DreINT0102990 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104225 | ndel1b
Description
nudE neurodevelopment protein 1-like 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-5889]
Coordinates
chr3:44439270-44443517:-
Coord C1 exon
chr3:44443372-44443517
Coord A exon
chr3:44441841-44443371
Coord C2 exon
chr3:44439270-44441840
Length
1531 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GACGTAAGT
5' ss Score
10.93
3' ss Seq
CTCATGGCTGTTCTTCACAGGAC
3' ss Score
8.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTCTCGAGTCTAAACTAGCGGCCTGTAGAAATTTTGCCAAGGATCAGGCAGCAAGGAAAAACTACACCACAGGAAATGGAAACCTCATCAACAGCAATGCAACAAAGTTCTCTCATTCGCTTCACACAACATATTTTGATAAGAC
Seq A exon
GTAAGTACGTTGGTTTCTGCCCTCTTAACTGCACAGAAGATTTCTTTTATAAAATAAGGAAGTTTAACGTAAATTTAAGAGATCATAAATATTCTAAATGTTGCTTTGGCATTATTACTGTTGTTCATATTCTAAATCACTTTTGGAGTAATATGGTTCTTGTTTTGTTTGTTTTTAGTCATGTGAATTATTTTTTTTTTTATTCTTTAAGTAACTTTTAAATAAAGGGAACCCTTTTATTTTATTTATTTATTTTCTTTATTTTAATTCAGGGATATTTGAAGTTGATTGAAATCTCACTTGATTAAATAAAATTGGGATATTATATATTTGTAATTTAATTATTATTTATTTTTTAATAGTAATTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTATTATTATTAGTGTTGTTGTTTACTGACCTTAAAGGGATAGTTCACCCCCAAACAATTTGCTCCAAGCCTGTTTGAGTTTTTTATTTATTTATTTTTTTCTGCTATTTTGAACACAAAAGAAGATCATTTAAATAAAGATGGAAACCCTGTTTTTTTCCTAGGCACATCAGTGGTTTTAGGATTTCAACTAAAAAGGGATAGTTCACCAACAAATAATACATTTTACCCACCCACAACTGGTTCCAAACCTCTTGGGCAGGGGTGCCCAACCTGTCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCATAGTTTAGCTCCAACTTTCTTCAACACCTGTCTGGAAAATTCTAGTGTACCTAGTATGAGCTTGATTAACTGGTTCAGGTGTTTTTAATTTGGGTTGGAACTAAAATATGCAGGACACCGGCCCTCCAGGACTGAGTTTGGTCAACCCTGTCCAAGAGGTTTGGAACCAGTTGTGGGTGGGTAAATGTATTATTTGTTGGTAAACTATCCCTTTAATCACACTTAAGTGACCTATTACACACAACAACATCCAGAATAAATACAAATAAGTGTACTACTTTTTTTTTTTTTATAAATTCGAGGAAGCTAGAACTGAGCTAGCTAACTGGAATTGTGCTTTTTATTTTTTAACTAAACAAAAAAAATGCAGAATGAATATTGTATATGTTTATTTCTGTATTTGAAATAAAAGATAGATTGCACTTCATGCTATATTGCTTATATTGCTGAAGTCGAAGTCAAAATTTGCTTCTAAGCTCAAATTTGAATAAAAATTTTAACTTACCAAACATAACAAATGAAAAAAAAAATCGTTTTTAGCACAGTGCATGTTCTTTCTGCAAATTCTGTTGTTGCAAATGTAATTTTAAGCTTTGTGTTTTTCATATCACATTTTTAATAGTGTACAAAGCAATCCTTTAAACCTTACACTCCAACAGGCCCAATGTAACTTCATCAGCAGTTAATATGTGACTGTTTTCAAACTGTTACCTGTGCTCTGCTCATGCCTTCATGGCTGAATCATTGTTTAGTGTCACCCTCTGCTGGTGAAATGTGCTACAGCAGGATGTTATTGTGTTACGTGTACTGAAGTGTTTGCTCATGGCTGTTCTTCACAG
Seq C2 exon
GACTATGAATGGACTGGATCCCGGAGCTCTGAGCGCCGCTATAGCCTCCCCGCGGGCCGTGTCTCCTCCAGGGCTGCTCCCTCTCAGCGTTTGACACACTTTCCCCAAGCGACCTCCATACAAACTCTGACACATCATGCAAATGGAGAGGACTCTAGAAGGAGTGTGTGTGCAAGTCTGATATGACGAGGCTTAAACGTGTCTGACAGATACATGTCGGGCATGAGCGTTAGTTCCTGTCGGCCTCTGTTCTCCTGAGGTCTCACTTAAAGCCAGCAAAACGACAAAGGTCTGAATCAGACCCACAGCTTCTGTGTGACTGTTTTTAGTGTGACACACAAGTGAATGAGAGAAATAAGGGGGGGAATGATTAAAAAGAATCAAAAGGGATTTGAGGTAAATTTCACTGTATGCTTATGTGCAAATATGAGCGCGGGTGCAAATGAGAGTTTTTGCGAGTGTGTGCAAGCACGCGAGCGAGTGTGTGCGTGTATATGAGCATGCACGCATATGCGAGTTTATGTGTGTGTAATCGTGTACGCTTGCGTGTGCATATTTGTGTGTGTGTGTTTGTGAGCTTGTGTTTGTGTGAACGTGTGTGCATGCATAAGTATGTGCGTACTTGAGTTCTCGGGTGCATGCGTTCATGTGAGCGAACATTTGTATGTGCGTGCCTGCATGCTTTGCGTATGTGCTTGCATACATTACTATGTGTGTGCGTGCAAGCTAGTGTGTGTGTGCTTGCGTATGTGCGAGCGTGCGTATGTGTGAATGTGTGCGCGAGCATGTGTCTGTGTGAACGTGTGTGCGAGCGTGCAATTGTGTGTGTGCGCGCGTGCGTGAGTGTGCATGCATTCGTACATGCTCGTGTTCTAAGGTGCAAGCGTTCATACGTGCGAATGTTCGTATGTGTGTGCCTGCGAGTGTATGTGTGTGTGCACGCGTACATATGTGTGAGCTTGTGCGTATATGCGAGTGTGTGTGCGTGCATTTGTACAGGATTGGGGTTTAAAGGTGCATGCGTTTGTATGTGTGTACATTCATATGTGCGTGCCCACATGCATATGTGTGTGCGTGCATATGTTCGGATGTGCATGCGTGCATTCGTATGTGCATGCCTGCGTATACGTTTGTATGTGCGTGTCTATGTGTGTGGGGTCGTGTGTGTGTTAGTATGTGTATGCATGCATGCACACACTTGTATGTGTGTGCATGCGAGCATGTACGTGTTTGCAAGTGTATGCTTGTGTGCGTACGTATGTGCGAGCGTGTATGTGTGTAAATTGGTATGTGCGTGCATTCATATGTGCGTCATTACATTTGTATGTATGTGCGTGCTTGCGTTCGTATGTGCGTTTATATGTACGTGCGTGCGTGCGTTGCATGTGCGTGTGTGCATGCTTGTGTTCGTATGTGTGTGCGTTAGAATGTGCGTGCCTGCCTTCGTATGTGCATGCGACATTCGTATGTGTGCGCATGTATGTTTGTATGTGCGTGCATATGTGTGCGTCTGTTGGAGCGCATGTTCAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGATGTGTCCTTATGTGCGAGCGTGTGTGCGCGCGCGCTTGCGTTCATATGTGTAAGTGTGCATAGATGCGTGTGTGTATGTGCGAGCGTGCATTGGTGTGCATATGTGTGAGTGTGCTTGGGTGTGTGTGTATGCGTGCATAAATTGTTTGTGTTTGGGGCCTTGACTTGTTCACTTTTCAGGTTCAGTAAAGGGTCTTAATGTGGAGGTCAGCAGATATTTTGACTGAACAAATTGCCAAGAACATGTTTTGCATAGCATGGAAACATCCGCTACCTTTAATATCACTTATGAATTCTCAGTTCTAGCAGAGCTGGATGCACACCAGTCTCCATCTTACACTTTTTTTTTTTTCTTATTTTGGGGGGAGGAAGGTATGCAGAAGGTTTGCATGTTATTTTTCCGACATTTAATTTCTGTATGTAGCACTTTGTACTTCAAAAATGCAAAGTGTTCACCGACTGTAGATTGAGCGGTGGCATCAAACCATATCGACACAAACTGCAAATGCTGTTTTACTCTTGTACCTGCTTCAACTGTAAATCCGTCTCTGTGCAATGTGAGCAGTATTCTGTGCTCGTATGAACCTCATCTCTATCCCACGTGCCTCTGGATCTGCTCTTGAGTTTGAGATTCACTGTTTATTTATTTATTATTGGAACAGAAGCCAACTTATGTGTATCACAGTGTTTGAGTTCAGTTCGTTTACGCCAATTGTCTAGTATGGGAGCACTTGTTCGTGTTAAGTTTCCCCCTTTGAGTCTTCTATTTCAGTTTTCATGCACTTTGTTGGCTATTTTGTTATAACTCATGTATATAGATTTATAAACACAGCAGTCTGTAGATGCTCAACTGGGCTGATGTGCTGTTTAATTTATTTCTGAAGCTTTATGGCATGTTTTGACACAAGGAGTGAATTTTACATACCGTGCATTGGTTTAAAAATAATATATCAAGATGTACAATTGTCTAATGTGCAAATAAATAAAGGGAAAGAACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104225:ENSDART00000169923:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.143 A=NA C2=0.032
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF048808=NUDE_C=FE(23.9=100)
A:
NA
C2:
PF048808=NUDE_C=PD(10.4=65.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CAAGGATCAGGCAGCAAGGAA
R:
ACAGAGGCCGACAGGAACTAA
Band lengths:
358-1889
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]