTCTGGCTGCCCTCCTCTCCTTACTGCCTTCACAGGTACTTGTGCTGCTTTGGCAGGCTGAGCTTTGCTTTTTGTACGGTTAGATGCTGGATAGCCCCCTGACTGGCCGAGAGGTGCAGTTTCTGTTGCTAAGGCATCTTTCTGGAGTTGCAGTCAGTTTTACCATAGCTAGACTTGGAGTATGGATTGCATGTCTGGAGCCTTTTGTTTGCATACTGAATCCTAGGGTTGTCTTCATCCTTACCTGTGCCTTTCATTTAATTCTGGGCATTTATTTCTTTACATCTGCACCTGGTATATTCAAAGGCTTTTCTTCTCTTGGGAATTTTCCTCTCTGAATGGATGTAGTTTCCTGAAAGGACCTCTCCAGACCTGGAGGTCAGCTTTCTTTTCTTCCGGTTTTAACTTCTTACCTCTTGATTCAGAAGAGAAGTGCTAGGCGAGACCCTCTGCTCAACCCACTGCCAAGTTCCCCTATTCACACAGAGATGTTACTGGCCTTCCCCTAGAGCTCATACGTACTGGGAGCATAGAGCTGGTTGTTCACTGAGGGCTTCTGCATGGCTTGTGACAGGCTGGGAAGGCATAGGACACCTGGAGGCAGTTGGGGCTGAACAACTCACTAACTGCTCAGTGGGCGAGCCTGGGCTAATGACCTGATCTTCTTTTGGTTTGTTTCCCGCTATAACAATGGAGACAAACTTGATACTACTTTAAAAGTGCATTTAATTTAGTCCTGTCCTGTTTCTGTGTGA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Seq C2 exon
GGCAGTAAACGGCTTTGATCCAGCTCCTCCTCCTCCTGGGCTGGGCTCCTCACGCCCATCGTCAGCACCGGGTATGCTGCCTCTCAGTGTGTGAGTGCCCGGCCTCCAGGTGGGGCCCCTGCCCTCTTCCAGCAGCCCAGGACACCTACGCCTCGTCCCTCGGTGCCTGGGTCCAGCCCTGTGCCCCTCTGTCTGCCTCTTCACCGCTGGCAGAGGGCAGGCTGCATGCAGTGGCCGCTGCTGGGCCCTGCCCAGCCCCAGGACTCTGCGCGATATCAATACTGGCTATTTTCTCTTCTCGCCGTAGTGCCGTTGGTTTCACATGATTGCACTTTTGTGGGTCCCAAGTGATACACACATACATACGTGTGTTTCTCGATCACTGGATGTGGAAGCACCCGTTCATCACATCTGCCTCATAGCCCCCATATTGCTGTGCTGATAGGATTTAGTTGTGTTTAGGACATTGCAGATCTTCTAGAAGTTTCCCTCAATCAGGTTGGTAAGGCCTTCTAAGCTCCTGCCAAGCATCTTCAGTGCTCACAATCATGTGTCCCCAGCCTCACCCCTGCAGTCAGGAACGTCTCTGAATTACGGAACACTGTCTGTACCTTCTGGCTTTATGTAAGCAGTCCATTCCATTGCTTGTTTCTCAAAGCAGCGAGATGCCTGTCTGAGCTGCAAGAGGCAGGGGCAGCTGAGACATGGGCACTCCAGGGCTGAGCCTCTGTGCTGCCCTCTCCTCTGTGCCTCAGACTCAGGAGGCAGGTGGCAGCCTTCTTGCCAGCTTTCCAGGCCCTCAGGTCAGTGACATCTCTCAGAGCGGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTCTCCTCTGAAGGGCCATCAAGTTGCACTGGGGAGGGTTGAGGGGCCCGATTGTGGGCTGGCGGTGTCAGCTCTTGGGCACAGACTGGCTAGAGGTGTTTGTCCCTTGCACCCTTTGGCTATTCTCATGCTGCACTTACTGTTTACATTTGTTTTACTGTACATAGGTTTGTAAACATTATTGCCTAAGATATTTGTATATAACTTGGGCTTTGTAGCTTTTATTTATTCAGACTCACATGGCATGTTAATTAATGACTTACGATGGTGTCCGACTCTGGGCAGCTGGATAGGATCATCATGTGGTTAACAGAAGATACTTCCCTCCAAAAAATCTTTTAATGTGGAAACAATAAATTTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004139:ENSRNOT00000005574:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.235 A=NA C2=0.947
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF048808=NUDE_C=FE(24.8=100)
A:
NA
C2:
PF048808=NUDE_C=PD(10.4=65.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]