GgaINT0004592 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007881 | PNPLA6
Description
NA
Coordinates
chrUn_random:60659300-60661606:+
Coord C1 exon
chrUn_random:60659300-60659416
Coord A exon
chrUn_random:60659417-60661457
Coord C2 exon
chrUn_random:60661458-60661606
Length
2041 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGC
5' ss Score
7.16
3' ss Seq
CTCCTTCCCCACCCTTACAGCTG
3' ss Score
10.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGTCTTTGGCGTTACATCCGAGCCAGTGCCTCCTATACCCCCTACCTGCCTCCGCTCTGCGACCCCAAGGACAGCCACTGCCTCGTGGACGGCTGCTATGTTAACAATGTCCCAG
Seq A exon
GTCAGCATCTCCCTCTCCGGGGCCATCGGCCCCCTCCAGAAACGCTCCCTTTTTTTTTCCCTCAAGAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAATCACACATATCCCATTCCAGGTGGAGCTTTGCAAACGGCCCCTCTGCCACCCATGGGTGCCCACTGGACCCCCGTGGGGTGCAGACATCCCTGGGCAAGGGCAGGGGTGAGGGGCAGCCCCCCTGGGGGGCTCATGGCAGGCGCGGGGGCAGCCGTGCTCACTGCATTGTTCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCATGTTTCTTGGTGTCTTTGGCACCAAGTGCTCTTCCGGAGCATCTCCATCCTCCTCACATGCAAGCCAGCTTCCTCCCCACTACATCACCATCTCTTGATGCTCTCAGCTCCAATTGTCCCCTGGGGCACCTCCGTCCTCCTCCCTGTTCAACCCTTCCCCATCCACCTTGCATCGTCTCCTGGTATCCTCAGCACTGGGTATCTTCCTGGGGTTCCTCCACATTTACAGACACCGCAGCTTGCCTGCTTCCTTCCATCACCCCTACACGTGCATCGCTGCTCTGCTCCCCACCAGCACGTTGTGCCCTCAAATCCAATGCCCGTGGGACACTGTTTGTCCCCCCACTGGCCCCGGCATGACTTTGCTGTCTGGCCCATGGTTGGGAATGGTCCTTTGCCCTGCTCCGCTTCTGCCACCGCTTCTCATGGGGGAAACCGTGGAGCTGCCGACCCATCTTCCTCCTTCCCCACCCTTACAG
Seq C2 exon
CTGACATCGCCCGCAACATGGGTGCCAAGACGGTGATTGCCATCGACGTGGGCAGCCAGGACGAGACGGACCTGTGCAACTACGGGGACAGCCTGTCGGGCTGGTGGCTGCTCTGGAAGCGCCTCAACCCTTGGGCTGAAAAAGTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007881:ENSGALT00000012800:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0173417=Patatin=FE(23.4=100)
A:
NA
C2:
PF0173417=Patatin=PD(2.4=8.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]