RnoINT0043157 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000030790 | Ctnnd1
Description
catenin delta 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1305643]
Coordinates
chr3:72013117-72014569:-
Coord C1 exon
chr3:72014416-72014569
Coord A exon
chr3:72013186-72014415
Coord C2 exon
chr3:72013117-72013185
Length
1230 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CCCTTTCTCCATTTTCATAGGGA
3' ss Score
9.39
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTGTGGAGAATTGTGTTTGCCTCCTTCGGAACTTATCATATCAAGTTCATCGTGAAATCCCACAGGCAGAGCGTTACCAGGAGGCACTTCCTAGTGTGGCTAACAGTACTGGGCCACATGCTGCCAGTTGCTTTGGGGCCAAGAAGGGCAAAG
Seq A exon
GTGAGTCTTATCTAGTTCCTATTCTTTAATATGGGGCAAGAGGAACACTTAGCTTTATAGGTACTTAATAAATAGTGTGGAAGTCTCCCTATGGAGATGTGTCCTTTTGCTCTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTTGTTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTAGTGATGGTGGTTGGTGGTGGTTGGTGGTTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTTGTGGGGTTGGTGGTGGTTGTTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTAAGTGGTGTAGTGACTGGTGGTTGGTGGTATGGTGGTAGTGATGGTGGTTGGTGTGTTGTGTTGGCTGGTGTTGGTGGTGGTGTTGTGTTGGTGGTGTTGGTGGTGGTTGTTGTTGTTGGTGGTGGTTGGTGGTAGTGTGGTTGGTGGTGGTGGTGGTTGGCGTGGTGGTGGGTGGTAGTGGTGGTTGTGGTGGTTGGGTGTGGTTGTTGTTGTTTGTGTGGTTGTTGGTGGTTGTTTGTTTGGTGTTTGGTGGTGGTGGGTTGGTGGTGGTGGTTGTTGGTAGTAGTGGTTGGTGTGTAGTGATGAATGAGGATGGTGGATGATTGTTAGTTGTTTTGGCATCTAGGGCAGTGAATGACAAGAACTGAGCTTAAACTGGCGCTTCCTCCTATCTTCCTCCTCCTCTGCTTGATCTTTGGTGTACTTGCCCATGATCCTGTTGACATCTTTCTCCTGCGTTTTCTTCCTTCATTTCTCTCCTCGCTTTCCACCTTGGTGATGCACTGGAAGATGAGTGGTTCTCTAGAGGTAAGTGCAATCTTTTAAGGCGCTTGTCTGCTAACTTGCATGGTTTGGTTCTTACCTTTCTTAATATCTCTTTGTCTAACCCTTCCCTGTGGATGCATGTAGGAAAACTTAGTTGAGGAGAACCATTGGAATCAGTTTAAACCTTCTGGGTTGTGGTTTTGAGATGCTGTTTCTGGACAGCAGTCCATGTTATCAGAACTGAGTTCACAGCATCCGGAGTGGCCTTCCTTTTATACAGTTTACTGCCTGTTTTGGTCCTCCTTGTTTCTGCATCATCCCTGTTGGGACAGTTATGTGTGGGCTTTCCCTTCTTTTGCTTCTTTTGATGCTGCATCTATGATCTGAAGATTCTGACTGAAGGATGAAAACTGTCAGGTCGAATCTTTCCTTTTAAAAAAAAAAGTTCTTTACCCTGTTCTCTCCGCCCTTTCTCCATTTTCATAG
Seq C2 exon
GGAAAAAGCCTACCGAGGATCCAGCAAATGATACAGTGGATTTCCCTAAAAGAACTAGTCCTGCTCGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000030790:ENSRNOT00000064009:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.258 A=NA C2=0.708
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0051418=Arm=PU(2.5=4.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TTGTGGAGAATTGTGTTTGCCT
R:
CCCGAGCAGGACTAGTTCTTT
Band lengths:
222-1452
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]