DreINT0131785 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011490 | scube3
Description
signal peptide, CUB domain, EGF-like 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060717-1]
Coordinates
chr23:41420376-41424788:-
Coord C1 exon
chr23:41424709-41424788
Coord A exon
chr23:41421316-41424708
Coord C2 exon
chr23:41420376-41421315
Length
3393 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
CTGTCCTTGTTTCTCATCAGGAT
3' ss Score
10.95
Exon sequences
Seq C1 exon
AAGACTATGAGCAGCTGGTTGAAGATATCGTAAGAGACGGACGGCTTTATGCCTCTGAAAACCATCAAGAAATACTCAAG
Seq A exon
GTCAGTGAAGACAAAACTCACTTTCTCACTTAAATATTTTTAAAATTTTAGTTATATATTACACTCACCGGCCACTTATTAGGTATACCTTACTAGTACCAGGTTGGACCCCCTTTTGCATTTAGAACTGCCTTAATCCTTTGTGGCATAGATTCAACAAGGTACTGTAAATATTCCTCAGAGATTTTGGTCCATATTGATATGATGGCATCACGCAGTTGCTGCAGATTTGTCGGCTGCTCATCCATGATGTGAATCTCCCGTTCCACCACAACTCAAAGGTGCTCTATTGGATTGAGATCTGGTGACTGTGGAGGCCAATTGATTACAGTAAGCTCATTGTAATGTTCAAGAAACCAGTCTGAGATGATTTACGCTTTATGACATGGTGCGTTATCCTCCGGAAGTAGCCATCGGATGATGTGTACACAGTGGTCATAAAGAAATGGACATGGTCAGCAACAATACTCAGGTTGGCTGTGGCGTTGATTTGATGCCCAATTGGTACTAATGAGCACAAAGCGTGCCAAGAAAATATCCCCCACAATATTACACCACCACCACCAGCCTGAACCATTGATACAAGGCAGGATGGATCCATTCTTTAATGTTGTTGACGCCAAATTCTGAACTGACCATCGGAATGTTGCAACAGAAATCAAGACTCATCAGACCAGGCAACGTTTTTCCAATCTTCTATTGTCCAATTTTGGTGAGCTTGTGTATATTGTAGCCTCAGTTTCCTGTTCTTAGCTGACAGAAGTGGCACCCAGTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAGCCCATCTGCCTCAAAGTTGGACATGTTGTATGTTCAGAGATGCTCTTCTGCAGACCTTGGTTGTAACGAGTGCTTATTTGAGTCACTGTTGCCTTTTTATCAGCTGGAACCAGTCTGGCCATTCTTCTCTGACCTCTGGAAATAACAAGGCATGTGCGCCCACAGAACTGTCGCTCACTGGATATTTTCTCTTTTTCAGACCATTTTCTGTAAACTCCATAGATGGTTGTGCGTGAAAATCCTAGTAGATCAGCAGTTTCTGAAATACTCAGACCAGCCCGTCTGGCACCAACAACCATGCCACGTTCAAAGTCACTTAAATCACCTTTCTTCCCCATTTTGATGCTCGGTTTGAACTGCAGCAGATCGTCTTGACCGTGTCTACATGCCTAAATGCATTGAGTTTCTGCCATATGATCGGCTGATTAGAAATTTGTGTTAACAAGCAGTTGTACCTAATAAAGTGGCCGGTGAGTGTAATTATGTATATGCTAAAGACAAGCACCTTTTTATCAGCAGTTCACAAGAAGGCGCAAAAAAAAAAAAAACTGCATTTCATTTTACTACATTTTATATCAAAAAGCACTTAATCTGTGCACTTGGTATATTTCTAGGGTTTATCATATTATTTTTAGTCCTGCTTATTTTATTTCTTTAAAGTTGTTGTGTATATATAATTGCATATATAAAATGGCATTTTAGTCATAAATACTAGCAAGGCTTGGCAATTTTTTTGCTTACCAGTTATTGCAGTTTTTCAAAGTTGCTGGCCATTTATCATTTTGACTGCTCAGTTTAATTGTTGTGAAATTGCACTTTAAATGATTAAAGTTGACTATTGCATGCAATTATTTACATTTATATATTCAAATTAGAGCTTAAATTTGTGGATTTTTATCTTAAATGTGACTGATCTAATAGTCTTTGTTGATTTTTGGCCTCATGTACAGTGAAGCACTGCAAAGTTTGGAATAATTAAGAATTTTTTCAATGTTTAAACTAAATATTTTACTGCTCGTTTACTGCACAAAATATTTTACTACCCAAGTATGGATTTATATCATATAAAACAGTGTTTCTCAACCACATTCCTGGAGGAACACCAGCTCTGCACATTGTCCATGTCTCCTTAACCAAACACACCTGATTCAGATCATCAGCTGAAAAACCTGGGTGTGTTAAAGGAGACATCCAAAACATGCAGTGTTGGTGGCCCTCCAGGAACGTGGTTGAGAAACACTGATTTAAAATATGTTAAACAATAATATTGTGATATAATATTACAGTTTAAAATAACTGTTTTCTTTGTCAATGAGTTTGTAATTAATTTCTGAGAGACAAAGCTGAATTTTCAGCATCATTACTCCAGTCTTCAGTGACACATGGTCTTTCAGAAATCATTAAAATTAAGATTTTATTAATGGTTTCATTTCATTATTATAGGTAATTAAGAAGGGTTTATTACTGATTAACAATGTGCTGACAATGATTTTTTTTTTGTTTAATAAACTGATGCCCTCGGTTTATTTGATTATAAATTGAAATGGATCCACCATTTATTCAAAACCGAAACATTTGGTAATTATACTTATGATTTGCTGAAATAAAAATAAAAAATGTTATAGTCAGAGGTCCAGCTCTCTTCTGGCCAATAAAATAATGCATTTAATTATGTTTTGTGGCTTTATAGCAGAAATTTTAGGGCCCTATAAATTGTCAGTCACATTACAATATGGTTTATTTAGTTAATGCATAGTCAGAATTATTAGTCCCCCTTTGATTTTGTTTAAAATATTTCCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAAATTTTCACAGTATGCCTGATAATATTTTTTCTTCTGAAGAAAGTCTTATTTATTTCATTTCGGCTAGAATTTTTAATATCGGATAGAGTTTTTAATTTTTTAAATGCCATTTTAAGGTCAATATTATTAGCCATATAGCTTAAATTTTTTTCGATAGTCTACAGAACAAACCATCATTATACAATATCTTGCCTAATTACTCAAACCTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGTCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGTAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAGATGAGTTATTAAAACTATAATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAAATATTCTCTCCGTTAAACAGAAATTGGGGGGGGGGAATAAACTAATAATTAAGGTGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTAATTATAAACAATCGTTTTACAGCATTTATTAATCATAGTTCAACATTTACTGCATTAAATGTATTAACATCCAAATTCATGCTTGAAAACATGAACAAATACTGTAATAAATGTATTCTTCATTGTTTGTTAATGTTAGTAAATCTATTAGCTAACATTGACTAATTCAACCTCATTGTAAAGTGTTACCAAATTGTCATAATATTTATTCATAGAAAGACTTATTCTGATCCCAATTATTCCAAACGTTAAATCTTTGGTGCTTTTAACCTAAAACATTTTTTTTTCTCTGTCCTTGTTTCTCATCAG
Seq C2 exon
GATAAAAAACTGATTAAAACACTGTTCGACGTTCTGGCTCACCCTCACAATTACTACAAGTACTCGACTCGAGACTCCACGGAGATGCTCCCGCGCTCCTTCATTCGCCTCATCCACAGCAAAGTCTCGGCCTTCCTACGTCCGTACAATTAATCCAAAAAGACCACCATCCACCTCCACACAGGCCTCGAGTCAATGGGATCCACACACACAAACACACACATTTTCAACACCACACACACTATGCAGAGTTCAGATGCTTCACCATGCCGTTTCCTTTCTTTTTTCTTGTCAGTCATCTCTGAAAGGGAGAAAAGCTTCAGTGTAGTTTGTATGTAGCGCAGTCGTATCGAGCCAATGAACATGTTTCTTTTTCTCCTCGTGTTCGGTGTTGTTTCGATGTTTTTGTTCGCTCGTACGGACGTTTGCACGATCAGTCCCGCCGTTATGAGCGACGTGCGCGTTTAAACGCACACATAAAGAGTGTGTTGTACAGACAAAAGGAAGCCGTAGCATGTCAAAGACGAGAAAAAAAAACCCCAACTGGAGCTAGCTGTGATCGTGCTTCAAGAGTAGACTTCCTTTTTATTTCCCAGCTCTCGTAAACGCTAGTTCTCAAAAAATAAATGTACAATCTTTTGTATATCTGTACTTTTAGTGTGCTTTTGGTGAGATCTAATTCATATCACGACGTTAAAGCATTATATTTGAGCTCCTAGAGCGTCCATGTAATCTCTAAAGGTCATGCTGTTAAAACAGTAATGTTCAGATTGTATTATTGTCAAATGCATATTCGTCTATTTCCTAATATTCAAGTTTTAATTTAACGAGGCTTAGAAGACGTGCGTTATATTGCAAAAGCTCGGATGGTGAAAAAGGTTGGAAGCCAGTGGATTGTTTAATTTTTTTTGTGCGGGACATGCAATTGCTGCTTCTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011490:ENSDART00000102879:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]