HsaINT0023597 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000154479 | CCDC173
Description
coiled-coil domain containing 173 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25064]
Coordinates
chr2:169662280-169674769:-
Coord C1 exon
chr2:169674576-169674769
Coord A exon
chr2:169662437-169674575
Coord C2 exon
chr2:169662280-169662436
Length
12139 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTATGT
5' ss Score
6.05
3' ss Seq
TAATTATGTTTTTGCTTTAGAAT
3' ss Score
8.76
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AATAAAGGAACATGAGGAAGAAGAGGAAAGAAGGAAAAAATATGAAGAAAAAGATGCTGAGGAAATAAAGCGACAGAATGCATTATATGAAATTGAAATGAGAAAAAAACTAGAAAAGAAAAGAGAAGAGATGCATGAAAGCAGGAGACGGTTTCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154479:ENST00000447353:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.258 A=NA C2=0.535
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138681=Trichoplein=FE(19.0=100)
A:
NA
C2:
PF138681=Trichoplein=FE(15.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development