HsaINT0145992 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000169432 | SCN9A
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10597]
Coordinates
chr2:166294599-166303302:-
Coord C1 exon
chr2:166303090-166303302
Coord A exon
chr2:166294663-166303089
Coord C2 exon
chr2:166294599-166294662
Length
8427 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGA
5' ss Score
6.42
3' ss Seq
TTCAAATTCTTCTTCAACAGAAT
3' ss Score
7.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTGAAGACAATTGTAGGGGCTTTGATCCAGTCAGTGAAGAAGCTTTCTGATGTCATGATCCTGACTGTGTTCTGTCTGAGTGTGTTTGCACTAATTGGACTACAGCTGTTCATGGGAAACCTGAAGCATAAATGTTTTCGAAATTCACTTGAAAATAATGAAACATTAGAAAGCATAATGAATACCCTAGAGAGTGAAGAAGACTTTAGAA
Seq A exon
GTAAGAATGTCCTTGCATTTGTTATTAGGTTGAAATAATGCTAAAAACATTGCTCTCTTTTAATAATGAAATGTTGCTTTCATTTTAATCATTTCAAAGCTATTCAAATATATAGAAAGCTGCTACAGTGTGAATTTGGGTCATGTTATATATGATTTTCATAAATCATCCTGGTTCTAAGCTATCTAGCAGTACTGGCAAAAGGAACACAGGATAGTTCCATAATTCCTAATTTCTATATCATAAAAAAGAATTATTTTCTCTAGAGAAATAAATGTAGCCTTGAATTAATAACATTAACCATTACATTTAACAATATAATAGATTATATATTTTATATAATTTTATTATATAGTACATACTTATATTTATTATATATAATGTGACATATTTATTATGATAGATTTTTATACTTAATAGATTGTACTCATAACTATAACATCTTAAAGTTCTATTAATCATATATAATGATAATATTAATTATCAAATATAAAGATAGTATCTGTATCTTGATAGTATTCCTAAAGATTTGTACAAAGCAAAATCATTTGCTCAGCTTTATCAACATCCACTTTGTAACCAATGACGAGTTTCATAGCTGTTTTTAATGGCTTCCTTCAATATAGGCTGATGGCAAGATATCAAAGTTTAGTTCAGTAGAATTATTTCTGTAGGTACCACATGAGATCATCTGTATGCACTCTCAGAAGTCTGCTTAATTCAGAAGTATCAATTAGAGTTTCTTACATAAAGCATGAATTGAATGTTCTCTAAACAATTATCCCCTAGCATGGTGTCTCTCACTGGAACGGTTGATGAATATTGGATGAAGATATGATCAAGATTGTACTTTCTGTCTGACACCTGGAATGTATCTATCTGATGGTGCCCACGTGAATACATAAATCTTAATAGATAATTTGACCCAGGTGTGGTATGGAAGTCACGAAACCTTTCAAATATATGTGCTGTTGCCAAAAGGAAATGAGGGAGGAAAGGTCAGGATTCTCCTTAGATAATAAAAAGTAATATACATCATTTTCTTATTTTACCAAATGTGTCCTTTCTCACTCACTGTGATAAATAAAATCAAATAACACCTAGCCCACATGGTAAAAGACTATAAATAAAATGACAGAAAAAAATAGAAGCCTTAACAAGAAAACTGAAAGTTTTGAAGTAAAATGTTTAGCATATATATTTTTACTACCACCATTTGATGAGGAATTTAGCATATTTTCCCCTTCTTTTTATATTTACCCTCTTTTCCAGTTTCTGATTGTTACAAACATGATTTGAAACTTATTTCCAATGGATGGAGAATTTTATTTCTTAATTTATATGCTGTAAAATTAATATATCTGATGAGTAACTTACATTTAATATTGTAGATTATTTTACCACACTTATTTAAACTTAAGTTTTCTCACTGGGATCTGTCCTTTTATTCTGAGTCTTGCTCCTATTTCTGAGTTTATACTGTGAATGGTTTTCTTAACCTTTGTTAAAAGAAAAATTTTCAACAAATTAAATTTAGCAGCTTATTTCAGCAATGAAATAGTATTTATTGCTGAAATAAGATAATAATAATAATGATTTAGGCAGCACTCAGAACCAAGAGAAGTTCGGAGAGCTCAACTCAGCAACATGAGCAGGAGTATTTATAGACAGAAAAAGGGAGTGACGCACAAAAACAGCTTGATTGCTTATAGCTTGACATTTGCCTTATGTGGACATTGTCTGATAAATCAGCAGGCTGTGGTTGGCTGAAGCTCAGCTGCTGTGATTGGCTGAGACAGCTACTTGTTACAAGAATATACTAATAGATTAGAATGCAATTTGTTTACATATGAAGTTAGATTGCAATTCTCTATGTACACAGACAGCCTTTAATCAAATTTAATTTAATTCATCGCTTTCTGGAATTGCTTCATGTATTTTTTTTTTTTTTTGCTAAAAAATAATACAAAAAAAGAAGAAAAAAAAAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTGGGCGCCTGTAATTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACTCGGGAGGCAGAGGTTGCGGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTGTCTCAAAAATAAATAAATTAATAAATTAATAATAATAATAGAGCCCTTGAGTTATGTGAATTATCTTTATATTATATTTAAACATGAATGCATGACAATTAGCTAATAATGAATCTTATACCACAATCCTGTCTTCCAAATCTGTACATTATTCTTTATTTTCTTCTGAAATGTAGTTTTAGTGAAGAGGTGTTTAAATCAAGTCTGAATTTTGCTTCTGTTTCCTATGTCATAGAAGCCATTTTTGACTGCATAATTGATTCAAACTTTCATTTATTGGTGCGTTTATTACATGGTTTCCCTGAGCTATAGCAATAAATGATAGCCTCAGCCCTTGCTTTCACAGAGCTTATCATCTAGTGGGAATGAAAAAAAATGTTTAAGGGGGAACAGACAAATAAATTAAAAATATCTCAAGTTATAATAAATGCCATGCAAAGGAAGTGAGTCTCAGGTGCTGAGATATCAACTAGATGAGAAGACATCTCTGAGGTGATGGCATTTAAGCTGAGATCTAAAAGATAGTAAGAAGCCATAAAATAGTTTAAGTGTGGGTGTGAGTCTATGTGTGGGGGGTGCTGCTTCAATTAGGAGAAATAGCATGGGCAAAGGTCCTGAATAAAGGGAGGGTATGGGTTTAAAGAATGGAAAAACAGCAGCGTGGTTTGGTAAGAGAAAGGAAGAATGGCAACAGAGAAAGTAGCAGAAAAAATAGGGGTCATATCATGCAGGACATTTCAGCCCATGGGAAGGAGTTTGTATTTTATTTTAAATGCAGTCATTTTTATTGCTGTCTGTCTTGTGCACAACTGATTGAGCAAGGGTAGATGGTAGATGGGAATAAGAAAGGTAAGTTGAAGGTTGCTTCTCTCATCTAGGCAAGAGAAAATAAAGGTTTCATCTAGAGTGATGGCAGAGAAATGAAGAGAAAAAAGATGAGCTCAACATACAAAGTCTGTAGAGCTTGCTGATGGATTAAAGAAGACAGGAAGCATTGAGGATGACTTCTCAGTTTCTGGCTGCAATAACTGGATGGGTGGTGATGGTTAATGAGGAAATGGTGGACACATTTGTAGAGGAAGGTCACTATTAGCTAGCTAAAATTAAAATGAGATGCCTTTGAGATGTCCAGGTGGATATATAATATAGAGAATTGGAGATTTAAGTATAGAAATCAGAGGGCCTGCTGAGTTTGGAGATAAATTCCAGAGCAATCAGCAAAAAGAAAGGACACACACACCTCTACCTCTGAACATCCCTGATATTTTTAAGTAGATAGAGAATGGGAAACCTGGTATTTAAAGCAATCTGGTACCAAGATCTACAACTCTGACATTTAGAATTCAGGTAGAAAAGAGGACCCAGAAAAGAACACAGAGAAAGAGCCGCCAATAAAGTAAGAAGCAAAGATATAAATAATGAAGCCAAGAGAAGAAAACATATTGTAGAAACAGATGTGCTTGTGTAGAATCATGCTGCAAGATCAAGGAGTAAGGATGATGAAGAAAGAAATATGCATTAGGTTAAGTAACAGGGAAGTCATCAGAGAATTTCTTGAGAAAATTTGGGTAAGTGGTAGGGTTCAAGGTAAGAATAAGGTGCATACAGGGGTGAAAAGAAGAGGTCAGAAAGAAGGTAATATGTGTAGACAATTCTCCCAAGAAATTTGGCTATAAAGGGAAGCAGAATAATGGGGCAAATGGCTGGCATTTAAAAAAATATATGGGTTTTTGTATGGATGTTTTGCTAGTGATAATGAATGAGTAGTTATATATGAATCAATTCAGGAGAGAGAGGGAGAAGTCAAGTCCTCGTGAAAGTGAAAGAGTAAAGGGGAGCGACAGCTCCACCGAAACAGGAGGAAAGATAGAAGAGAAGACTGCAGAGTTATCAAAAGATGATTGAGTTCAAACCCAATGGTTTTTATTTCCTCAAAGTATAAGATGGGATCATTGCCTGAGAGTGCAAATGAGGAAGAGAAAATTCTACAGATGATTTGATGAGAATGCATTATATATATGGTCATATCAGGGCATGAGAAATTTAGTGTATTTTGAGTGCAAATTTGATGTTGGAGATTACTTACTTAAAATATAACCATTCACTTGGTTGTGAGAGTTTCTCCACCAACATTCAGCCATTTGGTAGCCAGCATGGAAAAGACAGATGCCAGATTATGTGTAGACTGTGGTTCTGCCAGGTTAGGCACTGATGATAATGAATGCCCATGGATTTAAGCTGTACAAAGAGTGACAAGAACTTGGTTGATAGATCATGAGAAAGTGCTAAGGCAAATGAATTGGCAATATTTAAAAGATCAAGGAATTATAATGGTAAAGGCAATCTACACAGAGAACCTGAGCATAATCTAAAAGCATTTTCTGGTGCCTATAGCAAAGTATTTTCCGAAATGCCTTTCCAAATTCACAATCAAATAAATTAACCCACTGTCTCACCTCCTGCTGAAAAACATACAATTTGTAGATTTCCTTTGGTGTTGCTGTCTACTTTGATGCTCATCAAACACTTTTTTATGCTGCTACAGATGAAAGTGGGGTTCATGTGCACAGTGTGTAGCTAAATGTGCAGTATTATGGAGAAATATACTGTGGTTATATTGGGCTAAAACAGGATATTCTCTTCCTCCTGTTTTTCTAATATTTGACATTTAATAGAGAAAGTTTTGAAAAAACCGCAATATTGGCCTTCACTACTAACAGGAATTTTCCTATCTCCTTCATCTACAGCTGTTTTCTTGTGAGAACTACATTTGCCAGAGTGTAGAGTATCATGTGCAGGCCCTCTGCCCAGTCCTGATCCCCTGCACTAGTTTTCTCA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Seq C2 exon
AATATTTTTATTACTTGGAAGGATCCAAAGATGCTCTCCTTTGTGGTTTCAGCACAGATTCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169432:ENST00000409672:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(28.6=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(8.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development