MmuINT0067606 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038860 | Garnl3
Description
GTPase activating RANGAP domain-like 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2139309]
Coordinates
chr2:32919524-32941464:-
Coord C1 exon
chr2:32941395-32941464
Coord A exon
chr2:32919599-32941394
Coord C2 exon
chr2:32919524-32919598
Length
21796 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TACATGTTTTTCCCCCCCAGCTC
3' ss Score
9.23
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTGTCTCAGAAGACCTAGGCTGTAGACGTGGGGATTTCAGTAGGAAGCATTATGGATCTGTGGAGCTG
Seq A exon
GTAAGTCAATGCTGCCTGTTCAGTAGTGGTCACTGGTTCAGACTTAGAGGCCATTGCCAAGCTTAGCAAGCCTTTGTTGTATATTTCCTAAAAGACTCTGCGGTGTTGAGGTTTAATTTAAGTCAGTGATGCTGAAAGGTTATGGTCATTTGGTCACCTTTATTTCTTTACATTGCCATTGCTTTTAATCTCGTGTCTTTCAGTTTGTTAAAAATATGTTGTGCCTTGGTATTTTTCTCTATTAACCAGTGCATAGAATGAAATAATTTGTAAATGAAGAAAGGTAGCATTTCATGTTTATGTTATCTTGTTCCTGAAAGTTTACAGAAAGTGTAATGACTGTTGACATTCTGATTCTATCTTTGCTTTCTGGGTGTGGGACAGGAGTTAGAACATGTGAGGTATATTCCTATTATAAGCCTATTAGTTGGACCAGATCAGTAACTGTGACAGATGATAAATGTCTAAAATAAAAATATCTAATTTTTTATAACATGAGACATTAGAGTTTGTGATAATGATTTTTAGAGTATATATTCCTCATGAAAGAGGGGAAATAAAATGAAAGCATTGATAGACTCAGGGGTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTAGCCTTGAACTCAGAAATTTGCCTGTCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACACCCGACTTAGACTCAGGTTTTATGATAGGATTGTGATTTGGTTTTCCAATTGCATGGGATCTGAACCAATTTCAGAAATTGTGCTTATAAGCTGCACTAGTTATTATTGGTCATTAACTCCATTATTCTGTTGATTAAAGATGAGTTGTTTCTGTCCACTTGCTTAGTAGCCAGGTTCCCACTGTTGATACAAGCTGCACCTTTACAGCTTTAGCAGGAGAGCAGCTGTACCTGAGTGGAGTGCTAGTGGCCCTCTGTTTGACTGGACTCTGTGCCTGACCCAGGGCTAAAGCATCTTGCAAGTATAAAATAAGTGAAGGGTTTGGTCCCTATTCTTAGGGGTTTCCTGTCCTTCAGCTGAGCAGATTCGACGCATCATCTAAAGATTGAGTATAGCCACATCAAAGATCCATCAGTTGATTTAGTGCCTGTTCTGTAAGTTATTGTTAACCCTGTATGCACTAACTCAGACTACTGCCTCTCCTCAAGGAGCCCGGGCAAGAGTATAATTCAGAGTAGGAAGGCAAGTAGAGATACAGAGGTAATATGGAGCTAAAGAAAGGGAGGGAGCCACCCACCCTACAAGGGAACTTCAGGGAGGTCATTGGAAGGCCTCCTGAAGGACGAAGGACGGTAAGATATGAGAGGGCAGCAAATGATAGATAGCATAGCAGACATGATGTTCCATGAGAGCAGTGAACAAATGGCCCTGCCTGGGAGAGGTAAGGCCACAGGAAGTAGTGGTGACTCAGCGAGCAGGCTTTGGTTCATCTCTCCACAACTCCACAGTCCTCTGTCACCAGTCATCAGTAAAGTGGCATGACTTCTCAATGTGTGCTCTGAAGTCTTGCTTATTTCATCACTTGCTACTGACAGGATCTTGAACATCTCTTGTCCTCAGTTTTCTCATCCACAGAATAGGGATATTAATATTTTCTCCTATAGCTTTGCCATGAGGATGAGATAAAACAATGGCACCCAGCCCTTAGCACATCCCATGTTAAATTAACCTCATACAGTAGTGAAGCTGAAATTCAGTAGTAGAGGTAGAACGTCCATAGTCAGATGAAGACCAGACTGGGTCCAAGAAGTGGTCCTGAGCCCTCGTGCACAGTGAGGGTGGTGCTTAGGGACATACCATGGGTGTGATGGATGAACTCTGCAGACATGTGCAAAGCACAGAATACCAGAATGGTCTTTGAGAGCCGCAGATGAGCTGAGCAGACTTCAGAGTCAGCAGGAAAACTGAATTACAAACGCAACAGGTCTAGCATTGACCCACAGTCTGAGTTTCTGGCAAGTTCCCAGACTGCCTTTGATGCTGTGGGCCCCAGGGCCACACGTGGAGAGCCGCCCACCTTTCACAGCTGCGGAGTCACCCGTCATCCCTGACTGGATGGGTGCTGATGGACAGAAAGCTCCTCATCCACTTGTCCATGACTTTCCTCTGGACCTGTGTGTGTGTCCTCTACAGACACTATAACACTTAAGCAGGGCTGAGAGGTGGCTCAGCAATTAAGAGTATTTCCTAGTATTAGGATCCAGATTTAAGTTCCAGTACCCATATGGTGGCTCACAGTCCACTGTAACTCTTGCTTCAGGGGATCTGACTCCCTCTGCTGACCTCCACAGACACAGCCATACATACAGACAAAACAGTCACACACATAAAAAGAAATAAATATTTTAATTAACATTTAAATATATTTTGAAATTCAGTGGATAGTCTCATTACCTTGTAGCAAGTGTTTTCATTTCTCTTCAGCCCCTCTGCTCTTTAAAGCTATACATTTTACTCTTACAAATTTTGCATTACCCTTTTCCCACTTAACTGTTTTGTAAGTATCTTCTTAGCATGTCATCTTCAGAGTCACCATTTTGATTTGAATGTGGCCATCCAACTTAATTACACTGTGCCTAGTTTTTCCATACCAGAAAGGACATCCACACTGATGGTTGGAATGACTGAGAAAGGTGGAATGAACAGAAATCCACCTTCAGGACTTACGAAGCGTGCCTCAGGGTAATACAGTGCAGTTGGCATCCATCAATGATTGGCACCAGGTCTCCACTGGATACTAAACTCCAAGGCTGTTAAAGCCCCTTACATAAAGTAGCATCTCTGCATATATCTGCCACCTACCCTCCATATACTAAGTCACCCCCAGGTACTTATAATGCCTAGTACAGTGTAAATACCATAGAACCAGCAGTTTGTATGTTAGAAGAAAACATGAAAACAGTTCACATGTGTTCATAAAAGACAGTTTTCCCCTAATATTTTCCATGCAGTTGGCTAGAGCTCCTGATGTGAAATGACCAAGTGTGATGACCTACTGTGTGGTTAAAAAAAAAAAAACCTGATATGTTCTGTGTTCATCAGGAAATGAGTCTAATTTTTCTAAACCTGGGATGAGGAAGACTGTTGGGAGCCACAGAACTCAGGTTTCAGAGAAGAGTGCCAGGAAGAAATTAGCATAAATGCTGCCTTTAAAAACATAGCTATAGAAGTCGTCGGGCAGAGGGAAGCATGGCCATTCACCTCAGTAATGGGAGTAGACTTAGAACTTCATTCCACAGGTGTCGTTGGCCATAAATTTCCTAAAAAGTCCAGATCTCTGTAGCCTCGGGGGCAGGGTTCTTTAGCCTTCTCTCTGGTTTTGGAAGACCTACCATGTAGCAGGTACCATGTTGGGTTCTCAGGGGGAGTGGAGAGAGAAGTCAGTCTGTCAGCTGTCCGTGGTCTAGCTTCAGGAGGTAGCTGCCTCTCTGTGTCCTGTCCCCAGCCTGCAAACCACCTGGATCTCAGCGGTGCCCTCTATGGTACCCAGAGCTTGTTTCCCTCCAAGAATCATGTGGGTTGAGCTGCAGGCATTCAGTCCGGCTCCACTATGGAGTAACTTGCAGGATGTGTCTGGGCAAGTCTCACTGGAAAAAAGCACGGAATACACACAGCTGGGCCTCCAAGGACCGGAGCGCTGTTTCTCCTCAGGCCTCATCCTCCCCTCTCCTTTTCTGCCCCACTCTTCTCTCTCCAAACCAGCCACCTTTGTTGCACATCACCTCTCCAGTCCCCTTTCTTTTAAGAGTTTTATAGTTACACATCCTTGATTCATTTGAGTTAGCTTCTATATACGTGTGTGTGAGTGGAGAGCTTTTTTTTTTCTCTTTTACATGTGTGTCCTGGGCTTTCCCAGCACCATTTGATGAAGACTGTCCTTTCCTCCCTTGATAGGTCAGAGTACCCTTCAGAAGCATCATTTGGCCATGTATGTGAGTTGATGTGGGGGCTTTCTCTTCTACCCTATCTTCAGCAGAGTGGTGGTGTAAAATGTTGTGAATGTGCAGTCCTTTCCTTCTTGATTGCCCTTGCGGTTCATTTTGGACTGTTGATTCTTATCATCCTTATGACCCTGTGACCCTTACTCTATTCTCTCTTTCTAGTCTCCTGCTTCTTACCCGCATGCTTTGACTTCTGACCTCACTGGTCTCTAGAACAGCCTCAGCTTTTCCATGCTCCAGAGCCTCTGAACTTGCCTTGTGCAAGGACTTCCCTAGTGCTTCTCATGGCCTCAGCTTAGTACCACCTTCCCAAGCTCACCTCTCCCAATCCACACCAACACCCGCAGTTCCTTAACTGGGCAGCAGTTGACTTACCCACTGCTTGCATCCATTACAAGTGAGAGAGGATCAAGTCTGTCTTCTTTGCTATTATATTTCTAGAGCCTGACACTAGATGGTATATACTAATTTTTCATAATATTTTTATTATTCAACTTGGTGTTATTTTCCCAATCTCCTTGGATCACATAGGTTCTAACTCTTAATTCCCACCATAGTCTCTTCATTTCTTGAATTTGGGTTTCAAATTTCAAATAGAAAATTATAGATTCATTCCTCTTAGATTGAGTATATATGAGGGTAGTGGGATCATTTGATACAAGTGAGCCTCTAGAACCACTCCCTCAACAGAGTTTGTGGAGAGGGCAGGCAGTCTCCGAGGAGGCCAGCTTACACAAGAGTAGTAGTGGGCTGCGGAGGGAGCTGAGCAGGGAGAGACTTGCACTTAAGCATCCGAGTTTAGATCCTTTGCACTTCACAACAGATGTGGCAGCACACACTGTTAACCTTTGCCCTGGGAAACAGCTACAGGTGGGGCCTGAGGGCTCACTAGCCAGCCAGCTTAGCCAATTGATGAAACAGATGCAGTGAGACCCCCATCTCAAAAAATCAGGTGGTAAGAAGTACG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Seq C2 exon
CTCATCTCTAGTGATGCCGATGGAGCCATCCAAAGGGCAGGAAGATTCCGAGTGGAGAATGGCTCTACAGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038860-Garnl3:NM_178888:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.019 A=NA C2=0.326
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: