RnoINT0150100 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011241 | Tfdp2
Description
transcription factor Dp-2 [Source:RGD Symbol;Acc:1305814]
Coordinates
chr8:104167864-104175142:+
Coord C1 exon
chr8:104167864-104168030
Coord A exon
chr8:104168031-104175036
Coord C2 exon
chr8:104175037-104175142
Length
7006 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGC
5' ss Score
9.37
3' ss Seq
TTGCTCCTTTGATCTTGCAGACG
3' ss Score
10.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTGAATACCTCTTTAATTTTGATAACACCTTTGAGATCCATGATGACATAGAGGTACTGAAGCGGATGGGAATGTCCTTTGGTCTGGAGTCAGGCAAATGCTCTCTGGAGGATCTGAAAATCGCAAAATCCCTGGTTCCAAAAGCTTTAGAAGGCTATATCACAG
Seq A exon
GTATGCTGGCCACGCTGACACATCCCTGACTGAACATCACACTCACTTGTTAAATCTTCACACAGGGGGTTGGGGATTTGGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGGAAGCGCAAGGTCCTGAGTTCGGTCCCCAGCCCCGAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAAAATCTTCACACAGAATGCTGCAGTTTAGAGACTGCTGGCCTCACCAGGGGGCATTCTTCAGTACTTTATAGAGTAAGTTTGTGACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTTATGTATATGAGTACACTATAGATCTCTTCACACACACCAGAAGAGAACATTGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCCGGAAGAATGGTCAATGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCGTGACCTTTTTTTTTAAAACCAAATATCAATGATTTTTAGAAGATTACAAACTTACATCTATACAAGATATATTGTATAGAAAATGACTGGCTGACTCAACACTACGTCTAGGTCCACAGTGATGTATTTTCTCTGTAATTCTGAGAGTTTAGAGTCTTGTAAAACTTTTAGTCAAAAGCTTGGTAGAAGTTTGGGGTTGGTTTTTGTTTGTGGTTCTCTCTCCTAGGAGAATTTAGAGTAATTTACCCAGCCACCCCCAAAGACGCACTAATTCACTCTAATGGAATGCTTTATTATATCTGTCTATTCAGCAGAATAGGCAACTCAGAGAAAGAAGGGTTTATTTCGGGCATAGAGCTACAGAGGGATCAGAGTTGATCACAGCAGGGAGCCACAGTATGTTAAAGTTGGTGCAACTCAGAGAAAGAAGGGTTTATTTCGGGCATAGAGCTACAGAGGGATCAGAGTTGATCACAGCAGGGAGCCACAGTATTGTTAAAGTTGGTGCATGTCCACGGTCCTGCCTGTCGATCCACACTCCTTTAGATGTAAGCAGTTCTTGAATCTCTTCAGTTTCAGCTCAGCCTAGCCTCTCATCTTGACTAGGATTATGGGTATAAATCACACTCTGCCTTTAAATTTGTTTATTATTCATTTGCTTTTCCTTAAAGGCAAAAGCAAGTATGGTAAGTTGGGAAAAGAAATGTATTGTTCTGTCTTCTGACATGTATAAGTGAAATCATAGCTTTCTGGTTGTCTTACTATAGCCCAGGCTATCCTGAAATTCACTTCTATAATAAGCTAGACTTGAACTTAGAATATCCTGTCTCAGTTTCCCTAGTGCTCAGGGTTACAGGCAGGAGTGTGCTGCCTGCCTGGTGTGGTGTTTTCTTCAGTGGTTTGGTTTTCTTTGACTTAACATTATGCCTCTCAGATTCCTTTGTGTAATTTAATGTAGCTGTCACACATACCTTTTTAGTTCATGAATAGATCACAAATTATTTTAGGGGCAATAAACTTAGGGGTTTTGTTTGTTTTTTTCCAGTTGATGTTAAAATACACAACTGCTTTGAACATTCTACCCATGTGTCAAGGACTGTGTGTGAACATGACAGACTGAAATTTCTGGGTCTTCACTGAGTGGATGTTTAGCTTCCTCAGATGATGACAACACTTTTCAATTTGATTTTACTAGATTTTACTTTCCCTGAAGTATGGAGGTATTCAGCTTTCCCAGTCACAAGGGAATTAAGATTTAATATTCATTAAATGAAACATCTGTTTTTTAAAAACCTTACATGAATGGATGTTTTGCCCACCTGTATGTCTGTGCACCACATGTGCGTCTCCTGCCCAAGGAGACCAGAACAGAATGTCAGAGTCCCCTTGGACTATAGCTGTAGGCAGTTATGAACCACCATGTGGGTTCTAGGAATTGAACCCACATCTTCTAGAAGGATAAGAAGTGCTTGTACTGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGGAAGCGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAGAACCAGGAAAAAAAAAAAGTGCTTGTACCTTGCAAGGCACCCTCCAGCCCTGAACTCATTTGATAAAGGATATAATTCAATGGTGCTTTGCTGTAGTCCCTGATGTATGCCCCTGTCACCACTGTTTAATTACTGAGCACTTTTTTTTTTACAATTTCTCTCTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTAATGTATAAGAATACACTGTAGGTTTCTTCAGATACACCAGATCCTATTACAGATGGCTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGAATTGAACTCAGAACCTCTGGAAGAGCAGTCAATGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCACTTTTTTTTTTTCTTCTTCTTTTTCTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTGGGACAAAAAATCTCTGACTGTCCTAGACCTGACAATAGAGACCAGGCTGATTTCAAACGTAATTATCTGCCTCTGCTCCCAGTGCTGAGATTAAAGATGTGTGCCTGTTCCCAGCTCCCAATAGCCATGAAAAGAAACGCCTGCCTTTAGCACTCCCTACATCCAACCCACCAACTAGTCAACTAGTCAACCAGTCAACTAGTCTAGTTTCTTTTGTTGGCAGCAGGTTTTTTTGGGGGGAGGGAGGTGTCTGTTTGTTTGCCAGTAATGGACATTATATATTAAATGGGATTGAACATTATGTATCCTTTGTAATGGCTCCACTTTGCATAGTACATTTAATACACTCAGTATTCATCCAGGCTATTCCATGCCTCTGTATTAGGTAGGTGTCTCAGGTTATACAAACAAAACGCTTTAGATCAGAAGGGTTTCAGATTTGGGAGTTTTATTTTTGTAGTTGTTGTTTGTGTCTTAGAATCTTTGAATTTACCTAATAGAGTTACTTGAGAGATGGAACCCAAATCTAAGCATGAGGTTTATGTGCCGTCACATACAGTTGTGCCCGTAACCCAGGGCACTCGAATACGCCTGTGTTCTCGCTGTGGCCTATCACATGAGCTCACGTATTGAATTTTACACTTCTGGCATTATGTCAGTGCTTAGAAACTTTTAGATTTCAAAACATTTTAGATTTGAAATTTTTGGATTAGGGAGGCTACCTGTACCAATTCCTTGTTATTGGCAAATACTCCATATTCTTTTCCACTTTATATATGTCCACAGTTTCGTTCATTTGTCAGTGGTATACATTAGGTTGGTTAGGCTTTTGGGTTATTTTGAATGATGCTACTTTTAATCATTTTTATAAGCATTTTATTTTTATAAACATATTTTCAGCTTTGTTGGAGTAGAACTGTTAGATTAAAATGACAAATGGTTCTCACAGTGACTGTACCATTTTACAGTCCTGAGCAATGCATGAGGCTTCTGATCGCTTTTAACATCAGTGCCCTCCCCACCTCAGTTTTGGCGCTAGTGATTGACGGCATGGCTCTGTGGTAAATACACGGTCTACCACCAAGTTCCTCCCAGCCCGTTTGTCCTTAGTTTCACACTCTGAGTGTGGAGTGGTAACTCATGGTGATTTTTATTTAATTTCCCTAATGACTTAGGGAAGATTCTCCTAATTCCAACGATATTTATTCTGCAACGTTAACTCGAGCATTTCATCTGGAGTTCCGCATCACAGTTTTCGGTTCTTGTTGCTGTTCTTTTCAAGATGGGTTTTCACTGTTGTCTGGGCTTGAGTTGAACTCTTGTGACCCTGTTGCCTAGGCCTTCAGAGTAGCTGAGACCCTAGGTGCACATTACTGTACATCTCTGTAACCGAGTTTTAATACGAGGTAAGATGTATAAAATCAAAGGCAGGCAAAGAGGTGGTTTGTTTTAGCTGTCTGCTCATAACGGGTCTGTTGGCTGAGATTTATGTTGTATTTCATGTATTAACTTGGTACCACCTACCTTCTGCAAGTCTGATCCCTCGGCCTGCACTTCAGCTGATCTGTGTCCCGTTTATGCACTGGTCCCTGTTCCCTTCGCTCCATGTTCCTTGGCACAGATCTTGCTGTTTTCATCAGTGGCCTTGCTGGACAGGAAGTCCAACAATGTCTGAATGAAAAGGCCTACTCAGCAAATCACCAGAACGTTGTTTTCACTGGAGAGGTTCAGGTTAGCAGGCTCTGTGGTTTGATCTCCTCATGACCTCATCTGCAAACTGGACTACAGATTTTCTTGTCCGTTCAAAGGGACATGTGGCTTCGGTGTAGAAAGGGAGGGAGGTAATGGCTCTTGGACAGGAGTGTGAGAACCACCATGCAGAGCCCGTAATAATGTGAAAGAAATGTAGGCTTCCCAAATCCCTTGTAGAAAGGAAATACAATCTGTAATGTTCACAATGGAATAGCTGTGACCCAGCAGAAAGTTTCCACAGTTGTGTGTACCAATTCCAATTCAGCACAGGAATCCAGCCTTAGTTTCATCATCTTCTTCAGACTTAAGTTTAAGTATATTCACAATCTGCTATTCTTCTTACAAGTGGAGTCCTTTTTTTCACAGCTGCCTTGTAAAGAAAAGGCTCGCAAGACCCGTGTAAAATTCATGTAGTCATTTAGTCCCTCATGGCTATGTGGGAACAGTCTATCAACTGGCCGGACAGGGCCCTAACCTTAGACACATAGCCCCATGGTCTCTGCACAGCAATTACAAAGGTAATGTAACACAGAGGCTGAGGGGTGGCTCAGTGGGTACAGAAACTAGGTGCACAAGCCTGACCTGAGTTTCACCCTCAAAATCCACATAGAAGGCCATACAGGCCGTATCCCTCTTTTATCTCAGAATTCCTGCAGGGAGATGAAGAGGTAGAGGCAGGAAAACTTGCCAAAGCTCTCAGAGCAACGAGCTGGAGAACGCAGTACAGCAGCAGAAACAGGAGACCCTGCTTCAACAAGCTTGAAGGCCAGGACCAACTCCCAAAGCACCCCCGCCACACACACACACACACACACACACACACAC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Seq C2 exon
ACGTCTCTACAGGACCTTCTTGGTTAAATCAGGGACTACTTTTGAACTCTACCCAATCAGTTTCAAATTTAGACCCGACCACCGGTGCCACTGTACCCCAATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011241:ENSRNOT00000015015:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.250
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF087815=DP=FE(38.9=100)
A:
NA
C2:
PF087815=DP=PD(4.9=19.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]