DreINT0125241 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044255 | rbm18
Description
RNA binding motif protein 18 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1764]
Coordinates
chr10:9528300-9536183:+
Coord C1 exon
chr10:9528300-9528380
Coord A exon
chr10:9528381-9536094
Coord C2 exon
chr10:9536095-9536183
Length
7714 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
GTGTGTTTGTTGTCATTCAGAGA
3' ss Score
7.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGCTGAGCGGGCTATTCAGTGTCTGAACGGGAAGTTGGCACTTTCTAAGAAGTTAGTGGTACGGTGGGCTCATGCACAG
Seq A exon
GTAAAGGTGGGTATCGTATATGTCATGCTATTTGCTATGGCAAACATGACTGTAACTTATATTATAGACCTGATGTTTGCTCAAGTCTCTACGAAACTTTTTCTGCACTTTATGGATGACAAAAATGTATAAATGGATGATAAAACAGGACAAAACCCAAAAGACTTGTAGACTTCTATTGAAGGAATGCCATATTTTAAGACTAGAAGATCGTGGGCCTTGCACAGATTGGATTTCATTTTTTTAAGGCAGATGCTGGTATTTTGGACAACAGAAATGTAGGTCTATATGGCTTAATAGATAGATGCTGAAAAATATAAAAATTATGAAAAATAAAACTATAAAAATGACAGTAACATTATAGACATCTTTACTGTGACTTTTGCATCTTTTCTGTTACAAAAATGCTGTTCTAAAGTAATTCTTATGCATGTTTTCAAATTAATAATTGGTAACTCTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGCATTTACTAACACGAACTAATCATGAACAACACATGTACAGCATTTATTAATCATATTTGAACATTTACTAATGGATTATTAACATTCAAGTCTATGCTTGATAACATTAGTTAATGCACCATGAGTTAAAATGAACTAACAACGAACAACTGTATTTTCATTAACTAATGTTTATTACCATGAATAAATACTGTAGTAAATGTATTGTTCAATGTTTGTTCATGTTAGTAAATGCATTACTTAACTAATGAACCTTATTGTAAAGTGTGACCGAATAATTGAATGAATTTTTAAAGGTATGTATTTATTGCTCAAGCAGTGTTGGAGAAGCTACTCTAAAACTGTAGATACTTATCAAAAGAGGCTAGCTGCACTACGAATAATATCTTTAAGTTACATTGAAGCTACTTTTGCAAAAATGTGAATAAACCTTAATGTTAAGAAAAATGTCTGGCACTTTAAACAGTGCAATACAATTATAATGTCAAAGCGTAATGCTTTATTACACATGTTTTTTCAATTACCCAGACTGTCAAGAGTCAGAGCACAAAACTGCAGCAACTGTAGCATTGCAATATCAAAATAATGAACTTAGATTAAGCCCACGGAAGCATTTATTCTCAAAACAGTGATATATGGCTTGATTTAGTAAGTAATTTTATTGAGTCTCTTACATAACATTCTCACTTCAGGTTAATTGTCAACGGTTGTAATACTTTATAGGTTGAATTTTCAACTGTTGTTACTTGAAAAATATTATTTACAAAATAACTAATAAATGAATGTATATCCATGAGATGTGTGATTTATCAATACAGAAAATGGCTGTAATACATAACTGTAGTATGTGATCTTGTTAGACAATGCTGTTGCACTTCAGACCTTGGACCCTTTTCACAAGACAGTTATGACACCTGGTCATAATCTTAAAAACTTTGACATTTATATGCATTTATGAATATACTATGTGATCTTTGCATCAAATTACAAAAAACGAATTACTGCTTATGTAAGGTGTTTGTTATGCAGTGTCTATGGGGCTGAAAGTAAATTTGATATAATTCTCTCCTCTGGCAGCCATCATCAGTCCAACAATATTTTCCCCTTTTTCCGAAAGTCTTGATAACACCATCATGGTATTTTTCTTTTATTATTTCAGCAAATAGGATTGTAAAAAAAATTGTTGCATTTTTTCCATTCACTGCGCTCTAAATTTACCCAATTATAATGATTTCAGCTACTGAGAAACCCGGAAATGGGAAGAGGGCGGCGCTAGACTCAATTTACTGGGGCACGTGCCCCAGTAAATACTTTGAGATATTAATTGCTTCATATTTACATTTACATTTAGTCATTTAGCAGATGCTTTTATCCAAAGCGACTTACAAATGAGGACACGGAAGCAACTTACACAACTATAAGAGCAACAATGAATAAGTGCTATAGGCAAGTTTCAGGTCTGTAAAGTCTAAGAAGGAAAGTATTAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTACAGTTAGTGTGATATCCAGAGAGGCAATTGCAGATTAGGAAGTGAAGTGGAGACTAAATAGTTGAGTTTTTAGTCGTTTCTTGAAAATAGCGAGTGACTCTGCTGTTCTGATGCAGTTAGGGAGTTCATTCCACCAACTGGGCAGATTGAGCATGAGCGTTCGCGAAAGTGATTTCTTCCCTCTTTGGGATGGAACCACGAGGCGACGTTCATTCACAAAACGCAAGTTTCTGGAGGGCACATAGATCTGCAGAAGTGAGAGGAGATAAGAGGGAGCAAGGCCAGAAGTCACTTTGTAGGCAAACATCAGAGCTTTGAATTTGATGCGAGCAGCAACTGGCAGCCAGTGCAAACGGACTAGCAGCGGAGTGACATGTGCTCGTTTAGGTTCATTGAAGACCACTCGTGCTGCTGCGTTCTGGAGCAGCTGAAGAGGCTTGATAGAGTTAGCTGGAAGCCCAGCTAGTAGAGAGTTGCAGTAATCCAGTTTGGAGAGAACAAGAGCTTGAACAAGGAGTTGAGCTGCATGTTCAGATAAGAAGGGTCGGATCTTTCTGATGTTATAGAGTGCGAATCTGCACGATCGAGCAGATTTAGAAATGTGTCATAGAAGTTTAGTTGGTCATCAATCGTTACTCCAAGGCTTTTCACCATTTTGGATGCAGTAATGGTTGCCCCATCCATCTGGATTGAAAATCATATGCAAGTGTATTTATTAAGAATGGTAATCCCAGAATAAAGATGTTACTCTCTATGTGCAACGGCATATCTTTTTTGAGGGGGGTTGTGCCCCAGTAGAGCTTTATGTCTAGCAACGCCCCTGCTACAATGTATCAAAAGTAGCTGAGTTACTATTATAACTACAATGTATCTAAAGTATAGCTGAACTATTGGAAAAGCTACATTGTATCATAACCATCTGAGCTACTGACAAGATACGCGAAAGAGAACTGTGGTATATGCAACAGCACTGGCCTTAGACATTGCCCATCACATTGCCTAATACTGTTAATTAAAAGCTTGACCAAAAAGGTGTGTGTTTAAATGCTTTTTAAAAAGTTCAACTGATCCCAGAGTTCTCAGTGCTATCGGGAGAGAGTTTCAGAGCCGTGGGGCCACCACACAGAATGCACAGTCAGAAGGCCTCAGAGACCGGCTATTTGAGTGACTGATAAAAAGATCTTGAATATATAGGGGTGCTTAACCATGCAGAGTTCTATATGCAATGACCAGAATCTTAAAATGAACTCTAAAACTAATAGGAAACCAGTGAAGTGCCTTAAGCACAGGTGTAATGTGTGACCTCCTACTGGTGTTAGTTAAAAGCCTCGCCGCTAAATTCTGCACAACTTGCAATCGCTCCATAAAGGATTTGTTCAGACAAGTAAACAGAACATCACAATAATCTAATCAAGAAGAGTTAAAGATGTTGGACATCAAAATAATGTCTTTAGACACTGTCTAGACACTGAATTTTGGTCACCTGGTGTCATGACCTAATCTAACCTAATATTAATGTCTTGTGATATTGTGTGCCTGCTGGGCAATAAATAAATGCACTACAGAATGTTACGTTTAGACACATCCACAAATTAGATGTAAATGCATCAACATTTTACAGCGTAGTACTCACTACTCTTGAGTACTTTTGAAAGGTTTTTTACTCATACTTTAAGTAATATTTACAACAGATACTTTTCCTCTAATTGCACTACATTTTTAGACAAGTAATTAAGCGTGATATTTCTGGACTCTTTCCACCACTGCAGATCCTGTGATGTGACTATTGCAGATGTGCACATTGCAATATCGATGCTAAAACCATATATAGTGCAGCCCTAATATGAAAGCAAAGGGATTAAAAACATTTCCTCTGGAAGTGCTCAAAAGTGGTCAAACGAAAAATATTTTAGACCTCATTTACACATGTAAGTTGTCCTCTTGTGATCAGATTGGCGAAAATGTGAACATCTAAATTGCATGTGCAAATGAGGCCTACAAGTCTACAAATGAACAGTCCCTGAAAGGTGGGCTGTTTAGACTTGGACCATTAGGACCACCCAGTAACCACTCAAAACAACACTTTAGTAACCACATAACAATGACCTAAAACCCTTAGCATCATGGTTGCAAGTTTTGCAAGTCCACCACTCTCATTGTTTTACACTGGACAATGTATACATATAATGTGCACAGTAACTTTAGCCAATCCCAGGCTATAATTAATGCCTCTGTTGTTGCTCAATGGAACTTCTGGGTGCTGGAACAACAAAATGGACCATGAAGTCCATTAAATAGACTTCTAGTTGAGCTATAGAGTGCTCCTCAGGTTGCCCTGCTCCTTAACAATAGGCAGCTGCAGCAGGGAGTGAGGAAATCCTGTATGGTGGAGAATCCCACCCCTCTGCTCCTCCCCGTCTGAGGGGAAGGGGACACCAGGCAGAGGTCAAGGTCAACAGCACACAGTTGTTGACAACATGGATCTGCAGAGAGATCTGAGTCCAGGTCCTCTCTAGCACCTCCACCAATGCTCAGTGTGTTCAGTGTGAGGCTGTTGAATGTGATCACAGGCTGGGAGTGTGTGTGGTGTTTATACCACTGGTGCCATTTAAAGCCTGATTCGCTCTTAAAAATATTTATATGAGAAATTGTAATAATGAATACAAGTACATCAAATGTTTTTTGTGTGTTTTTTGTAAATGCTGCAAAAACTTAAGCTTTTATTGTTTTTAAGTATAAGGTAAATGAATAATAATAAGGTCAGTAGTTGGGGATGTCACTTTGGTTGTATAATGGGGTTGTGCAGTCTGATGGTGCAACGTTCATTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTAGTCCCTTTATTAAACTGGGTTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTACGCAGTGGATGCCCTTCCTGCTGCAACCCATTTCTAGGAAACATCCATACACACTCATTCACACTCATACACTACAGACAATTCAG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Seq C2 exon
AGATTTGAACCCTTCCGAGGAGAAAAAAATATGCCAGCCAGTTTAGAGCCTTCATCCAGTGAAGCTGAGGATCTGCCAACCTCACTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044255:ENSDART00000064975:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.667
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PD(25.7=70.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]