RnoINT0064010 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000057044 | Garnl3
Description
GTPase activating Rap/RanGAP domain-like 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1564019]
Coordinates
chr3:12115159-12136964:-
Coord C1 exon
chr3:12136894-12136964
Coord A exon
chr3:12115234-12136893
Coord C2 exon
chr3:12115159-12115233
Length
21660 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
GAATGTTCTTTTCCTCCTAGCTC
3' ss Score
6.74
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTGTGCTCAGAAGACCTAGGCTGTAGACGTGGGGATTTCAGTAGGAAACATTATGGATCTGTGGAGCTG
Seq A exon
GTAAGTTAATGCTGCCTGTTCAGTAGTGGTACTGATTCAGACCGAGGGATTGCCAACCCCTTTGCTGTGCATCTCCTATGAGACTGTGTCCGGTGCAAGGTTCCATTCGAGTCAGTGATGGCTGAGAGGTTATGGGCATTTTGTCACCTCCAGTCCTCTTCATTGCCAATACTTTTAATCTCATGCCGGTTGTTAAACACATGTGGTGGTTCGGTATTCTTCCCTATTAAGCAGAGCATAGAATTAAGTGGTTTGTAAATGAAGAGAGCTGGCATTTCATTTTTATATTATCTTGTTCCTGAAAGTTTATAGATCTAGTTTTAAAACATTCGGGGTCTATCTTTGCTTCCTGGGTATGGGACAGGAGTTGGCACACGTGAGGTATTTCCCGTTATAAGCCTATTCGCTGTATCAGGTCAGTAACTGTGACAGATGATAAATGTCTAAAATGAAAATATCTAATTTTTTATAACAAGAGACATTAGAGTTGGTGATATGATTTTTAGAGTGTGTATTCCTCATGAAAGAGGGGAATAAAATGAAAGCATTGATGAACTCAGTTTTTAAGACAGGATTGTGATTTAGTTTTCCAATTGCGTTGGGATCTGAACCAATTTCAAAATGTGCTTATAAACGGAACTAGCTATTGCTGGTCACTAACTCTACTATTGTGTTGACTAAAAATGAGTTGCTTCTGTCTATTGGCTTAGCAGCCAGGTTCCCACTGTTAATGCGAGCTGAACCTTTACACGCCTTAACTAGGAGAACAGTTTTCAAGAGTGCTAGCAGCCCTCTGATGCTAAGCGTGTCCAGCAGACTGGACTGTGCTCCTGGCCCAGGGCTCAGCATATTGCAAGTATAAAATACATGGAGGGCTTGGCCCCTTTTCTCAGGGGCTTCCGTCCTTTAGCTGAGCAGACTCGATGCATCATCTCAACAATGAGTATAGCCACATCCACGATATGTCAGTTGATTCGGTGCCTGTTCCATCACTGTTAACCCCTTACACACTGCCTCTCCTCAAGGAGCCTGAGCAAGAGTATAATTCAGAGTAGGAAGGCTAAATAGAGAGAGATACAGAGGTGACATGATAGGAGCATGAAGGGAGGGAACCACCCACCCTACAAGGGAACTTGAGGGAGGCGACTTAGAAGGCCTCATGAAGGACGGAAAATGGTAGGATATGGGAGGGTGGTAATGAATAGATAGCAGACATGCGTGGCAATGCTGTCCCATGAGAGCAGTGAGCAAATGGCCCTGCCTGGCAGAGGTGAGGCTGCAGGAAGTGGTGGTGACACACTGAGCAGGCTTTGGTCCACGTCTCCACGCCTCCACGCCTCCACAGACCTCACCAGTCATCAGTAAAGTGACTTCTCGGTGTGTGCTCTGAAATCTTTCTTGTTTCATCATCTGCTACTCACATGATCTTGAGCATCTCTTGTCCTCAGTTTTCTCATCCACAAAATAGGGCTAGGAACATTTTCTCCTCAGCCCTTGGCGGATTCCACGTTAACCTGCCACAGTAGCGATGCTGAAATTCAGTAGCAGAGGTAGACCTTCCATAGTCAGATGAAGACCAGACTGGGTCCGAGAAGTGTCCAGAGCCCTTGTGCACACACAGTGAGGGTGGTGCTTAGGGATATACCATGGGTGTGAGGGATGAACTCTGGAGACGTGTGCATAGCACAGACAACAGAATGCTCCTTGAGAGCCGCAGATGAGCTAAGCAGACATCAGAGTCAGCAGGGAAACTGAGTTACAAACACAGCAGGCCTAGAGCCAACCCACAGTCTGAATTTCTGACAAGTCCCCAGACTGCCATTGATGTCGCCGGGCCCAGGACCACACCTGAAGAGCCAGCATCCACAGCTAACAGGCTGGTGACGCCGATGGACAGAAAGCTCCTCTTCCGTTTGTTCATGATTTCCCTCGGAGCTGTGTGTGTATGTGTGTGCCCTCTACAAATATTATAAAATGACATTTAGCCCTCTACAAATATTATAAAATGACATTTAAATAGGGTTGAGAGATGGCTCGGCAGTTAAGAGTATTTGCTATGATTCCGAAGGACCCAGTTTTAAGTTCCAGTACCCATATGGTGGCTCACAGTCGACTGTAACTCTTGCTTCAGGGGCTCTGACTCCTCTGCTGACCTCCACAGCCACAGCCATACATACAGACAAAACAGTCACACATAAAAATAAGTAAATAAATATTTAATTAACATTTAAATATTTTAGAATTCAGTGGACAGTCTTGTTACCTTGTAGCAAGTGTTTCCATTTCTCTTCAGCCCCTCTGCTCTTTAATGCCATACATTTTACTTTTCCAAGTTATAATAAAATCATCCACTGAATTTTGCATTATCCTTTTTCCTATTTAATTGTTTTGTCAGTAACTTCTTTGTGTGTCATCTGCAGAGTCACCATTTTGATTTGGATGTGGCAGTCCAATTGAATGGTGAACCATTCTGTGTGTAACAGTTTCCTTCCTTTTATAAAATGATTGTGCTGGTTTTTCCACATCAGAAACCACATCCACACTGATGGTTAGAACGACCGAGAAAGATGGGATGAACAGAAGTCCAGCTTCGGGGCCTAAGAATTGTGCCTCAGATATACTGCAGTTGGTATCTGTGGGTGGGTTGGCTCCAGGTCTCTCTTGGATATTAAAATCCAAGGCTGTTAAAGCCCCTTGCATAAAGAGCATCTTTGCATATATCTGATGCATACTCTCCATGTTCTAAGTCACCCCTGGGTACTCACGATGCCTATACGATGTAAATGCCACAGAGCCAGCAGTTACTGTAAGTTAGAGGAAAACAAAACAACCCACACATGTTCATAAAAGACAGTCTCCTCCTAATATTTTCCATGCGGTTGGCTGGACCCCCTGATGTGAAATGTCCATGTTGATGACCTACTGTGTGGTTAAAAAGAATCTGATATGTATGTTCTCTGTTCATCAGGAAATGAGTCTGGGTTTTCTTAACCTGGCATGAAGAAGACTGTTGGGAACCACAGAACTCAGACTTGAGAGAACAGTGCCAGGAAAAGTTTAGCATAAATGTTGCCTTTAAAAAACATAGCTATAGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGCAAGCGCAAGGCCCTGGGTTCTGTCCCCAGCTCCAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAAAAACAGCTATAGAAATCTTTGGGCAGAATTAAGCATGGCCATTCACCTTGGTAATGAGAGTAGACTTAGGACTTCATTCCACAGGTGTTGGTTGGCCATAAATGTCATGAAAAGCCCAGATCTCTGTAGACTCAGGACAGGGTTCTTTAGACTTCTCTCCTTTTTTGAAGACTTACCATGTGGTGGGCACCATGCTGGGTTCTCAGTGGCAGTGGAGAGATAAGTCAGTCTGTCAGCTGTCAGTGGTCTAGCTTCAGAAAGCAGCTGCCTCTCTGTCCCTAGCCTGCAAACCACCTGGATCTCAGCCGTGCCCCTTGCGGTACCCAGAGCTGTTTCCTTTCAAGAAGCATGCGGGCTGAGCCTTAGGCATTCAGTCTGCCTCTACTATGGAGTAACTTGCCGGATGTGTTTGAGCAAGTCTCATTGGAAAAAACGCACGGAATGCCTCGTCCTCTCCTCTCCTTGTCTGTCCCAGTCTTCTCTCTGCAAACCAGCCGCCTCTGTTGCACATCACCTGTCTGGTCCCCTTTCTTTTAAGGGTTTTATAGTTACATATCCTTGATTCATTCGAGTTCGCTTCTACAGATGTGTGAATGGAGAGCTTCCTCCACCTCCCCACCCCGCTCTTTTACACTTGTGTACTGGACTTTCCCAGCACCATTTGCTGGACTGTCCATTCCTCGAGTTTCTACCTCATTGGTACCACTACACGCCCGTCTTCCAGCAGAGCGATAGTCCAAAATGCTGCGAATGTGCGATCCTTTCCCCCTTGATTGCCCTTGTGGTCATTTTGGCCCTTATCATCTTTGTGACCCTTGTGACCCTTACTCCATCTCGCCCTTTCTAGTCTCCTGCCTCTTACTCGCCATGCTTTGACTTCTGACCTCACTGGTTTCTAGAGCAGCCTCAGTTTACCATGCGCCAAAGCCTCTGCACTTGCTTTCTGCAAGGATTCTCTGTGCTTCTCATGCCTGAGCTTGATGCCACCTCCCAAGGCTCAGCCCTCCCAGTCCACCCACCCCCGCTGCCCCTTAACTGGACAGCAGTTGACTTACCCACTACTCTCACATCCATTGCAGTGAGGGAGGATCCATGTCTGTCTTCTTCACTGTTGTATCTCTAGAACCTGACACTAGATTGGTCAAATTTTCATGATTTTGTATTATTCAATTTGGTATTAATTTCCCAATCCCCCTGGATCATAGGTTCCAACTCTTAGTTCCTATCATAATCTCTTCATTTCTTGAATTTCAGATTTCAAATAGAAAATTATAGATCCATTCCTCTTAGATCAGGTATGTATCACAGCAATGGGGTCATTTGATACAAATGAGCCTCTAGAAAGCCTCCCTCAATAGTTTGTGGAGAGGGCAGACACTCTCTGAGGAGGAGGCCAGCTTAAACATGAGTGGTGTCGTGTTATGGAGGGAGCTCAGCAGGGAGAGTGCTTGCAGCTAAGAATTTGAGTTCAGATCCTTCGCACCTCAGAGTGCGTGGCAGCACACGCTTGTTGACCTTAGCCCGGGAAACAGCTGCAGGTGGGACCTGAGGGACCACTAGCCAGCCAGTCGAGCCCATCGATGATCCAGATTCGATGAGACCCCATCTCAGTAATCAGGTGGTGAGGAACAGAGGAAGACACCAAAGACCACCTCTGGCCTCTATGCATGCACACATGGGCCATACACACACACACACACACACACACAATGGATTCACAACATTCTCTCATGCAATGGATTGTTTAAAAGCATCTCATGAAACTCTTCTGCTAGTGAACTCTTAGCCCTGCCTCTTTCATTGGTCCC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Seq C2 exon
CTCATCTCTAGTGATGCAGATGGAGCCATCCAAAGAGCAGGAAGATTCCGAGTGGAAAATGGCTCTACAGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000057044:ENSRNOT00000082696:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.320
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]