MmuINT1030768 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000075316 | Scn9a
Description
sodium channel, voltage-gated, type IX, alpha [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107636]
Coordinates
chr2:66550340-66562558:-
Coord C1 exon
chr2:66562346-66562558
Coord A exon
chr2:66550404-66562345
Coord C2 exon
chr2:66550340-66550403
Length
11942 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGA
5' ss Score
6.91
3' ss Seq
TTCAAATTCTTCCTAAACAGGAT
3' ss Score
8.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTAAAAACCATCGTGGGGGCCCTGATCCAATCAGTGAAGAAGCTCTCTGACGTCATGATCCTCACTGTGTTCTGTCTCAGTGTGTTCGCACTAATTGGACTACAACTGTTTATGGGCAACTTGAAGCATAAATGTTTCCGGAAGGACCTTGAGCAGAATGAAACATTAGAAAGCATCATGAGTACTGCTGAGAGTGAAGAAGAATTGAAAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GATATTTTTATTACTTGGAGGGATCCAAAGATGCTCTTCTTTGCGGTTTCAGCACAGATTCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000075316:ENSMUST00000100064:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(28.6=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(8.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types