DreINT0106132 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000003165 | nr2f6b
Description
nuclear receptor subfamily 2, group F, member 6b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2351]
Coordinates
chr11:6126989-6136325:+
Coord C1 exon
chr11:6126989-6127564
Coord A exon
chr11:6127565-6135162
Coord C2 exon
chr11:6135163-6136325
Length
7598 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
AAATGCTGTGTTTCCTGCAGATG
3' ss Score
10.74
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGTTCAGCGTGGCCGAATTCCTCCATCCCACGCAGGCATCAGCCCAGCCTCCATGGTAGGAGCAGGTGGTGATGTTGGAGGAGGTCCGGGCATGGGTGCTGATTTTTTTAATGGTCAGCCAGTGTCTGAACTCATCTCTCAACTACTGAGAGCAGAGCCGTACCCCAACAGCCGTTATGGAGCCCAGTGTGGCCAGCAGCTCCAAGGCGCCAACAGCTCCATGATGGGCATTGACAATATATGTGAGCTTGCAGCCCGGCTGCTGTTCAGCACTATTGAGTGGGCCAGGAATATTCCCTATTTTCCTGACCTGCCAGTGTCAGAGCAGGTGGCCCTTCTGAGGCTCAGCTGGAGTGAACTGTTTATCCTGAATGCAGCTCAGTCGGCGCTGCCCCTGCACACGGCCCCTCTGCTGGCAGCTGCAGGGTTTCACTCCTCCCCTATGCCCGCTGATCGCGTCGTGTCCTTCATGGACCAGGTGCGGGTCTTTCAGGACCAGGTGGACAAGCTGACACGACTGCAGGTGGATTCTGTTGAATACAGCTGTCTGAAAGCCATCGCTCTGTTCTCACCAG
Seq A exon
GTGAGAGATGCACTCCAAAAGTACTGTGTTAGAAAAAATTGCACAAAATTATTCTTTTTTATCAAGATATACATCAAGTAGGGCTGCACAATATTGGGATAAACTGATATTGCTATAAATTCTTTTGTTTTTTTGCAATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGAATTATTAGCGCCCCTGAATTATTAGCGCCCCTGTTTATTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAATGGAGGGAAGATTGTTTCAGCACATTTCTAAGCATAATAGTTTTAAAAACTGATTTCTAAAAACTGATTTATTTTATCTTTGCCTAATGACAGTAAATAATATTTTACTTGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAATGTGACATTTAAAGGCTTAACTGGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTTGGGTAATCAGGTAAGTTATTGTATAACGATGGTTAGTTCTGTAGACTATCTAAAAAACATTAGCTTAAAAAGGGCTAATAATTTTGTCCCAAAAATGTTTTTTTTTTTAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAAATATTATCAGAAATGCTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAAAATCATTTGGGAAATATTTAAAAAGGAAAACTAAAACCAAAAGGGGGGCTAATAATTGTGCCTTCAACTGTATATTGCAATATGAATACAATTTCACAATGTGACTAACTCTATTTGGAAAGAATTAGGAAGTTTAATTTGATGGTCTTGATTTTGTAGGGGAGTGAATCTGCATAAAGATAATGATATGTAAAGATATGTAATAAACATATTACAAGCATAAATTAATAAAATAGAACAAATATACAAGTAAACAAACAGTGATTTATGGTTGTCTGAAGAGTCTGAACTGTTTTGAGGTACCGATATAAGATCAATTGTAAAATAACACTGTATGAAACAGTCAACATTTTAAGCAGATCAAAACCTTTCATCAAAGTTGTCCTAAAACTATTGACCTTATTCTAAAATGCGGAAGTGCGCCTGTTTTCGCGATTGTCTTAGAACTTCCGTTTCAGTCGCCTATGGGAGAAATGACAAGGAATAATAAACGGCAAAAAACGGTCAAACTACTTGCTCTACAAACAAATGTTTGCATGACTATACAGACCAAGTAGAATAATATAACAAGGAAATATCAGTTTTTAACATCAAACAGCGAAACGAGCAGTTTTTAATGTCTAAAAATAAATGCAAGTGAATCAGGCGGTCTCGGAGTGATTACTTTGGCGCGGAACAGAGCGCGAATGCCCTGTTCACATATGCCAAATGAACCGCGCTAACTGGGCAAACGAGACACGTTCCGAAACAAAAGTGTAGGTGTGAAAGCACCCTGAGGTCCTGACTCTCTGTGGTCATTAAAAATCCCATTGCACTTCTTAAAAGAGTAAGGGTGTAACCCCGTTGTCCGTCGGATGGTCCATCCTCCATCGGCCCTTATGATCACGGCCTCCCAATCATCCCCATCCACCGAATCCAGGCTGTATCACTGTCTCCCCACTCCCCCTATAGCTATATTATAGATATAGTATGTGGTGAGCGCACTGGCACAGTTGACCTGTGGCTGCCATCGCATCATCTAAGCCAAGTGGATGCTGCACACTGGTCGTGGCATGGAAAGACCCCTCTCATGATTGTGAAGAACTTTAGGTGTATGGCCCTACACAATAAATGTGCTATATAAATCCACATTACTTACTGACTACATTATATTAAGGATGTTTACTTTTAATTTACAAGGCGTTATATATTATTGTTTTTAGCAAGTGTTAAAGTGTTACAGAAACGTAGGCTTTTGAGGTGAACTGTATTTGGGTTAGTCCACGACTTTCATAGAAATGTAGGTCTTTGGGACAAAATATATTGACTTCATCTTAAGTAGCAACCAGCAAACATTCTACAAAAGGCATAGCAATGTCCTTAAAAACTGTTCAGCAATCAGCTAATGCCATTCAGAATAATTAAGCAAATGGAAATCAATGCACTAAACCAGTGGTCACCAAACTTGTTTCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCAGATTGTTGCTCCAACCCTAATCAAACACACCTGAACAAGCTAATCAAGGTCTTACTAGGTAAACATCCAGACAGGTGTGCTGAGGCAAGATGGAGATAAACCCTGCAGAGACACCGGCCCCCCAGGACCAGAATTGGTGACCCCTGCACTAAACTAACACCTTAATAACATGTATTCAGAATATGTTAGGGTCACACTTTATTTTGATGGTTCGTTTGTTGAATTTAAGTTACATTGCATTTACTTGGAAACTACTTCTCATAACATTTTAAGTAGACTGTTAGGTTGGAGTTGACATGTAGATGACATGTAAAGTTTCTTATAGTCAGTTAAATGTCTGCTTGGCAGCAGTATCATCAGATATTAAGCAGACTGTCTACTAATACTCAAATGAACCATGCAAATAAAGTGTTACCGATGTTAGTAAAAGCACAGCAATACGGCAAGATCCCCCAAAACACATAAGACATGATTACTTTTCTACGAGCCAATCTCAGAACATGCATAACAGATATTAAACTACCTCAGAACACATCAATGATGCCATAGCAACATGCCCAACCCCTTCAGAACATGCTAACACAGAACTAATCAGAAAATGATCATATATCAACATACTGCATGTACTTCAATCATTTTATGAAAGGTATAGCAAGAGGGTAAAACTGTAATAAAAGCATAGCTTTGTGCTAAAACCTTTACGAACAAGTCAGTAAGCACATATAGCAACATGCTAAACCTCTCAAAACAAGTTAGAGAAGACATAAGTGAGACATAACATTTCAGAACACATTAGTAAAGACAAGCTACATGCTAAATCCTTTCAGAACATGCACAGTAACATTCAAACTACCCAGAACACATCAGTAAATGCAGAACAACATCCTAAAACCCTTAAGGACACATTGGTAAAATGAGCTACATGCTCAAAACACCTTCTTATCTTATTACATTTTTTTTTGTGTGAACAAGGGAGTAGACCTATATGAGCTTTCTACAAATTTAAATATTCCAGACGTATTGTTTTGGTCTTACTGCAGTGTGACAGAGAATTGAATGAATGTTTTATATTGTGCTGCGCTCAAATCATGTCAATACACAATTGTAAATAGTAATATGTTGGCTGCACCAAAAAAAATGTACGCAACAGTTTGCATCAATATATTCAAGTTACGGCTAACAAAATGAATTTCAGACAACAAACTTTATTATGTTAGCCAAATGACCTTTTCCTCTTTAATAAGAGGCATTTTTACATGACTTAAAAAATTTAGTTTATGCTGAGTACTCTAAAATGAAGTTGCTTCAACAAATTTCAACCAAATCCAGTGCCATGTACTTAATTACATGCAAGTTTTCCAGTTTAGAACTTCAATTAAAAAACGTAGCTGAATTTGTTTAATTTTTGGTTTGTTTTAAAATTTACTGTTCATTTAGTTGCTTGTACACTGAACAAAAAATGCAGGGCTGCACACAATTCATTTATGCTGTCCCAACACAAATCCATTAAGTTACAATAACTTATTTAAGTAGATTGAACATAAAACAATTACATTTCCCAAAACAATCTTAAGAAATGTTTTGTTTCAGCTCATTTTAAATAAGTAGTTTGAACAAGCAGAAAAAAATATTTTTGTAGTGTAGAAACACATTTAACCCAACATTTTTGTTTTTCAGTAATGTTTTTTTTTGTTTTAAACCAAAGATTTTCATTGCTTTACAAAACAAAAGCATGTACTGTCCCATATAAACATTATGAAAATAACAAAAAACATCAGTGTGTGGACTTAAAAATACAAAACAACTCCATATGTGTGGAAAAATAGAATTAGCTACCCAATTTCTTTGGGTTGCTACAAGTTAAATATTGTTTTAAACTAATTGACAGATATATTTACCTTTAAATTAGCCACATTTTTAAGTTGCTGTATTTTCCTGTTGTGAAAATTTAATAAAATTATTATGGCAACTTAAAAGTTTTAATTTAATCAGCAATATAGATTTTATTAGTTAGAACAATGTATTAAACTATGTAGTGGTGACAGACCTCTTGAGCTATTTTTTAGAGTGTGCAGTGTTGCTGTGGATTAGTTTGAAGATGGTGTAAAATTGTGATATTTCAGAAAACTGGGATGTATAGTCATAGATTTACAAAATACATTAAAAAACTCCAAAGTAACACATTAGTGGGTCTGTCCTCATCACCAGTGTTCAGCATCCATGTGGATAATCCCATAGCAGCTTCAAGACAACAACGCCAATGAGCTCACCCCATGAATTAGGTGGTGAGGAGAGAAAGTGATAAAGCCAATTCAATGAATAGGGATTATTGGGAAGCCATGGTAGGTAAGGGTCAATGAAGAGAATCTGACCAGAACTTGAGGGTTACACACATAATGTTTTTACCATGCAGGATGCCAGTGCCATGAGATTTTTTATAAACACAAAGTCAGAACGTCTGTTACGTTTCTCGAGCAGTCAGAATTCTGTCACTATACTGTGCTATTAAGACCTACATAGACACTGACACCACCTCCAAAACCTACCTGGTCCCAGGTGCGCTCCAAAACAGGTACTGACCAAACTCAACCATGCTTAGCATCAGTGATTTACAGATTGGTATGGATGCTACTAGCAAGAATATGAAGTTGGGCCCCCTGATAGTACAGTTAATACTAATAAACAACATCTCTTGGGGCCCCCCAAAAATAAGTGGACCCAAATGATGCATTTCACAATGCGAACACAGCAGAGCCAGTGTATTTTTTTTTTCATGTAGAAGATTAGCATCAATGCTAACACAATACATTACAATCACCTTTCATAATAATGAACTGAAAACACTCACTCGTTGCACTTTGTAATGTGCCAGTTAGTATCGTTCTAACTTTCCCCCCACTTATCGGTACTCCTAATTAAGGCAGTGCTAAATCCAGTCGTAATGCCTTAGTGCATGGGTAACCGAACATGATCCTGGAGGGCCAGTGTCCTGCAGAGTTTAGTTCCAACTCTAATTCAACACACCTGAACAGGCTAATCAAGGTTTTACTAGGTATACTTGAAACTTCCAGGGAGGTGTGTTGAGGCAAGTTGAAGCTAAACTCTGCAGGCACACCGACCCTACAGGATCGAGATTAGTGTCACTTAGGGTCATTTCACTAGTCACTCTTCACAGAATATAATATTTTAGTTAGTATGTTAGCATGTTTAAATGTATAATTACAGGGGTGTCCACTCTTGTTCCTGAAGTTCTACCTTCCTGCAGAGTTCAGCTCCAACCCTGAGCAAAACAACTAAAGCTGCACTCACACCCCGAGTGGTCCGGGTGAACTGGCCATAGGGAGCACTGTGAATCTGGCCTTCCCAACCTAATTCCCCTTCCCACCCGGTCTTCACTTGCCGATAGCACCCCAACAACCTCAACCCCCCCACCCCCCTTTAACTTACGCCCAATTCGCACAGGGCTTCAGCGTCAACACTTTACGGAGGGCATGTCTGAAGTCTGAAGTCATAGCAAGATCATCAGCCATTGAAAATAGTCCACAATCGGCTACTGTCTAAGCAGTAAATGCAGAAATTGATCTGATTGGCTGATGCTTCCGTTGGCACTTGAAAAGCTGAGAAATTCTTACCTTCTGCAGCCACTGACTTAGGGCATACTCACACTGTGCTATCCGGACTATGCCAATTTGAGAAGTGTGAGTGCTCTGAATCAGGCTCAGGCACGGTTTACTTGTCCGGCCCTGGCCCGGTTGGAAGAGGTGTGCCAGAGCAAGGTTTACATGAACCTGAAACTGAAGACGAGATGTGACTTTTAAGGGACAGTTTCATTTGGATTTATTAATCATTTTTACTTTTCAATGAACGCAAACTGTCGTAGATTATTAAAGGCGCAAACCCCTCACTGCACGACAGCTGCACCTTCAGCAAACCTCCTAATTCCTGCAGCACAAAGACTATATGATTGTTTATGAGTGTCAAAAGTGGCAGATCTGTTCGGCGAAATATTTGACTGCGTGTCAAAGCATCCCAAATGACTAAAACTATATAGCTAAAGACATCTCCACTGTGCTGAGCAAGAGCACTTCTTACTGAACAGCACATCATTGATGATGTAAGCATGCTCAGGTGCGAATGCAATGTGAGAGTGGGCCATCAGGGGAGATGGGAGGGGGGACAAGTGTGCTTCAGCCCGGTTTAAGGCAATTGTACATAGTGAGAGTACACCCTTAGACTTCCATAAACTTCCATTCTTAAACCTGATTTATACTTCTGCGTCAAGTGACCGGCGTAACCCACGGCGCAGGTAAAGCGCGTGGCTGTGCATTTATACTTCTGCGCGCTGTCTCTGTTGGTCTGCAATAACACTTCCGAAACGCTAGCTGGCAGTGAGGTGTAAATGTTCCTCTGTGTCGAGTTTCTTTGCTGCTTTTTTGCTTTTCCTGAACACTTCCGGGATGTACAAGTGGCTTAAACTCGCTCATTTTGAGGCAGGAACCGGCGGACGTGCAACAACTTTAACTATTAGGTAAACACAAAACAAAACTTTCCATCCGGAGCTCCTTCACGGGACTCCACACTTGTAAACAATCGCTACATTGGGTTCGCGCCATTCGCGCGGCTCTTGGTCCCGCCCCGACTCGTCATCGCTACCAAGCCGACCAATCACAGAGCTTGCGCTACGGGTTGTTGCGACGTGTAGTTACATTTTTTGAGAGGTGCACGTCAGTGACGCCGACGGCCACGGCGAAGGGCTATGCGTCAGCGCCGTAGCATACGCCGGTGTTTGATGCAGAAGTATAAATCAGCCTTTATACATACAAATGTGGCAGACTGGAGACACAAGCTTGTGCAACAAGTTTCGCAAAGATTAATCCCACCCTTTTTTGCAGTGTACGACAGAATTTCGCAAGCTCTCCAGAAACATGATTAGGCACCCTTGTATTATTATATAATACAGTATATTAGTTTGTTAACAATTCAATTCAATTCAATTCAGCTTTATTTGTATAGCGCTTTTACAATGTAGATTGTGTCAAAGCAGCTTCACATAAATGGTCATAGTAACTGGAACAGTGTAGTTCAGTTTTTAGTGTTTAAGTTCAGTTCAGTTTAGCTCAGTTCAGTGTGATTTAATCATTACTGAGAGTTCAAACACTGAAGAGCAAATTCATCGATGCGTAGCTCTACCAATCCTGAACCATGCGAGGCAGTGGCGACAGCGGAGAGGGAAAAAAAACTTCACCTGATGGGAGTGAGGAAAAAAAACCTTGAGAGAACCAGACTCAGTTCGGCACGACCATTTTAATTTCTCCGCTGGCCAAAAGTCTTGTAACATACTTAAACGCTAGTCTACTTACAGATTTCAGTTAGCCCAGTCAGGCCACGAATTCTTCTTCTTGAAAACAATTTTCGCATGTCAGTGCCTAATGATCATTGCATTTGCTGTTGTGATTTGAGCTGTGTTTTAAATGCTGTGTTTCCTGCAG
Seq C2 exon
ATGCATGCGGGCTGTCGGATCCAGCGCACGTCGAGAGCTTGCAGGAGAAAGCACAGGTGGCCCTGACCGAATACGAGCGGATGCAGTATCCAGGCCAGCCCCAGCGGTTCGGCCGGCTCCTGCTGCGACTTCCCGCTCTGAGAGCCGTTCCCGCCAACCTCATCTCTCAACTCTTCTTCATGCGGCTGGTTGGCAAGACGCCAATCGAAACTCTAATCCGGGACATGCAGCTCTCTGGAAGCTCCATCAGCTGGCCGTATGTGCCTGGACAGTAGACGAACAATCAGAGGACTTGTTCCTATGTCCCATCTCAGGCTGCTCCCATGATTCCACAGTAACTGTGCAGATAGATGTCGTGTGTGGGTTTTGTCGATGGTGTATATATATATATATGACTAAAGGTGGATGACGCATATGTTCCTATGCAGTTTAATTGAGCCATCCAGTACCAGGATACCTCATGTTTTCTGTCATGAGCATCAACAAATTCTCTCAAAAAACATTTGACAAGATGAATGATAAACAAAGGACTGACTATGAAGTATTTGATCCCAAGCTTTAAAAGGATAACCTTCTTTTTGAGAGCATAGCGAACTACTTTAAAGCTAGTGTAGATTAAGTGTACTTTAAGAATCTTTATAACAGACAGCATTTGTGAGTCAAAAATGTTGGGAAATATACTTGAAAAATCAGTGAATGGCTATATTTGGAATGGGATACTAGCATACTCCACACTACTGTATACTGCTTTATATTAAAAATGGTCAAAACGTACGAAATATGCAACATTTCATGTATCAAACAGTACTATGCTACACTGCTGTCACGTGACCTCATGATATTGCATGTTTATGCTGCGCTACATTTAGGATACAGTAATCTGTGCAGTGCTGCTCAGGTTATGTTTAGCATATTTTGGCAAATGGTCATCCAGGTATTATACAGATACATACTATGCACAGTGAACATACTATATAATGCAGAGATATTAAGAGTAGTATGTTAGTATGCTGTTCTGAACATAGTCAGTGTCCTCGATTGTCCTATTTAAACAGGTTTTGTGAATTTTTCATTGGGGTGAGGACATGGTTGAGAGTTTTACATTGCCGACAGTGGGAAGTATTAAGTATTTTTGCATTATAAAAATAAAAAGAATAAAACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000003165:ENSDART00000027666:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.061 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=PU(66.3=65.3)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PD(33.2=68.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]