DreINT0108357 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000018270 | olfm1a
Description
olfactomedin 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040718-194]
Coordinates
chr5:64071393-64077836:+
Coord C1 exon
chr5:64071393-64071548
Coord A exon
chr5:64071549-64077519
Coord C2 exon
chr5:64077520-64077836
Length
5971 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
TTTCATTTTCTTGCTTGCAGGGC
3' ss Score
10.8
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCAGAATATGACTCAGTCCATCCAGAATCTTGACCAGAGGACTCAGAAAGACCTGCAGTATGTGCAAAGAATGGAGGTGCAGCTCAGAGGACTGGAAACCAAGTTCAAACAGGTGGAAGAAAGCCACAAGCAGAATATCGCCAAGCAATATAAG
Seq A exon
GTGCGTACTACTTATTTTTCATTTTGATTATCACATTGTCATTGCCATATATTTCATTTGTGACCACATAAACAGGTTTTTTTTCCCCTTTTTAAACGCACAGTTCGCCCAAAAGTAAATTCTTTTTTTCCCTAAACATATTTGAGTTTCTTTATTCTGCTGAACACAAAGGAAGATATTTTAAAGAATGTTGGAAACTGGTAGCCATTAACATCCAATAGTAGATTTTAATTCCTCATATGGATGTCAGTGGCTACCCGTTTCCAACATTCTTGAGGATAACTTCCTTTGTGTTCAACAGAAGAAAGAAACTCAGACAAAAGAGTAAACGGTCACCATCATTTCATTCAAAACCCATAAAACATATGTGTTTATCATTAGAAATCTTAATACTTTCTGTGTAGAGACATAAATTAATCATATTAACACTTCAGTAAAAAAAAAAAAATTGAATTCCCTAGAGATAAACATTTAAGTTTGACCCTTTGTGAATCTATTTTATTGTGTTAAAGTAGTTGGGTTGAAAATACCCCAACATATAACCCAATGTATTAAGTAACAACTTAAGTTATTGTAGCACCTTCCACAACTATGGCTTATTTTAACCCAATGCATTGGGTTATTTTGATTAAATGTTATTTTTCCATTCTGGTATTACTATTGCTACTATTATTAGTACTACTATTAATTATTAGTACTACTATTATTATAATTGTAGCTGTGTAAACAAATAACATACTTTTTTAAAAAATATTGAAAATGCTTTATTTTAGTTCTAGACACTTTTGTTAAAAAAAATTATCAATCACAAACAATGAAGGAAAAGAACAAAGTGCAGACAGTTATAAACTGTGCAAGCAGAACATCATGTGTTGATGGAGCAGAATTTGGAGCTCTGTGTGCTGTAGAGACTGTCCAGCAGGCTTCACTCAGTGTCCACAATGTACAATATAATTTAAGCACATCCAAACGCTTCTAAAAGATGGTCCTGGATGGTGAAATGGATATAAAATATTGACAAGGAGAGGTGATTTGATAAAAAATTACAATATTATTGTTATAGCTTAATTAAACTTTATAAGACAAAAACAACATTACACATGGATAATACAGCTGTTTTGTCCGTTAAATCAGTTGACAGTTGAAATTCAAAATTTTAACCCAACTGGTTGAGTTATTAAATAAATAACCAAATAAAGGTTATAAATAACCCAACAAAGCACAAAATATTCAACTGGTTGAGTTATTAACAAATAACTTAATATAGGTTAAAAATAACTAACTCAACCAGTGGGTTTAATAAATAACTCAACGTTTTTTAGAGTGTTGCCAATCTTCAGATTCGAAGGGAGCACTTTTAACTTAGCTTAGCATAGATCATCCCCTCGAGTGACCAGCCTGGTTTAAGCTGGAGATAGCTGGTTTTGGCTGGGCTCGCAGCCTGGCTAGGCTGGTCAAGCTGGATTTAGCTAGTCACCTCCCAGCCTGAACAGGCTGGAAATGGCTAGGAACTGGCCTGGAATTGGCCTAAACCCCTCTAAAACCAGCCTAGGCTGGTTTAAGCAGTTTTTTTCAGTAGAGTCATATTAGACCATTAGCTTCTCACTAATACCCTGGCTACAGAAGTCGCAATGATATTAGGCAGCACCTGAAAAAAGTCTCAATGCAGCACCAAGCACTACATTTGCAACAGCAGTTCAGCAGGTCGCACACCAGAAGCGCCGCGCAAAGCGTCGTGCAACGCCACTCAGCGCCATGCATTTTAGAATTCTAAACATAGTTTTCTATCAGGGTACACACACCGACGCCGCAAGTCGGCGGCTGTCGGCGGCGCCCAGCCACGACTCAGGACGCAGTTCATATTTCAGCCGCGCCACAGAGCGCCATCTGATTCATTTCATGTTAAATATCACGTGAATGTGCGCGTCTGGTGTGTGATACTTTAAACTGTCATGTGCTGAGCGCCACTTCTGGTGTGCGACCTGCTTTAGAATCTGCGTAATAGCACCGGCTGTAGCCATGGGATGGTAGCAAAGTTGTTGATTATCACACCGGAATATTCTGGAGAGGATAGTTTCCAGCCACATTAGCGTAGAATATAGAAATTTTCCATTTTCCGTCAGTTTTAGTACACAATGAAACTACACAAGATTCAAGCTTTAAATTGGAAAAGTTGCTCTTTGGTGATGATGCTAATGGTCTAATCCGATTCAATGCACTATGCTAAGCTAAGCTAATGAAATCAAAAATGGTAAAACTCAACTGTTTAACTCTAGGGGAGATCTCCAAAAATAAAAGTGGAGTGTTCCTTTAAAAATATCTTCATCAGTGTTGAATGGAGATGAACAAATAAAAAAAATTATGGGTGTGGATGAACATGCGGACGAGTTTCATTTTGGGGTGAACTAAACCCTTTAACATGTTTAACATTGATAAACTAGTCTGCAATTTCATTTTCTGCACATCTGTGCGCTCAGAATACACGTTATGAGTGATTTTCTCATCCTAAGTGGACGCCACAGGCATTTTCTCTACAAGAAGTGAATTGCAAAATGTGATTCATTTTGGCGCCGTAGCTGCTTCTCCATCTTAGGCATTGTTAGCTGCGTGACATCAATTGCATCTGCATGCTAATGAGGCCGGTTCTATTTTTTTCTAGACAGAGGCACGGCGATTTCTCCGCATTGCAATTTGTAGCATGTATCGAGCTCCGGGAGTGCCACAGATTTTATAGATCAATCTAGCACAATCTGTTAGCTCCTTCCACATCACTGTGCCCTTCAAAGTCTTTTAAACAAAATAAGCGTGTTGAAAATTTAGATCTAATGAAACTGAATATTGTGTTCAGGCAGGTCAGCACAGGCTGCATCCTCTTGTTCATTTAAACTACTCAAAACAATTTATGACTTGACCTTTAAACATTTATTACATGAAGGCATCAGATATTTGGATGCAATCGCTGGAAAAGGTCAACATATACAACATCACATGATCTTTAAATCAGAGTGCTTTTCATTTTCAGAAGTTCAGGTATGTGCCGGGAATATACAAACATGGCATTTCTGTCCAAGCTGGAGAATATTTATGATGAGTTTGAAAAACGGAGGCCAAAAAGGCATTTTTCTTTTTTTTAATACAAGAGTGTTTATACACTTAATGATGCCAGTGCTATTTAGATATGATATTAGCGACCTTTGGATAAATAGAGGGCAGTAAGAGCATTAAAAAGACAATTATAGTCTTGTTCAGTAAAAACTGTAAAATAATGAAAAATTTTACTTCAAAGAAATGCATTTATATACATTTTTTTAATAATTTCACTGTGAAAATAACAATATTTTAGTGTAATTGATCAACTTTTAGTAACCAGTTATGTTCATCCAAATAAAAATGTGGCCACCAAACAAAAGTTGGAATAGAAACATAATAATTTTAAATTTAAAGGAGGTTTAGAAAAATGTTTATTATATAAATAAATATTTTAATATTAATAATGATATAATATATTGCAGTTGAAGTCAGAATTACTACCCCCCCCCCCTGTTTTTCCGTCCCATTTTGTGTTTAACGAAAAAAAAATTTTCAACACATTTCTAAACATAATAATCTATTTTATCATTTCTATACTTTAGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTATATATTTTTTAAAAACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGGTAACTAGGCAGGTTAAGGTAATTAATAATATAATGTATAATGATGGTTTTATCTGTAGACGATTGAGAAAAAAATATAGCATACAGGGGCAAATAATTTTGACCATAAAATGTTTTTTTTTTTTAAATAATAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATTAAACAAAAAACTATTATTTAAAATTAAACTTTCTTTAAAAAATAAATAATATTATCAGACATACTGTAAAAATTCCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAAAAAAAGAAAAAAATTGTAAGGGGGGTTAACAATTCTTACTTCAACTGTATGTATGTATATATACAGTTAAACAGCTGAGCAAGCATCTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAATTATATATATTTTTTTAACTTCACAGTGAAAATTGGCAATATTTTATTGCATTTAAACCATTTAAACTCAAAAGAAGTTTCAATATTTTTTATTAATTGATTAATAACATTATTCAGAAGACTCAAAGCACTCGTTAAATAATTACTTTATATAGCTTTATTTTACATTCTTAGGAGATGCAAAACACAGTTGTTTCTGTTTTTTTTGCAACTCATTTGAATTTAAATGTATTAAATAAAAAATGTATTCAAATTTTGAAAAAAAAAATGTTCAACGAAGTAATTTTCACTGTTTATCTGATAGTATTCTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGTAGTTTTTAATTTAAATTAAATTTATTAAAATTAATTAATTTAAAAGCATATTAAGGTAAAAATTTTTAGCCCCTTTAAGCTATGATTTTTTGATAGCCTACCATCATTATACAATGACTTGTCTGATTATCCTAACCTGACCCCTGAAATGGGAAAAAAAAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACTGTACATACACTACCGGTCAAAAGTTTTGGGTCAGTGGGATTCATTTATTTAATCACAAATACAGTACAAATAGTGAAACGTTATTGCATTATAAAAAAAAGCTGTTCAAAAGTAGTTTATAATTTAATTTAATCATTTATTCCAGTGATTTTAATGATGAATTTACAGCTTCATTACTCCGGAGTCATACGATCCTTCAGAAATCACTCTAATATTAATTATTATTGTTATTATTATTCACATTATTATTATTAATGATAATAGTAATAAAACCAATAATGACTGGAGTAATAATTTCATTTGAAATTACATACAATACGTAATAAATATATATTAAATAAATAAGTATTTTACAATTTAACTTTTTTAACATTTAATGAATCCAGCTGAATTGATCAACTAGATGATTTTATTTAAATTATTGAATTAAATTAATAATAAATAAATAAAAAACTGACCCCAAACTTTTGACTGGTAGTTTGTGCTCTTTATTAAAGTTTTATTTAATTCTTTTCCCTAACATATTCCTTTGTGTCTACTAATTTTCGCACCATGATCCAAAGTTACTTCGTTTGGTTAGTTCTAGTCATGGCTTTGGTACTGAAGATACTGTATATATACACAGATACACAGATACACATAGAGACCTGTAAGGTATGTGCTTATTTCTACTGACCACTGTTTACTTACTTTATAAAAATAAACTCTCCTGAACTCTCTCAAGGCAGGCGTTGCTGATTTGCAACAGTTAAAAGCATAGATTTTGCCTGTTTCTAAAATTTAATTTGAGCCTAAAAGGGTTAAACACAAACTTACAATGATTTTGGAAGGATTGCTTGAAACAGGAGAAATTCTGCATTCAATTTGTGCTAGCATTTCTTAGTTCCACTGTATTTTTAATTAAATAAATGCCAACTTGTAAAGAACATGAGTAATACATTTAATAACAATAACTAAACCTGGTGTATAAACCTAAATAGAAACCATCAAACAACTTCATTCACTCATCTGTGTGTATATTCATCCTATCAAGTTACAATTACTGTACATTTAAATCATCAAGTGTGTTGTATAATTTCAGCTGTATCTGTGAAGATGTGTGTTTTAGAAAGGCTAGCGAGTTAGCTATTCAACCCAATTTCATTTTCTTGCTTGCAG
Seq C2 exon
GGCTAACTTTATGCATTAAATCAAAGCTGCAGAGACTGAAGAACAAGTTCAATCCCAGTGTAATCTCCAACTGGTCAACTGATCGCATCATTCAGTTTATTTTAAACGCACCTTGCCAAGTCTTTTTTGTGCATGCCACTATTTGCAGACTACCGTTGAGTAGATCCTCTAATGTTATGACATGTCTTTACTAACTCCAATTTGTTAATGCACATTTGGATATTTGGAAACGAGCGAGAACTATTGTTGTATGTGAAGCATGTGAGACTTGCATTCTAAGCATTGAAACAAAAAATAAAGAGAGTTTTTTCACATTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000018270:ENSDART00000135610:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.159 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123083=Noelin-1=FE(50.5=100),PF041569=IncA=FE(32.7=100),PF101864=Atg14=FE(26.8=100),PF045827=Reo_sigmaC=FE(32.5=100),PF060097=Laminin_II=FE(45.5=100),PF138741=Nup54=PU(41.9=94.2)
A:
NA
C2:
PF123083=Noelin-1=PD(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]