GgaINT0099335 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000013568 | NR4A3
Description
nuclear receptor subfamily 4, group A, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7982]
Coordinates
chr2:89372989-89382782:-
Coord C1 exon
chr2:89382604-89382782
Coord A exon
chr2:89373252-89382603
Coord C2 exon
chr2:89372989-89373251
Length
9352 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
CTCGTGCCCTCACTTTGCAGAAC
3' ss Score
11.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTGATACTGCTGAGGATAAGTTTGTATTCTGCAATGGACTTGTGCTTCATAGACTTCAGTGCCTTCGTGGATTTGGGGAGTGGCTCGACTCTATTAAAGACTTTTCCTTAAACTTAAAGAGCCTTAACCTTGATATCCCAGCCTTAGCAAGTTTATCAGCTCTAACTATGATTACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000013568:ENSGALT00000022087:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=FE(31.7=100),PF150191=C9orf72-like=PU(17.0=27.9)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PD(36.5=78.4),PF150191=C9orf72-like=PD(82.0=93.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]