BtaINT0129357 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018520 | SCN1A
Description
sodium channel, voltage gated, type I alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10585]
Coordinates
chr2:30371671-30389703:+
Coord C1 exon
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Coord C2 exon
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Length
17429 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
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Seq C2 exon
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Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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A:
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
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Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]