DreINT0116744 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010773 | pnpla6
Description
patatin-like phospholipase domain containing 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050107-4]
Coordinates
chr1:45183595-45188072:-
Coord C1 exon
chr1:45187956-45188072
Coord A exon
chr1:45183744-45187955
Coord C2 exon
chr1:45183595-45183743
Length
4212 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGCAAGT
5' ss Score
3.1
3' ss Seq
GGCACTCTAATGCCCTTCAGCGG
3' ss Score
3.98
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTCCCTGTGGCGCTATGTCAGGGCGAGCATGACCCTTTCCGGGTACCTGCCACCCCTCTGCGACCCTAAAGATGGAAACCTGCTCATGGATGGAGGATACATCAACAACCTGCCAG
Seq A exon
GCAAGTATGCCCCAGAGCAAACCAAAATCAACAAGGGCCACAAATACAAAATGGCTTGGTCAATTACTTAATGTTTTGGTTTGGAAGAGCTACATGGCTCTGAGTAAGTACTTTGATTTTCTTTACCAATTTGAGGGTAGAATGAGTGGTTTCGCTTTATCCATTTGAGCTTGTGTCCATTTAATATGCTATTCAATTTGGCAACTGGGAGATTTCCTGTACATTTAAAATTATTTCGCATTTTGGACTCTATAATGGACCAGTTTGTGATTTGTGCAGAGACAAATGGATAAAGTTTTGCAGGGATTGGTTGGTCTGGACAAAAACCTATAGTCCTCACCAGCCTATTAAATACATGACTTTTTTATTTGGAATGTAAATGTCGAGATGATGTTGTCTGGTGTATGATTGGTGTTATATTGTGACTATAACTGATATATTGACAGTGTAGGTCTCAACTCAATTCCTGGAGGGCTGCAGTTGTGCACAGTTGTGCTCCAACCATAATCAAACACAGCTGATCGGAATTATCGAGGTGTTCATGACTCCTTTAAACACCTCAATAGGGTTGGACGATTTTGACCAATTTGGCACCGTATGATGTCTAATGTGAAACATCGCGATGGACGATGACATTGTCATCGTAGGTGGGGGTCATTGTTAAATATCAATTAATTAATAACAAACTAATTGTAGCCTACCACTTTCACTACCTGACCCACATGGTCTTTGCTTTACCCACAACCAAACTATAAAAGTTACACACAAATTACCACCTGTCAATCACTTTTTTTCTGCGGGACTCTGGCATTAATAGGCACAGTGATCTGTGTCATTCTCATGGATTTTCCCACAGCTGGTGGAGGAGACTTCGTTTGGAGTTCACTGTAATTTGTATTGTGATTGATGATAACTTCATTATTTTATTATTATTATGATAAAAATGATAACAAGTTAAGATACTAGGGCTCGACCGTTTGGGTCATATATGCGCCCGAAATGTTATCTATGTGACCTTAATATATATTTGTAAGCATTTGAGCGAATGCATACATTTTCACTGTTTTCACTGCAACATCCTCACCCTGTTTGTGGATTTAGGAAACATTTATGCAGAATGCATCTTTGCACCTAAAAACGCCAAACGCAGTGCTCAGGAACTGATAAACAGTTGTTATGTGAGCTTGCTGAAGTAAAAAAAAAGCCCACAATGCTTGCCCCGCCTTTGTGCTCTTTTTATTGGGCCACTGCTCTAGAACTGAACGCGAATGATTGGTTATTATCAGCTGTCAATCACTCAGTTAATGGCTTCTGCCTCAGATGGCAGGAGCTACAACCGTGAAACTGTGGAGTGCTGAAGATGAGGGAATGAAATTAACACTGACAGATTTTGTTTTAGAAACCACCTACAGTTACTAATAATGGCACATCTTATTAGTGATCATGTGCTGAATGTTAATCCACCATTTACACTTTTCCATGAGTGGATAAAAGACTTTCAGTGGCTTCAAGTCCGCCATGAAAAATATCTTAAGCCATTCACTGTAGAGTCTTCGGGACGGAGTTTGCAGGTAACAGCATTTGCCACTGAATCTACACATTTTAAGCGCGAGAGGTGCTAGATAATCCTTCGTTTAATCCTCACAATGCTACCAGCCGTGCAATCGGCAGCTATATGTAAAATTTACCACAGCTCATGAAAAGATGTTACTGCTATTAAGATGACATGCAAATAATAAGTTATATATCAATATAAATGTGGGCGGGGCGATAGATCAAGATGCCGGCTCAGCATCGTGAAGTTTGTCGGCCCTGGCGATGGACGATGGCATTGTCTATCGGCCAAACCCTACACCTCAATTATTTGGATCAGCTGTGCTTCATATGGTTGGAGCAAAACTGTGTAGAGCTGCGGCCCTCCAAGAATTGAGTTTGAGACTTATGCTTTACAGTATTAAAACGGTTTAAATCTGACTTATTATTTTTAAACAAAATCACCAGACAGCAACATCATCATGCCCATCACTTTGGAGTGCACCTAATGGACAGAAAGACAAGTTCAGATGTTGCATTTCAACTTGGGACATATTAATTTAGTGGAAAAAGACAAGATTTTGCATGTGATAGTACACCCTGTGTTATCATTTGATTCAATGATTCATTCCACCACAGCAATCAAGCAGTCTGCAAAAGACCAAATTACTCCTTGCATGACGATCATCTGTATTATTGCCTGTGAAGCAAATTGTATTTTTAAATTCCTGAGAATAATTCCAAACTAGATTATTTTTGTAATGCATCACCTACTTTAGGCCTACACCATTTTATTCTTCTTCATACATTGTCATCATTGAATACAATTGTCTTTTTCCATTGTTTTTTAGCACTGATCACCTGCAAGGCTGTTTCACCACTTTAGCTTTAGAATCCATTTACTTCAATGAAGTCACTTATATAAACATAGATGCAGTGTTGGGATTAATTTGTTATACAGTAAGTAACAAGTAAAATAGCCATCTGCTTGTTAAGTGGTGACGTGTTGGTGTTGTATGTAATACTGTTTCCAGGTCAAAGCCGCCACTCATTTGATTTGAGAAAATATTCTTTATGATCACTTTTTATTCATATCACACATTAAAGTGAATTTTTTACAAAGTCGTAGTGTACAAAACAATCTCTGAACTGCATTACAAATACCAAAATTGTAACAATTTATATAAAAAAAATGAATCACTTTCTGGCCATCATATATTAGGCATGGACATTTATATTGCGATTGTGATTTTTGAAAGTATTCAAGCGATTTGTAAACGTTTATTATTACCATTTCATGAGACTCCCCATACAGCAGGGGTGTCCAAACTTTTTTGGCTGAGGGCCAGATTCAAAAAACAAAAATGTTGTCCCGGGCCAAATTTTACGCACATCACACAGACACACATATATATTATTTTGATCACCCCATTGGCAGATTAATTTGCTTGTTTTAAGGAAAACCTCTCAATATTAGCATATTATTTCTCAAAACAAATTAGAAAATTCTCCTTTATTTAAGATTTTTTAGATATTTGGACTTGAAACAAGACAAAAAATATTTAAAAAAAAAGCATTTTTTGCAGTGCAGTTTAGAATTTTCTTGCACTTTATTAGCACGAAAAAACTGCTGTTGTTGAGCTGATAGGGCAGCTGCTAATTGTTTTACTTTTTGATCTCATTCGCCAAAATGTGATTATCAGTTATGTTTCCTTCAGTTTGGTCGGTTAGTTTTACATCATAACAAGAAGTGCTGCCTAATTGAAGGCATGTAATAGCGACACCCGGTGGTTATTTATTGACTTACGTTCATTTTTGTATAGCGGGCCAGTTTCTATTAATATTTATAAAAAGCCTCGCGGGCCACCACAAAACTGATTGGCCGTAGTTTGGACACCCCTGCCATACAGTTTGATAGAGGGCTTGGACCCAGAAGCCGCTGCATGTGACGTCACACTTAACAAGCGGATAGACTGTAAAAGATATGGACGTAGTATCCATGATGTTACACACAATTTTCTGATGAGCGCAAATTAGGCTACAAGTAGGCGTGGCCAACCATGACCATTTTGTTCGCGCATCATCGCACCAACCCGTGGTGACCAAATAAGGGCAAAAAGGCGGAGCATCAGTGGAGCTAGAAACGCCTGCTAGAATTCTGCTTAGACTGGCTTTTCTTTGGGAGAAACGCTTATTACTTCGTTACCTGTGATTCGTTTGTGTTCTGACCACGTGTGCTTGGCTGTGTACCACATCAATAAAGTGTTTAGACTTTTTAAAAACACTATTGTACATTGTATAATACATTGAGCCCCTAAACATTGTTCCTATGATGCTTTTCTACAGGAGGGAAAACGCAAATTACTTCCATATACTTTAAATGTAGTCTGTGTTAGTAAATATTGAGTAACTCAATATTGTAATGCACTACTTTGAAAAGTTACTTTCCCCAACACTGCATAGATAATCATTCAGTCGTATTTCTGAAGAAAAAGGGAGCTTTCCAGTTCCTGTGTGGTTTGGGTTAAACAGCGTTGACTGGTGATTAGTTATTAATCTAATGGTTTTACCTGAAATATTAACATGACTTTGATTCTTCCTGCTACCCCGTGGATGTCTTGTCTTTGTGTGTGTTCGTGTGATTTGATTGCATTCAACTGGCACTCTAATGCCCTTCAG
Seq C2 exon
CGGACATTGCTCGTACTTTGGGCACAAAAACTGTCATTGCCATTGATGTGGGCAGCCAGGATGAGACTGATCTCTGTAACTACGGTGACTGTCTTTCTGGCTGGTGGCTGCTATGGAAACGAATCAACCCGTGGGCAGAGAAAGTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010773:ENSDART00000140890:28
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0173417=Patatin=FE(23.4=100)
A:
NA
C2:
PF0173417=Patatin=PD(2.4=8.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]