Special

RnoINT0043141 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
catenin delta 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1305643]
Coordinates
chr3:72026303-72052990:-
Coord C1 exon
chr3:72052712-72052990
Coord A exon
chr3:72026592-72052711
Coord C2 exon
chr3:72026303-72026591
Length
26120 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGTGT
5' ss Score
6.14
3' ss Seq
ACCCCTCCCCCCACCCCTAGTGT
3' ss Score
10.3
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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GTGTTTGCTGTATGTTACTGATTGGTATTTGGTAAGAGGCTTGGTATTTTAAAAAATTATTTTATATCCTCAGAAGATGTAAAAATGGAATTTGCTTTGAGGGAGAACATACGTTTGTGCCATTAGTTTTGCTTTATAATGTTTTAACAGGAAGAAAGGAGAAGACTTTGGGACTGGTTACAGAAGATTGTGATCTCTTCCCCAGAGCCTGAAGGTCAAAGCTTAGTTAGCTCTTTGACTTAGGGAAAATTGGTTTTTTTTCTAGCAAGTGCAAACCCAAATCTGGCCAAATATGGGTATATCTATGTACGCTTTATGGAAGTTTGTGTATGTGTGTATGTCTGTGTGTGTGTGTGTTATTTGTAGTCATTAAATGGTAATGGAAATTAAAATTTAAACAGGATTACAGTTCCTCCCAGGTTTTCTAAATTTTTTTTTTTGACAGAACTAGTAATTGGATTTTAGATCTTTTGAAGTCAGGGGCTTCATTTAATCTTTGCCATTAAGAAAAGTGAAGAGTTCTAGTGGAATCATGGGAGCAAGAAGATGTGGTTTCTCCCACAGACATCTTAGTGTGTTGTGTTCAAATGTAGTAATTACTACAGTTGCATTGTCAATGTATTCCCATACAACGGCTTCCCATGTGTCTTGACTTTCTCCAAGCATTTCATATGGATTGTTTCATTTAGCTCTCATATCTACCCTTATGTATTTTTATTTTTCCATTTTACAGAGAAGAAAACTGAGGCACCTTGCCCAGGATTGTGTAAATGTTGGATCTGAGACTTGAATACAGTCAAATTCTAAAAGCCCATGTTCTAGTATAAAGATGATGATGATGATGATTGGTGCTAGGGTTTTACTCTGTAACCTAGGCTGGCTTCTATTTATATCAATTCTCCCACCTCAGCCTCCTAAGTGCTGTGTCCCCCACCTCCCGCCCCCCCTCCCGCAGCTGAGGACCGAACCCAGGGCCTTGTGCTTGCTAGGCAACTGCTCTACTACTGAGCTAAATCCCCAACCCCAACAAATGTTTTTATTACACTTACTTATTTGTGTGTGTGTTTGGAACATGAGTACTGCTACTGCTATGAGGAGGTCAGAGCACAACTTCTAGGATAGGTTTCTCCTTCTACCTTGTGGTCCCAGGATTCCAGCTCAAGTCAGCAGTAGCATGAACCACCTCACCAGCCTCCAAATACACTTCTGTAGCCAGTTTATAGTAAAACAAACTATTTCAGGGGTTGTGCTCTTATTGGTGACTGGTTTTATTGCCCTGCTATTTGACTGGCACTATTTGATTCTTTGGTCCTTCTAGACATTTGATTTAACTTAATATACATTGAAGTTCTGATGAAAGAAACTGGCTTTATCATTGCTCAAATGTATAAGCTGTAGACCTGGAAGGTCTTCTAGGATGGGTGGGATCTATCTTGTAAAGACTTATGGCTTGTTAAAAGTAAACAGAACTGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGTCTAGCAAGTGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGTTCCGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAAGAGAACTATTCTCAGAAAATGTCTTAGGAGAGTAATAAGGTTAAATACCCCTGATTATCCTTTTTTGATGAAAGTGTCTGACAATAGTAAGTGGTGAACTTGGAAAGGTATTAGACCAGACTTGGAGGACTTTTTTGATGCTGGCCACAGTCAGTGATTGGCAGATTGGTTTGCAGCATAGTCTTTATGGTATGTGGCAGGAAGAGGAGACTTCGTCAAGTTATGAGACCTTCTGCTATGGCTTGTCATGTGCTTTCCTTTTTCCTATGTTTTTGCACGCTGTAGACATAGATATTTCCCCCCTCCCTCTTTTCCTAGAAGAAAGTTCTCAAAGGTTATAGGCCAAAGGGCCGGCCTGCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTCCTAAATAACTTGGGGAAAGATCTTGTTAGGTAGCTCCAGGCTGGGCTTGAACCTGTGGTTCTCTTGCTTTAGCCTCATGAGCATAAGGATCACAGACATTTGCAGTATACCCAGCTTGGACATGTATTTGGACAGCATGGCATAGAAGAGAGTATTGTCTTAAGAAATATTCTAGACCTGGGTTTAAATTCCTAAATCTACGTACACTGTAGGAACTTGGTTAATTTTTTTCACCTATCAGTCTGTTTTTTTAACATTTGCAGTAAAACTTGACTTCCTTATGGTTTCTGTGATTGCTAGGGCAATAAATGTAAGCCATTCCAGTGTTGGTAATTTTTTCATGTTCTCTTTATCTGAGGTAACTTGTACGGCCCTGAGAAAGAAATAAGAGTTAATGTAACAGCTTCGTACTGGTGCAGTGACTGTCGGGTACTAGAGAAACACGTCTGTCCCAGAAACACTGGTTTAGTTGGGAACTCCTAGTACACAGAGCTGGGGTAGAGAAACCAGCTTATCTACTCTGTAGAGTTCAATTGTGTTCCAGATCCCATTAATTCCATCTACTACTTCACAAGATAGTTTGGGGCTGAGACATTACCATGAAGTAATGTAATTGGAAGATTGAATCTAACTCCTGAAACAACTCAATACCTCACCTAGTAGAACATACTTTATCTCAGTGCGTCTGCAGAGCAGCTCAGGGTTAGAGCAGCTCAGGGTCAGAGCAGCTCAGGGTCAGAGCAGCTCAGGGTCAGAGCAGCTCAGGGTCAGAGCAGCTCAGGGTCAGAGCAGCTCAGGGTCAGAGCAGCTCAGGGTTAGAGCAGCTCAGGGTTAGAATGGCCTGTTGCTGTCGACATCAGGCAGATGAGGATACATCACATAAGGCAGGACTGGGACCAGCCTGTGAATTATATCCCGCCTCACACTGCCACTGCTTCTCCCTCCTCTTAAACAGAAAAGCTGTCCATACATAAGGACCTAGGAGTGTGACCTCCTCGTCCACTTAACTGCATTGTCTTTATCTAGTCAGTTTTGAAGCCAGGATGATGGGTAAGTTAGGAGTTTCTCCTGACTGGGTAGGTCCCTCAGCATTTTCCCTAACTGTCCTTGTAACTCCCTGTATCAAATTAAAGTTATGGCGGCAAAAAGTGACCATTTATGGCATAATGACAAACACTGTCATCTGTGGCAGGGAGTGTTGTTTCTCTGTGCCCCGTAGTAGTGGTCGCCTGGGCTTTTATTAGCAAGAAGATTACAGGGTGGAGGCTACCACAGTGGTAACTGCAGTACAGGCCCTGTTTAAAATCAGTAACTGGAGGAGTCTCTCTTAAGCTGGGTACTCTTGATGTGGAAGGTTCATAGGTCACTGTACATAGCAGATGAAGGCAAGTGTTTAAAATGAGAAAATAGGCATAAAAAGGTAACAATTAGAACAAGCCAAGAGTGGTGATAAATTCTTATATACTCCAGTACTTGGAAAGTAGACACAGGAGGATCAGGAATTCGAGGCCAGCTTCAGCTTTATAGTGAGTTTGAGGCCAGCCTAGGAGACTGCCACAAACAAACAAAAATCCAAAAACAATGTGTTAAAGAAAGACCTCTGAGTGGCCATTTGGAATGTGGAGTAGGAGTATGGGAAAGTGGCACTGGGGCATTGGGTATTGGGCTGAATGAGAACAGTGGTTGATAAATGATTGTGGGAGCCTAGGACTGGGTATAGGACGCATTTAGGGACAGTTCAATGTGTTCTCGGATTTAGTGACTGAACCAATTCAGTTTACTGGGCACCTGTTTATCAGTTTCCTCTAGGTACTCTTGCCTGCTGAATGCCGGATACATTTAAGGCAAACAGGCCCTAGCTTTTGTGTTTGGTGGGGCTCTGGGAAGCGTGGGAAACGGAGCCTGAGCAGAAGGCCCAGCCTAGGCTAGTCCCCACATGTCTTCCCCCCCATGACTATTACATTGGTTTCTCAATGTCTTTGTGGGCATGCTGGAACTGGGCTTTGAGGTTTCTGCCTTAAGGGTAGGAAGGAGGGGGAAGGGCATTCTAACAAATTTCACCCCCAAATCAGTTGCCTATGTGGCTTTATCTACATTGTACCCTGGTCTGGTTCTGCGTGGATTTACAAGTAGAGGAACTGCAGTGACAGTGCAGTCTGTGCTTTAATTAATCCTACATCCAAAGCCTAGATATCTGAACACAGCAAAGTTTAAAGGGTATTTGTTTCATTAAGCAACTCCAAGTTGTTTCTTAAATAACCCCCTTTCATTTCTAATACTCCCGTCACCCTCTTATATGTATGCAGTGGGTGTAGTTTATTTTCTTCCCATTCTCATTTTTCCTCCAAATATTTCTGCAGCTTTCTCCTTCCTGCTTGCTGCTTGCTGAGGTGGCTGGGATGCTTCCATGGTTTATCTGAATCTAGACTGGGCTATTCTCTGTGCTAAACCAATCAATTACGGGCCTTCTCTTAACAGGTGTGTATGGAATATATATTAAGAATTAAAAGTTATTTTAGGTGCCTTTTTCTCCCTTAGGTGTTTGGTGAGAAGTTAAGGGAATAAGAGAGAAAAAAATTCCTCCTAGTTTGCCATTCAACAGTATACATTTTATCTGTCTGTCTTATCTATCTATATGTCTGTCTGTCTACCTACCTACCTACCTACCTACCTACCTACCTACCTATCTATCTATCCTGCTTTTGAGACAGGATTTCTTTATGTAGTTCTGATTGTTCTGGAACTTGCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCATAGTGAGCCATCTGCACCTGCCTCCCAAGTGCTGAGATTAAAGCTATGAGCTACTACACCTGGCCACAAAAACTTGAGACAAGATGTTGTTAAGTTGCCCAGGCTGGCCACAAATTTATGTAGGCTAGCCACAGAAGTTGTGATCTTCCACCTTCTGAGAAGGTGGGGTTGCAGGCCTGCACCACAGATGGCTTGAGGCAAAGCCTTTTTGTACAGTGTCTGAGGTTCTGTCACTGTTGTTCCCATTAGCATGTTTTGCCCTCTATCATGTAGTATAGTTTTGTGAGATAGAAAGGCCTCTTTACACATGTGTGAGACATGGAAGTTTAAGTTCTTTTGCCTTTCTATCTGGGAAGTTCTTCTATATTTCTTTTTTCCCTTTTCTTTTCCTTCTCTCTCTCTCCCCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTGGCATGAGTATTGAAATATTGGTTTTTTTTTTTAATTTTTTTTATTAACTTGAGGATTTCTTATATACATTTCGAGTGGTATTCCCTTTCCCGGGTCCGGGCAAACCATCCCTCCCTCTTGCCTTATGGGTGTCCCCTCCCAACCCTCCCCCCATTGCCGCCCTCCCCCCATAGACTAGTTCACTGGGTTCTTTTTTTTTTTTATTCCAAGACAGAGTTTCTCTCGGTATGTAGCCCTGGTTGTCCTGGAACTCTTTATCTGTGGACCAGGCTGGCCTCAAACTCACAGAGCTCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGTTAACATTAGAAGCATGCACCTCCACCACTTAGCTAATATCTCCATTTCTTAACTGACATTTTCATTTATTATAATTTATCACTACAGCTACATTTATAGTGTTCAGGTTTGGGAGAGGTTAAGTAAAATTTGCGTTGTCCATTACTTGTAGAAGTAACTTGTCCTTGTACCCGGGAGTTAACTTTTATTAAGCTGATGCCTGCAAATATTTCCAGAGAAAAACAATCTAATTTTAATCCCACGCTATGGTGTCTCTGTCCTGCCAATAGTATAGAGACTTTGGTCAAACTGCCACCTTTTCTTTCAATAGGAAGGAGTTCGTAGAGTGTTAAAGAGGGAAGTAGGCGAAGGGTCCTTCCTATTGGAACAGACCTTGGTGATGGGCTCCCAAGCTTGGTTGGTGGTGGCTTGCTTTCTGCACTGCAGTAAAAACACAGAGGGCATCTTTGGCGCTGGGGATTAACAATTCTTCTGTCTTCTCTGACCTGTGATCTTTTCTCTTCTCTCTTACCCCTCCCCCCACCCCTAG
Seq C2 exon
TGTGAAGTGAGGGGACCTACTCCCTTCTTTCTACTCCCTCTGTGGTCCACCTTACTTTTTATCCTGCCCTGCGGCGGCTCCTCCCCTTACCTTCATGGACGACTCAGAGGTGGAGTCGACCGCCAGCATCTTGGCCTCTGTGAAAGAACAAGAGGCACAATTTGAGAAGCTGACCCGGGCGCTGGAGGAGGAGCGGCGCCATGTGTCGGCGCAACTGGAACGCGTCCGGGTCTCACCACAAGATGCCAACTCACTCATGGCCAACGGCACCCTCACCCGTCGGCATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000030790:ENSRNOT00000064009:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.877
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]