MmuINT0043559 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000034101 | Ctnnd1
Description
catenin (cadherin associated protein), delta 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:105100]
Coordinates
chr2:84624270-84650765:-
Coord C1 exon
chr2:84650406-84650765
Coord A exon
chr2:84624559-84650405
Coord C2 exon
chr2:84624270-84624558
Length
25847 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGTGT
5' ss Score
6.14
3' ss Seq
TTCTCCGCCCCCCTCCCTAGTGT
3' ss Score
9.74
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGTGAAGTGAGGGGACCTACTCCCTCCTTTCTACTCCCTCTGTGGTCCACCTTACTTTTTATCCTGCCCTGCGGCGGCTCCTCCCCTTACCTTCATGGACGACTCAGAGGTGGAGTCGACCGCCAGCATCTTGGCCTCTGTGAAAGAACAAGAGGCCCAGTTTGAGAAGCTGACCCGGGCGCTGGAAGAGGAGCGGCGCCATGTCTCGGCGCAACTGGAACGCGTCCGGGTCTCACCACAAGATGCCAACTCACTCATGGCCAATGGCACCCTCACTCGTCGGCATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000034101:ENSMUST00000111691:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.912
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
ENSMUSP00000042543, ENSMUSP00000064518, ENSMUSP00000065252, ENSMUSP00000107313, ENSMUSP00000107314, ENSMUSP00000107315, ENSMUSP00000107316, ENSMUSP00000107317, ENSMUSP00000107318, ENSMUSP00000107319, ENSMUSP00000107320, ENSMUSP00000107321, ENSMUSP00000107322, ENSMUSP00000107323, ENSMUSP00000107324, ENSMUSP00000107325, ENSMUSP00000107326, ENSMUSP00000141166
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Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types