DreINT0131578 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000018032 | scn8ab
Description
sodium channel, voltage gated, type VIII, alpha subunit b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060906-2]
Coordinates
chr6:39453715-39460806:-
Coord C1 exon
chr6:39460678-39460806
Coord A exon
chr6:39453807-39460677
Coord C2 exon
chr6:39453715-39453806
Length
6871 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGCGTAAGT
5' ss Score
9.39
3' ss Seq
GTGATCCTCCCTTGTTGCAGATA
3' ss Score
10.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACACCTTCACAGGAATCTACACTTTCGAGTCTCTCACAAAGATTGTGGCTCGAGGTTTCTGTATAGACGACTTCACCTTCCTCAGAGACCCCTGGAACTGGCTGGATTTCATGGTCATCTCTATGGC
Seq A exon
GTAAGTATGATAATGTCCTGTAAATTAAACAAGGAAATATTTTGATAATGATACACTTTAAATCTGTTTTTGCATGCAATGGTTGCAGGTTCATAAAACTCTTGTGTGCCGCATTTAACATTAGGCTTTAGTGGCGCTTCAGTTGGTGCCAGCTACTTTAGTAAAATTCTAGATAAAAAATCATCGCTTCAATTTTTGAAGTTACACATGCACTCACATCTCAAACAAGCAAGCTTCTTGTGATTGCTGCATATTTTTACACAGACTTTCAGATTTTTTTTTGGAAAATTGGCAGTGGTGGAAAGAGTAAAATCCTACGCAAGTAAAAGTACCATTAGTAGAATAAAAGTATCTGTTAGTTTCTACTCAAAGTATGAGTAAAAGTAACCCTTCTAAAAGTAGTGAGTATGCTACACTGAGAAAACAATTCCATCTTATAACCTGCAAATTAAAAATGTAGCTTAAATAAATGGTATTTTTAAATGGATGTTTGTAAGTTAAAGTTAAATTATTTGCCATTCATTGACTATAAATTTAAATGTGAGATTAATTTAACATGAGATCATGTTACATTAATATATTCAACTATAATAAGCTGTCAGAAAAGCGGAATGATAAGTATTACATGTGGAGCTAAATCTGTGTAACCTTATATTGAGTTCAGACTGCACGATTTTCAAAGTAGTCGTGTCTCGGATGTTTTCACACTGCATGACTATCTGGGTTAGCGCTTCGTCGCTGCTTTGCATACACTGCAAGATAGATTGGCGACAGGGGGTTTCACACTGCATAACTTTAAAATAGGAAAATAACCCGCAACTTTGTCCAAACTACATTTTACAACCAAACACGTGTGACAGAAACAAAGCAAGATCACGTAGTATATTTCTTGTTATTAGCTACATAATGAGGAGCCTTTAGTGGGGTAGAAAATGTACTTATTTTGCTCACCTGGCTTTGAAGGGAACTTACAATTTCCCCTAAACTTTTTTCTTTTTTAACCCAGTTGTGGTATTGCTCAGATGAATTTTAACTTCTCCAACTTCCCGCTGGCCTGCAGATATAAATACTAGTGTATGCTGCTCTCTCATTGGCTGTAGGTAATCGTCAATGTTATTTTCAATCAGAACACATTTCACACTGCATGATTTGAATCACCGACAGGTCCAGATATTTAGCATTTAGCATGCTAAATATCTCACGGGAACCTTGGCTCAGTTGGCGTTTCTTTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCTTGCGTTCGCATGGTTTTGCTCCGGGTGCTCTGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGGTACAGGTGAATTGGGTAGACTAAATTGTCCCTAGTGTATGAGTGTTTGTGTGTTAATGTTTACCGGAGATGCGTTGTGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAACGTGCTGGATAAGTTGGCTGTTCATTACGCTGTGGTGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCTGACAAAAAAATAAATGAATGAATATCTCATGGGTGTTGTCGACTCATTGGCAATTCTCTCAGATCGCGTCTTTGATAGTTAACACTGTGTGATTGTTACACGGGACCGAGCACCGATTTGCCTGTGATTTCAGACTTGTTAAGATTTCAGATTTGCTTGCGATTGTTTTTTAAAAACCTGTCGTCGAGTCAAAATCAGGGCTAAATCATGCAGTCTGAACTCAGCATTAGGGTCAAAATCAAAAACATATATGACAATATTGATAATTATTATGCACAAAGAATCCTAACTAACAAACTGGAAGTGTCCAGCAGTTGGTGCAGCAAACCAAGTGCATGCAGCACTGATAGAATACTTATAAATTGTGCATGTGTTTAAAAACGTAACATTCTGTAGTGCATTTAGTTATTGTTTATGGCTATTTGCCGATTTTATTCGTCATACAGTAACCGTTCTTCATCTTCTTGTTATACAGTCTAAACAGTCTGTAAGTTCTTGCTTGTAACAATTTTAATGTATTTAACAATTTTACAATTTTATTTTAATTTTAATGATACTGTTAGTTTTCACACTCTACATTTATAAAATGCTGCATCTTTAAAGCGTGTGTGTTTTGAGGTTGGTCTTTCAGATGCAATTTTTTTATGTGTGATTTGATTGGACGGGAATCACAAGATTATTCTACTTAGCCAATCACCATACACTGTAAAAAAATATCTGTAAATTAGCAGCTTTCCATATAATGTGATTCCTGTGTTTATTTAACATTTTTCCGTGCTCATATAGGCTTTTGGATTGCATTATGGGACCTTGATCTTTCTTCTAACAATTTTTAATCTTCAACAGTTTGAAAAATTACTTTTCTTAACATTTTTAATAGTTTAAAGTGATCTATTGTCTGGTTTGGTGTTGTATATTATGGTGCAAAAACCATAAACTGACATTACATTTTTTGTTATTTTACAGACAGTTTCTTGTTTTTTTTTTTCTAAATGGAATACTAGAAAGTCTATAAAAGCTGTAGAGTTGAATTTAAGACATCAAAATTCGACAGATTAGTAATTAACATCCCATAATGTAGTTCACAATCATAAACATGCACAAAATATATACTTTTATATTTCTTTTATTTCTACTTCAATGTTTTCTATATAATTTTTTTTTACAGTGAAGATAAGAAAAAATAAAAGAAGGAAAATGTGCAGTGTAAATATCGATAGAACTAAACATAAACTCAGGTAAAAGTGCACATTTTTAAGACTACCTTTTTCAAGTACAATTCCAGAGAAAAAGTAGTCAATTACAGTAATTAGCTTGTTTGTAGTTCGCTTCTTTACACCACTGCTGGTAGATCATAAGCTACTGACCATATCATTGAAAGTGCATGTTAACACCAGACGGAAATCCTTGAAAATCAATAATCAATCAACACCATGACCTCTGTTTAGGTCATAGGATGGCTTTTGAGGCCTGATGTCTATGCTTGCGCAAAACAGTGTGTATGTGGGTGTTGAAAAGCGACAGAGGCTCTTGTGTTTTGCCTCTCATTGCTGGCGGATGGGAGTTCAGTGCTCAGAGATGTCAATGTCTGTGCTTATACTTCATACATGTCTATCATAGCTTTCTTTCTTTCTGAGCTTTGATTCATCTGACCATCTTTCTCTCCCTGTCTGCATTCATCCATTTCTCTGGAGGGTGGCTATGTTATTTTTATATAGGACAACATTTATGTCTAAAAAGAAATTCATGTTAAATTGAGAAAAGCAGAAAAGAGTGTGTTTTCTAGTATAAGTTCAACATGAAATGTTGTGAGTATCTCTTTTTGTCAGTAATTGTGTTAATACCTTATTGATTTTACTCTGATGGTAAAGAAATGTTTCAGGTTAAGAATATGTCAGATGGTGTTTGTGATATGCTGAAAATTATTTCAACCTAAGTTTATATAAAATGTAGCATATAACTGTGTATATATTGCCATCAAGTCTATGGGTTAAGGCTTTACATGGGAATAAATGCCACAAGAGTTAAATCCTTACGCTGGGTTCACATTGTGTTGAAATTACTGTAATTACGAGATAGCAGCTCTAAAGATTGTAATTGGAGCCGCTCACGTCCTTGTCTTTAGAAATAATTGGTTTGTAAGGCAGTGCTCATTGTGTCCACCTTTAGATGTACTAATTGAAATGAACATTTTAGAAATATTTCTCTTAGGCATACTATGCAGTTATACGGTTAGAAATACAGTAAAATTATATTTAAAATATTATTACAATTAAATCAAATGTCATTTATTTTTGTAATGGCAATCCTGAATTTTGGCCGAATGTAAACAGCGATTTTTGATTAATCGAATCTGATTAAGGTCATAATCGAACTAAATAAAAATCGAATTAAGACATTTAGAGTATGCCAATTTGAGTGGCATTATTGAAGTGCAGTACAGACATGTAAACACTGCAAACAAACTAATACCGTAGTGTAGGATTTTCCATGCATTTTGTAACAGAATAGTGTATTCACACTTATAGTCTATACACACGGCTGTTTGACACTATTCTCTGCACTTACTGAGTCAGTAAAGGACGACAGACACTTGCATCGCAAAATGCGAAGGTTTTTTTCCCATACGAGGTGCTGTGTCAAATTCCATTAAAACAACACTGTTCTAGCAGTTCATACTCGCATTCAATATCTCGTTTGTGATGGGGGAAATGCGTGAAATGTTCCTGATTGAAAGTGAAAGTGCCAAACTACAGTTAAAGTCGACAAATTAAAAATGAAACATCCAAAATGACATGAAACTCTGGAGGAAATGTGGATAGCGCAGGGAAGCAATGATGTAATCGAATTATGTGCCATTTATAGACCTTTTTGAGGAATGTAAACAATCACATTGGTCCATTAGTATTTCCTATATTCATTCATTTTCTTGTTGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCAAGTCTTTGCCTCGCCCCTATTTCCTGTATTACATTTTTAATTTCCATAGCTTTCAAAAATCCAAAAAGGTCCTCTTATTGCAAAATAATTTTATGATAGCTTTTTAATGTTAAAATGTGATTAAATTGCCTCTTGTTACAGTTACCAAATAGTTTGACAAGCAGGAAATGTTCATGGGCCAGTGACATCACCACATTGAAATGGTCTATAACATACTAAACGGGATCATGAAAGGAACATTAAAAAAAAAGCAACTCATGTAAACACCTTACTCATATTAATTTCTTGTTCAGATTAAGGTAAATAAGTTGATTACTGATGTCCACGTAAACTTAGTCAATGATTACATGTATAACTGAAGCGGCAATGAACAGCATTTATCAAAAGCTGATGTCTTTAGTCATCCTTGAATAGAGGTACTCCCTGTGTGTCAGTTTCAACAAAGATATTAAGTTCATAGTTTTAAATGTGTCAATAAAGGTTTTGGTGCTTAAAGGGGTATTTCACTAAAAATGAAAATTCT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Seq C2 exon
ATATGTAACAGAGTTTGTGGACCTGGGGAATGTGTCAGCCCTGAGAACCTTCAGGGTTCTACGAGCTCTCAAAACTATTTCTGTCATACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000018032:ENSDART00000151299:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(17.1=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(12.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]