DreINT0131420 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000086819 | scn1a
Description
sodium channel, voltage-gated, type I, alpha [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-751]
Coordinates
chr9:50230532-50242006:-
Coord C1 exon
chr9:50241584-50242006
Coord A exon
chr9:50230665-50241583
Coord C2 exon
chr9:50230532-50230664
Length
10919 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACGT
5' ss Score
10.2
3' ss Seq
GTGCGTGTGTGCTCCTGTAGAAA
3' ss Score
8.08
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTGAATCTGTTCCTGGCTCTACTGCTTAGCTCCTTCAGTGCCGACAATCTGGCGGTCAGTGGTGAAGAAGACGAAAACAACCTGCAGATCGCTGTCCGTCGAATCAGGAAAGGCTTCACTTTCATCAAAACCTGCCTTCAGAGTTTCTTCAGGAGTGGCTGTTTACGGAAGAAGAAGCAGAAGTCTGCAGATGGCAACATGATCGTGAACTGCAAGGAAAGGAAAGATAGCACAAACCACACTACAATAGAGCTGGTTAAAAGCACTGGAGGAACCGATCTGGATAGCGACACCGAGAATTTTATCAGCAACCCGAGCTTGACTGTTAGTGTCCCGATTGCCGCAGAGGAGTCTGATTTTGAGTGTCTGAACACAGAGGATTTCAGCAGCCTTTCTTCAGACCTAGAGGAGGATAAAGAG
Seq A exon
GTACGTTTGAGTTTTTTAATAACTTCTAGACCAGGGATGTCAAACTCAATTCCTGGAGGGCCGCAGCCCTGCACAGTTTTGTTCCAACCTTAATTAAACACACCTGATCAAACTAATTAAGTCTTTCAGGCTTGTTTGAAACCTACAGTTAAGTGTGTTGGACCAGGGTTGGAACTAAACTGAGCAGGGCTGCGGCCCTCCGGGAATTGAGTTTGATATACCTGCTCTAGACATTTACATTTAGTCATTGAAAGAAATATGCATGTACTCACTCTTCAAATATCCTGTTGTTTTCTAACTGTTTCTCATCTTATTGTAAGTTGTCCCTGTTCTAGGTGCCTTGATGTTGCGCCTTGACATTTTTAGCACTGGATGAAATTGTTCTGCTTGACTGGGAGTGGTTAGAAAAAGACCAAGTGGAACTGAGCTGAATATTTGCACATAGTCACAGCCCATGTAACCTTGAGTATGAGATATAAAGGCTGGGAATGCCCCAGTCTTCTTCAGAAGAGAGCAATAAACTGTTTGATTCACATCTCAGTTTTTTGTTGCCTTCCTGGAGCTCCAGCTTACTGAGGGAACACACAGACGATCTGCAATTTATCCTAACAGTCGTTTAGCAGACACTTTTGTACAAAGTGACTTACAATTGAGAAGGCAATACAGCCAACAGATGCTACTTATACAAAATAACTCGCAGTGCTTAGAGAATTTAGTGCTAAAATAGGGAGCAGAACGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGAGTGTGTTTCTAAAGGTGGTTTGTCAAATCCCCTCACCTGTTTGAAATACACTTCATAAATGCCACAGCCATATCAGCCTGCAAGCCAAGACCGGTTACTCACTGAAGCTAAGCAGGGCTGGGCCTGGTCAGTATCTGCATGGGAAACCACATGGGAAAATTAGGTTGCTGATGGAAGTGGCGTTAGTGTGACCAGCAGGGGCCACTACCTGTGGTTTGTGTGAGTCCTAATGCCCCAGTAAAGTGAAGGGGACACTATACTGTCAGTGGGCGCTGTCTTTCGGATAGGACGTTAAACCAAGGTCCTGATTCATTGTGGTGATTAAAAATCCCTTAGGACTTCTCGTAAAGAGTAGGGGTGCAACCCTGGTGTCCTGGCCAAATTCCCTCCATCGGCCCTTACCAATCATGGCCTCCCAATCATCCTGATCCACTGAATTGGCTCTGTCATTGTTTCTCCACTCTCCAGTAGCTGGTGTGTGGTGAGTGCACTGGGGCCTTTTTCTTGAGGCTGCCCTTACATCATCCATTTGGATGCTGCACACTGGTGGTGGTGTGGAGAGACCCCCCTCCTCATATTTTTGTAAAGCACTTTGGGTGTATGGCCATACACGATAAATGCGATAAATACACATTACATTACATAAATGCACAGTGTTTTGTTTTTGTTATGGAATGATTGTAAAAGCATGTCTAGTGCAAATGTGCTAAAAACTGATCGTGTCTGTTAAAGTGTCAGAGAGAGAGTGTGTTTCTACAAGTGGTTTGTCAAGCCCACTCACCTGTGTGAGGCACACTCAGAATTAATAGTATTTAGGGTTGTCTATTATTTAATATTATTTAATCCTAGTATTTCTGGATGTCTATTCGCGCGTGTACATTGACTTAACATGTAAATCACTCGCGCTTGACGCACGTTCCGCGTCTGGTGTGAACGCAGCATAACAGTGGTTAAGTCTGTTGACAATTGAAAAAAAATGTTGATTAAAGGGGCTTATAATATTGACCTTAAAATGGTTTAAAAAATAATTAAAAACTGCTTTTATTTTAGCTGAAATAAAACATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATAGGAAATACTGTGAAAAATTCCTTGCTCTGTTGAACGTCATTTATAAATATTTGATGAATAATTCTGACTTGAAGTGTTTATGCTTGACAGCTGTACTGTCTGCTGTAGTAAACCCTACTGGAACTCTAATCATTGTGAAAATCGCTGTACAATTCAGCAGGGACTGAATTGAATCGACCAGAACACACACCTCAATAACAGTCCAAATGATGCCTTTTCCTCCAAACTCGAACCAATCTTGTTTTAGTGTCTCCCAAAATGAAAGCTTTCCAATTTGCCTGAATTTGTCGCTGTCGTAATCGTGGTCAGGTTTCTCTCTGCTGGGGTTAATTGCAATAAGTGCATTGTGGGTTACGTCAACATGTAGCCTGACCCATTATGGAGGAGAGGTCAGGGAATATCAGTCTTCAGATCGCATTATCTGCCATTTAAGTGCCGAGGATGAACGTTAGTCTCATGATAACATGCTCATTTGCTTTCTGCTAGGAAACGAGGTGGTCTGTGGTTTTGCCTGTCTATGTACTGAACATTTGTTTGCTGTCTCTTTCGCAATACTATTAAAATGGCTGCCACTTTAGTTTTGTGAAAGGTGGTGCACTGTCAGGACAAAAAAAACTACTTTGATTTATGCATGCAGATATTTTACTTAAGAGTCTGTGATTGGATATTTATTGCTGTGATTAATGTTGTTATATGTTTGACAACAAGTCTTTTAACTCTGACTGATGTAGTGGTTAGTTATAGGGATGCACAGATACCATTTTTTGGAACTGATCCGATCCTGATGCCAAAATTCTGCGTTCAACCGTTAAAGATCTGATGCCTATACTCAGCCTTTTTTATAAAACATAGTGCAGTTTCTATAGTTCTGGTGATAATCTCGAATAATATTTCTTCTTTAGTAAAAAATACAGACCTAATAAACTAGGTGTCATGGTTAGAGGAAGGAGAACCCAAATGCAGAATGAAATAAAATTAGTTTTAACTTACTGATTATAATCAGGAAGAAATAAAACCAATAAAAATATCTAAACACTTAAAGCTACTTAATCAGATTTATAGAATAACTTAAACAAACAAACTTGAAAAATGATTAACCAGACGGGGATGATACTGAAGGCCAACTGATAAACACAAACAAACATTAGACAAAAGACAACTCTCTCACAAACAACTGCACAGATAAAGGAGCACGGTCAGGCAACAACATGTAGGGACATGAGGGAAGAGGGCACATTATAAAGGGAGGAAAGAGCATGGAGGACCAGGTGTAAACACTGAGACTAACGAGAACTAGACAAAACTAGGAAACGAGGAAGGAACGGAGGAGCACATTGTGAGCACAAACGAAGGCTGAGCCATGTGTTTAAACACAACACAAACATAGACACAAAGAACGTAGACAACACAGAAAAGACAGACAAGGAAAGGCTATGACACTAGGCTACATTATTTGAGCAATTATTGTGACATTGGTCTGTTGTGGTCCAGTTTATTTTTTAAATAATAAGATTTTTCTTTGAAATCTGTCATAGGCTACCACTATTCACCCTAATCGTTGGTAAAATAACCAGCCTTTTAGCAAAGCCTGATATTTTCCTGCAGGTTTGACGCAGACTAAACTAAACCATTGGAGGCCAGTTTTACTTCATAAACAGTCCCTTGCCTAAATTTGCAGTACTACTGAAAAAAAACAGCTTAAACCAGCCTAGGCTGGAGCCCAGCCAAAACCAGCTATGTTTAGCTTAAACCAGGCTGGTCAAGCTGGTTTTAGCTGGATTTAACTGTTCATTTTCCAGCCTGACCAGCTAAGACCAGGCTGGAAATAGCTGAAAACCAGCCTGGAAATGGCCAAAACCCCTCTAAAACCAGGCTGGTCCACCAGCTAAAACCAGCCAACCAGCCTAGGCTGGTTTAAACTGGATTTTTCAGCAGGGAACAAGGTCGGCTTATGTGCTTCAGCGCATCTGACAAACAGGTCTGTTAAATAAAATATTAATATAAATAAAATGACAGTGAAATATTCAGTTTCAGAGTAGCCTATATTAGGCTAAAGATTTTTTTCTGTTAATGACAAATCCTATTGCGCCCGTCAGTTTCACTTTTATTAATCAACTAATTTGTTCGGCGATGCAGTGGTGCAGTAGGTAGTGCTTTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGATCCTCGGCTCGACTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGATATAATTTCATAAAAGTATTATTTGCAAACTCTAATAAGCGAAATCATATTAGCAGCCAATGACTATCCAAGTACAACACTGTTCACTGTCAAATAAACAGTGGTAATATTGTTTTAAAGTCGCACTTGCAGGTTATTTCAGACCGAATATTCAAAGTGCCGTGGTAAACAATATAGCTAGTGTGTCACAAGTTGTCACTGAATGAATGTGTGAATATAAAACCAAGTTTACCTTAATAACTTACACTTTTTACGTTTCATTCAGTGTCCGCTGTTTAATTAACCATGTTTAACTGTTTTTGCTGAAATCATTTCTGCAATCAAAAGCGAGGGATGTGTATGATTCAGCATAGCGTGAACTTACCTGATATGTAGGGGCGTGAACCTACACTGGTCTCGCAGTTCGGTTTGGTTACGATTATCATGCCATCTATTTGGTTCAATTCGATAACTCGTTGCCACACAGTGCATTGACGATGATTTACGTAAATAATTAGATTTTTTCGTCACTTAACAGGATTTTTTTAATTCAAATTTATAAAATTAATATTATTTATATATTATTTGTAATACAATTTTGTCCTTTAATACAAGCAGTAAGATATATGAACTATACCTTTAATTTTACCTGCTCAGAGAAAACACTCTTTTTGAATGCATTCAACAAAACCCCAAAACATGCACAGAAGGCAACATGAGCATTTATAGCAAATAAGCTAATATAAATATTATCCCGCTTGCTTTCTGAGCATTGTTAAGCGAGGTCTTACACCCCTGTGATTGGTCATTGTCTTCACCCGCTTAACAGAAAGGCCTGCAATTGGTTTTAAAAATTAAAGTGCTGTTCATCGATGAGTTTATCGAATGCTTCAACATAGTATTCTACAGCGACA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CTCTACCTGTAATACACCTAAAACATGGATTGCCATAAAACTCGGCAATGGCAGGGAAGCGTTTTCTCTTGTTAACTGCAGGGAAAGAGTTGAATGAAATAATTTATCGATTTCATGAACATCATAATATCAGCCATACATGTAAAGCACAAATAATGTCATTCAATTTGGTCACGTCCAGTGGCCGTCATCCTTGAATCAAGCTCCATCATTGTAAGCTGCTTGCTTTTCTGTCAGTTCCATTGCTCCGTTTGTTAGATGTTTCCCACTTTCTTTTGCAGTCTGAAGCGTCAAACGCACCATTCGCACCACAGAATGTCTAATCACATCTTTGCATTGACTTCATATAAATCACTCACTCTTCATCTGCTTACTGCACAGGCTGCAAAACATCCCCCCTTCTACATGTAATGTAATGTAATGTAATGATTTTGAGGGCGCAGATGAGACGTCATTTTTCGAGAGACACTCAAATACATCACGTGCATTGCGTATGCAACATCTATTGCAAACTGAAATCAATATGGTTTGATTATATGGTCTGGTATTTGATGTTTTATGAGATTATTTATATTTTTTGCAATTATTTTGCGTTTAAATTGCAGGATTGCAAAAAATTTCGACTTTGTTTATTTTGCGTTGGATTCAACAATCGAAGGGGGTCTGATACATGTTACTTCAATAACTCTGTCATGATATGTTCTTGTAATATTAATCCAGTCATATATTCGAAAATTATTTCTTATCAATATTGGAGAGAAAAAATAAACTGGTTATAATTTCGCTTTGCTTAGTGACTCAGCTCAAATATCTGTTCTTCAGAAAGCGTTTGCACTTCTATCATCTGCTCTCCTCCATGTGGAGGTGTTGCTATAGTAATATGTGCTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGCTCCTGTAG
Seq C2 exon
AAACTGTCTGACGTGGCGTCCAGCTTCTCAGAGGGAAGCACAGTCGACCTCAGACCACTCGGCAAAGATGGAGAAGACGCCCTGGAGTTGGTACTCGAGGAAGAAGCATATCCTGAACCCTGTTTCACAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000086819:ENSDART00000161648:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.078 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.7=6.3),PF065128=Na_trans_assoc=PU(56.7=83.1)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(21.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]