HsaINT0166149 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000114126 | TFDP2
Description
transcription factor Dp-2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11751]
Coordinates
chr3:141952911-141959840:-
Coord C1 exon
chr3:141959674-141959840
Coord A exon
chr3:141953017-141959673
Coord C2 exon
chr3:141952911-141953016
Length
6657 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
GTTCTCATTTTTTCCTTTAGATA
3' ss Score
10.32
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTGAGTATCTTTTCAATTTTGACAACACCTTTGAGATCCATGATGACATAGAAGTACTAAAGCGGATGGGAATGTCGTTTGGCCTGGAGTCAGGCAAATGCTCTCTGGAGGATCTGAAACTTGCGAAATCCCTGGTGCCAAAGGCTTTAGAAGGTTATATCACAG
Seq A exon
GTATGTTAACTGATGCTTTCATGTGTTGTCCCTGATTAAATGTTGAATCCAAACTTGTTAAAACCTTTCTTATAGAAAATTGCAAAATTTTAGAACATCTGTGCTTGTGTCGACAAACTGAAACCTTTAACACTTTAGGACCATTTTTTCAAAAATTAGATTAAATAGTTTGTTTCATAACATTATGAACTTACATCTATACACCACACATTATATACTATTACATCTAAATTGGCTCACTCAGCACTGAATTTGGCTCTTCAGAGAGATCTTGTAATTCCCAGTACCTAGCTTAGAGCCTAGTTAGAGTAAGCTAGTAAAAGCTCAATGAGGGAGTTTTAAAAAATCTTCTCTTAGTGCCCTGTGGATACTTCAAGGGAAACTTTGGGCAATTTACAAAAGAAAGTAGGTACATCCTGGCCGGGCGCTGCAGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGCCAAGACGGGTGGATCACCTGAGGTCGGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGATGGCACATATCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAATGAGCTGAGATCGCCATTGCACTCTAGCCTGGGCAAGAAGAGTGAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAGGTACATCCTACTTCCCTCTAATGGAAAATTTAGTATATCTATTATCTGCCCATACATAAAAACATTTGATTAATTGAATTCAGAGAGGAGGAGTGGACTGAAAGTTTAAATGTCAGGGGAAAAAAGGGCAGAACGGGGTAAACCTGGATTCACATTTGTGTACGCTGCTCCTCTTTACAGTAAAACTTCTCAAGTTGACCATATTTACTGTTCCTTCTTCCTCTTTCCCCAGTCTTAAATTGTTCTTATTAAATACTGAGTAGATACAAAGGTTGTTTACGTCTGTAGACTCTGAAGGGTCACAGTACAGTAGACCCCCATGAATCCAGCACCCAGCTGAGGAAAGCACATTACTGTTCCAGTCCACTGCATGCCCCTGCCCCAGGCTCTGTGCCCTTTCCCACCCCTCAAATATAACCATTCTCTTACATTTCATTGTCATTCACTTGCATTTCTTTAGAGATAAACCAAAATGGTAAACTGGAAATAATGTATTATTTAGTTTTGCCTACTTCTGGCCTCTATATAAGTGAAGTCATAGTAATATACTCTTTGGTGATTTGATTTTTTTTCACTCGATATTATGTTCTTTAGAGTCATCCATGTGATTTAATATAGATATAATTCATACATTCTTACTCCTGTGTAAAATTCCATTATATGAATACATCACAGCTTATCTGTTTATTTTACTGAAAATAAACTGTTTGTTTCCGATTGCTTGATGTTAAAATACAGTGCTGCTTTGAACATTCCTATACATGTATCCCAGTGACCACATGCAAACGTACAGATTGAACTTGTTAGGTCAGAGTTGGGTACATCTTCAGCTTTACTAGATGATACCAAAAATTTTCAATTTGATTTTACCAAATTACACGTTCCCCAGCAGAGTAGAAGTGTTCTATTTTCCTAATCAGGTGGGTCTGAAATGATACCATTGTAGCTTTTCTAAATTGAGATTGAATTCACATGCCATAAAATACACCATTTAAAAATGTCAGTTCAGTGATGTTTTGGTATATTCACAAGGTTGCTAATCATCACCACTATCTGATTCCAGAATATTTTAATTTAAAAACCCAAAAAGAAACCCAAACCCATTAACAGTCTCTATTCCCCCATTCTCCCTCAGCCCCTGGCAACCACTAATCTACTTTGTGTCACTATGGATTTGCCTATTCTAGAAAGACGCTTTATGTGAATGGAACCCTACAGCATGGGGCATTTTGTGGATAGCTTCTTTCACTTAGTGTAGTGTTTCAAGGTTCGTTCATGTTGTAGCACCATCAGTATTTCATTCCTCTTTATTGCCAAATACTATTCCATTGTATGGATGGACCACATTTTGTTTATCCATTCATCAGTTGGTAGATATTTGGACTGTTTCCACTTTTTGGCTATCTCGAATGATGCTGCTGTTAACATTCTTATAAAAGTTTATGTGTAAACATATGTTTTTATCTCTAAAAACATATACCTACGAGTGAAATTGCTGGGTCATATGGTAACTCTGTGTTTAACATTTTAAGGAAATACCAAACTGTTTTCCAAAGCTCCTGTACCATTTACAGTCCAACCAGTGGATAAGTGTTCCAATTTCTCCACATCCTTACTTACTTATTTAGAGACGGAGTCTCACTCTGTCGCCCAAGCTGGAGTGCGGTGACGTAATTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTTGCCGCTATGCCCGGTTAGTTTTGGTATTTTTAGTAGAGACAGGATTTCACCATGTTGGCCAGGCTGATCTGGAACTCTTGGCCTGAATTCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTATACATGTGAGCCACCGTGCCTGCCCTCCATATCCTTTTCTACACTTGTCACTATACATCTTTTGAATTATAGCCATCCTCACAGAAGTGAAGTGATATCTCGCTGTGATTTTTGTGGGGGGGGTGGGGCAGGGTGGTGGTGGAGGGGAGAGAGTCTTGCTCTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCTGCTCACTGCAGCCTCGAACTCATGGGCTCAAACGATCCACCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACCACAGATGTGTGCCACCATGCCCGGTTAAATCTTTTTTTTTTTTTTGATATGTTTGGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGTCCAGGCTAGTCTCAAAGTTCTGAGCTCAAGCGATCCACCTGCCTTGGCTCCCACTGTGATTTTGATTTGCATTTCCATAATGACTTCTGATGTTGAGCATCTTTTCATGTGTTTATTGACTATTTGTATGTCTTCCTCAGAAATATGTCTATTCACATTGACTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCTCTCTGTTACCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGCAGTCTCAGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCCGGGTTCAGGCGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGAATTACAGGCGCCCACCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCACGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCTTCGGCCTCCCACAGTCCATCCTTTGCTCATTTTTAAGTAGAGTTACTTGTCTTTTTATAGAGTTGTAAAGTTATACTGAGTATACTTGAAAACAGAAGCACTATGTTTTACATGTCCTATAATTAAGATTTTTTTCACTAATTTAGAAATCTTCCTGATTTTCCTAATTCCTGAAAATATTACATATTTTGTAGATACAATTTGACTATATAGGTTGGGTGCGGTGGCTTACGCCTGTGATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCATATCACTTGAGGTTAGGAGTTCAAGACCAGGCTGACCAACATGGCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGACACATGCCTGTAATTCCAGTTATTTGAGAGGCTGGGGCAGGAAAATCACTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAACGGAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGAGACTCTGTCTTTTAAAAAAAGAAATGAATATATAAGCAGTGTTTTTGCCTTTGCTTTCTTTTGTTTATTTTATTTGTAAGTATAACCATCTAGAATTTCACATCGCTTTTTAAAGGCATTTTAATACTAGGTCTAAGATACATTAAATCCAATGTAAGCAAAAAGGTAGCTTTAATTTTGTTTTATTCTATGATTTGGTCCTTTGCTCACAACAGAAGAGTTTGTTGGCTGAGATTTGGTTTCTGTTTTAGTTCTTCGGTTGGCACCATTCATCCCCTGCAAGGGCCCCCCGCCTCTCCTTGCCCCTCAGCCCACCTGTTCCGTCTCCCCACCCAGCTTTCCTCTCTCCACGCTCTCCAGCCTGGGTCCTGCTGTGTCATTGGAAGGCCAGCAGAATCTGAATAAAGGGCTTACTCAATAAATCACCAGAACTTTATTTTAGCTTACTCCCAGTGAAAAGGCTCAGGGCGATTAGGCAGGCTCTGTGGTTTTGATCTCTTCGTGACCTCATTTGCAGACTGGGATACAGACTTTCTGGTTAGTTCAAAGGAAGAAACATGTGCCTCTCGTGTGTAAAGGGGCAGAATGGCCTGGGTGGGAGTGTGAGAACCATTGTGTGGATCCTGTGATAATAGGAAAGAAATGTAGGCTTTTCCAATTCATTGTAAAAAGAGAATGTAATGTGTTATGCTCACAAACAAGTAAATAGCTGTGTTCTGACAGAAGGTTTCTATAGTTCTATATACTAATTAATATTCAGCACAAGATTCTGGCTTTAATTTTATTTTCTTGTACAGACTTGTCGTTATTTAATGTATTTAAAGTCTGCTATTCTTCTTAGACTTGAAGTCTCTTTTTTTTCCCAGCTGTCTCAAAGAAAAAGGTTCATAAGACGGTTCTAAAATTAGCATAGTCATTTAGTTTACTTTTTTCCTACGTGGGAATGGCCTCTTGTTTGGATACCAGAGTTTCCAATCTAAATCATATAGTTTCATTTTTTTGTATAGTAATTGCAAAAAGATTTTGATTCAATTAAATCATAGCTCATTTTGGCAGATTACATTTTCTGAGTATGTGTTTGGGCTTATAGAATTTCTTTTTAGGAATTACTTTTAATGTATCTACCACTTATTTTGTAAAGTGGCAGCTGACAGAGACTATAC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Seq C2 exon
ATATCTCCACAGGACCTTCTTGGTTAAATCAGGGACTACTTCTGAACTCTACCCAATCAGTTTCAAATTTAGACCTGACCACTGGTGCCACCTTACCCCAGTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000114126:ENST00000489671:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.054
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF087815=DP=FE(38.9=100)
A:
NA
C2:
PF087815=DP=PD(4.9=19.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains