HsaINT0067750 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000136895 | GARNL3
Description
GTPase activating Rap/RanGAP domain-like 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:25425]
Coordinates
chr9:130026756-130053521:+
Coord C1 exon
chr9:130026756-130027300
Coord A exon
chr9:130027301-130053446
Coord C2 exon
chr9:130053447-130053521
Length
26146 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
GAATGCTTTTTCCCCCCTAGCTT
3' ss Score
7.76
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTTACTTAAAATATAGCATTAAATAATGCTGGTTATTTTTATGTTGCATATTTGGGACAAAGAGCTCTCTTAAATGAAAGATAATTGCAAGATCCGGTTCAGCAGCTTTGTCCCTTGCCTCAAGTTTACTGCAGGGCTTCTCTCCTCTCTGGTTATACAGAAATGAAATTATAAACCACCAGTAACCTTGGAAATTTCAATCGATTCCAAATGACTAAATATTTAATTGAATCATTGCCTATACTTCCAGGGATGACTCTGGCGTTTGCTTTTTATTGAGGGCTCCATGAAAGCCAGGCTCTGCAATGGCTGCTGGGGACTGTGTCTGTTGCAAGGAGGCTCCCCTGCAGTGAGGAGCCGGGGCACTGCAAGTCTGTTCCATAGCAGCCCTTTTTGCAAATGGTAGTTGATTTTTGCAGAAGGTTTGTGGCCAGATCGCTATGTATAATACTGATGAAGCATTTTTGTTCCAGCTCTGTCTCGGAAGACCTAGGCTGTAGACGTGGGGATTTCAGTAGGAAACATTATGGATCTGTGGAGCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTATTTCCAGTGATGCTGATGGAGCCATCCAAAGGGCTGGAAGATTCAGAGTGGAAAATGGCTCTTCAGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136895-GARNL3:NM_032293:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.229
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)