MmuINT0139617 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000064329 | Scn1a
Description
sodium channel, voltage-gated, type I, alpha [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:98246]
Coordinates
chr2:66141649-66156343:-
Coord C1 exon
chr2:66155861-66156343
Coord A exon
chr2:66141770-66155860
Coord C2 exon
chr2:66141649-66141769
Length
14091 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
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3' ss Score
4.68
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAACTCAACGAAAGCAGTAGCTCCTCAGAGGGAAGCACAGTAGACATTGGGGCGCCTGCAGAGGAACAGCCTGTCATTGAACCAGAAGAAACCCTTGAGCCCGAAGCTTGCTTCACTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000064329-Scn1a:NM_018733:17
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.093 A=NA C2=0.756
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=5.0),PF065128=Na_trans_assoc=PU(61.4=85.1)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(17.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: