DreINT0171865 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000033327 | unc5b
Description
unc-5 homolog B (C. elegans) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041213-1]
Coordinates
chr13:29073714-29078480:+
Coord C1 exon
chr13:29073714-29073746
Coord A exon
chr13:29073747-29078285
Coord C2 exon
chr13:29078286-29078480
Length
4539 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATCGTAAGT
5' ss Score
10.44
3' ss Seq
TGTGTGTGTGTGTTTCTCAGCTC
3' ss Score
9.67
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAAAAAGGTTTCTGTTGAACATACAAGCCATC
Seq A exon
GTAAGTTTTCATTTTATTAACAGTGGTTTTTATTAGACACTGTTACCTCCACTTTTCCCTCTATCCCTGTGCTTTTGTCTTCCTATGTGATTATGTCTGGGAAACACAAAGGAATAGTGACTGGAAATCTTAATTTAGAAAATGCACTATATAAATGTTTGTATGGCTCATGTTTCGCTCTTTTATTTCTGTCTATTTCATTTCTGAATATGGCGCATACTTATACTGTATGATATCTAGTTAAAGTCAAAATCATTAGCCCTCTAAAAAAAAATTTCTTTTTCATATATTTCCCAAATGATGTTTAAAAGCGCAAAGGATTTTTCATAGTATTTCCTATAATATTTTTTTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTTATTTGTTTATATGTAAGGTCAATATTAGCCTCCTTAAGCAATATTTTCCTTTTTCGAATTACCTAATCATCCTAACTTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTTGTTAAAATATCTAGTAAAATATTATGTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAAGAAATCAGTTATTAGAAATTAGTTATTAAGACTATTGTGTTCAGAAATGTGTTGAACAAAATTATTTCTGTTAAACTTAAATTGGGGAAAAAATATACAGGGGGGCTAATAATTTAGGAGGGCTGAAAATTCTGACTTAAACTTTAACTACATGAAATTAATTGAAACCATAAAAAGAGGACAACCTCTTAAAGTAAAATAAAAATATAGAAAAATATAAAGATCATAAAATTATCTATTTATAATATAGGTCAGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTATTTGCATGGGTTTCCTCCGTGTGCTCCGGTTTTCCCCACAGTCCAAAGACATGCGATACAGGTGAATTGAATAAGCTAAATTAGCCGTAGTGTATGTGAGTGTGTGCAAGAGTGTGGGGGTGTTTCCCAGTGTTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAACATGTGCTGGATAAGTTGGCAGTTCATTCTGCTGTGGCAACCCCTGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGAATATGTCATTTATTAATTGTTATTTTATTTATAAATTCAATTTTCCACTTCCAATTTATTTACGTATTAGTGTCTATTTTAAAGTCATCTTATGACATTTTTAAATTTTTCATAACTCATTTTAATCAATTAAATACATATACTTGAAATGTGAAATTAAATATTGTGAAAAATATACATCATTTCTAACTGACCACTGTAAACAGGTGGAGATGCGTATTAGATTAGAGCGGGCTGCCCAAACTTTTTCTCATGAAGGGCCAAAATCCAAGCTTGATTGAGAGCTTTGGGCCGAAAGTAAATATAGCAAACCATATTACTGTACATTACAAGTGCCATGGGTAATTTCTTTATACGTTTCATAATAATTAAAAATAAAATAAAAGATTACTTCAACCGTATTTACTAATACATTAAAATTTAAACTTTGCATTTTGCATGCTGATGTCTTCTGATTTGTCCCTTATTCATTAAGTGACTCTATGTACATTTAAAAAAAATCTTTTTCATTTACAACATTCAATTAAAACATTTAATTTCATTTTTGTTTTTCATAGCTAAACAATAAAACCAACAGACAAAAGGTTACATTAAAATAAAACTGAGAATCTCTGTTAAAGGCATTCCCAACCCTTCCCAATCATATTCCCTCTGGTGGCCCAAATTAAAGACTACAAAGGAACAACTTTGGCCCGCGGGCCCTAGTTTGGGCATCTCTGGATTAGAGTCTAAATGTAATTATTTATTTATTTTTATTTAACTGGCTAGGTTTCTATATAGCTTTAGCATTGAACAGTATCACTTGGCTGTCATGGAATATTCTGTGGTCTTGGTCATTAGAATATTCAAAATTTAGTGGCAAATAATCCCAGACTTTTGTCTCACACTCAATAATATTATAAAATATATACAAATTTGTTTTACACTAGCTAATTCTACATTGCTTATATGATTTGTAAATACACATGCTCAGAGGGAAATATGCATACCCATTCCTGGAAGTTGATGGAAAATATATATGCAATCTTGGTTCAGAAATAGAGTGCCTTTTGAAGACGTTGAAGTTAATGAATGTGCATCTTACTGGCCCAGAGCAATCGATCGTGTAGCTTACAGTTCAAGTGATGCTAATTTTCTGAGATCAATGTGACATTCAGTACTTGAGAGACCAAAAAGTAACACACCTAATTCTCCTTGCTTCCGTTTGCTATAATAAGTTAAGACGGCTGTCAGATTCACTTCTTTCCTTTTGCCCACTCCCTCTCTCTCTCTTCACACGCATCTGCTCTCTTCCTCACGTTTTTCTCCTGTGTGTCTCTTGGGTTCTGCACCTGTGTGAGCACCTCTGTCTCTCTCTTCTTTCTTCATAAAGCCTTTTCATAGTGTACCATTGTGTGTAGATATAGTACTTAATACAGTGAGGGCTGATTCTGAATGGGAAAAAAACACAGGGATCAGAAGTCAGAGAGGAAAGTCCTACACTGCACTATTAGATTCACAGCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATGTTGAACAGGACCCAAATGTAACATAAAGTATCCCCTGAAAGTTAACTTAAGGAGAATGTACATTATCCTGCTTATTACACACCTACTGTACTTGCCACATAATTAAATTTTAAAGTCGGCATGAAATCAAAATGTACAATCCTTTTTTTTGCCAGTGCACATTGTTAGTTCTAAGATAAACAGTTAATTTATGCTTTTTAATCCACTTAAAACAATTTGATTTTGTAATCTTTAATCTATATCTAACCATTTGCTTTAGCTCTAGAACGGCAGGCCTTCTCTGATGATGTCCGTTTGACGGCTTGGACAAAATATGGTTAGTCACGCCTCTACAATCGTTAGTTTGCGATGAGTGAAAGATGAGAGGAGGTGTGCAAAAATAAAGCCCCTCCCTGCTACCGAAGTCTCTTTAAGACAGGGGTGTCCGAACTCGGTCCTGGAGGGCTGGTGTCCTGCATAGTTTAGCTTCAACTTTCTTCAACACAGCTCGCTGAATTTTAGGAATCATTAATAAAATCAAACATCTACAGTCTCTTTACTTTCATTTCTAAACATTCCCCTAAAATTTGCAGAAACTCACGTATGGTCCGAGACCCTCCCCCGGAGTATGGTCAGTCTATAGCAATCGATGATTGGCTCCTGTACAGAAAATGCGGGCTTTATTCGCAATATAGCGATCAATGATTGACTCCTGTACTAGTAGGCAGGGCTTTATTCACCATATTGACCGTTACAATGTTCTCCATTTGCAATGATATGAGTGACATGTTTTGTGTATTCAAGTCTGTGTGACATGTCTTGTGTATTCTATAGCTACTCAGTATTTCGTTAAGGAGATAAGTCCACAGCAACTTTAACTTTAACATTAAACTCACTAATGGCCAACTTCCACAATGAAAAAAGAGCTACTAATGAGAGGCTGGATGTACCTAATTCTGCTACTTGTTGTATTATTAAATAATTGTACACAAGATTAGGGATATCTCTATAATCTTTTAAAGGGGTGGTCCACTATGATATCCTATTTTAAACTTTAGTTGATGTGTAATGTAAATGTGTAAACATTAGCAACATCTCTGAATGTAATGTACTCAAAGTTCAATGCAAAGGGAGACATTGGCTTTTACGGAGTTAGCTTAGCAAAGCCTATGGTGAAAGAAGTTTGGGGACTACAAAAAAGTACATCCGGGTTTGTGAGATCACAAGGGCTTCAGGTTATGCACATTCACCACGCACATACACCCCACACAGAAAAGGGACGTGGCCAGAGGCGCTATAATGCTATAGCAGAGAAAGCTAAAATGGCATCCGAACGCTGCTCTTTCCACAGAGCTTCTTCTGTTTCTGTATTTACGCTTCCAAAGGACATGACACAAAGAGAGAAGTGCTTTTAATTTAATTTTAATCATGTTCTAGGGAATTATAAAAATATATAGCTCTAGCATTTGACAAAGGACATCTTCCAGAATCTTTCCCAGTTCAGTGCTGGATTCATCTAAAGCTCCTCAAAGAAGGAGCAGCTCCAACCAAATAAAATATAAAATATAATATCTAAAATCTGAATCTGTGACTGGAAGGGCATAAGCCACGTAAAAACATATGCTAGTAATTGGGTATTGAGTAATTGGTGGTTCATTCCACTGTGGTGACCCCTGATAAATCATGGACAAGCCAAAAGATAGTCAGTGAGTGAGTAAAATCTTTATTCAGAATTAGAATCCTCTTCTCTACTTTTGAGTTCTGAATCCCAAAATGCTAAATCTGTTAAATTCTCTTCTCCTTTTTCAAAGCTTTTATACTTCATTTGATCACAGTTTGTGTTGTGTAATGTAGTCATTGACATCGATGACAGATTAGTATATACGTGTGATTTTGTACCTGTGTGTGTGTGTTTCTCAG
Seq C2 exon
CTCTGGGCTCTGGGACTGGTGTCGCGGTGTACGCAGGGCTCGTGGGAGCTCTGCTTCTCTGTGTGATCCTGGTGTTGTGTGTGGGGATTCTGGTCTATCGCCGGAGCTGTCGCCATCTTCACGGTGAAATCACAGATTCGTCATCAGCCCTCACTGCTGCCTTCCACCCCGGCAACTACAAACCTCCACGACAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000033327:ENSDART00000045951:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.229 A=NA C2=0.171
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]