RnoINT0044334 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000021405 | Cyp2c7
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily c, polypeptide 7 [Source:RGD Symbol;Acc:620379]
Coordinates
chr1:148107754-148119857:-
Coord C1 exon
chr1:148119669-148119857
Coord A exon
chr1:148107917-148119668
Coord C2 exon
chr1:148107754-148107916
Length
11752 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
ATTTTCTTTCCTATTTCCAGTTT
3' ss Score
9.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GCATCAGTAAGGAGGGTCTCCATGGATCTGGTCACTTTCCTGGTACTTACTCTCTCCTCTCTCATTCTCCTCTCACTCTGGAGACAGAGCTCTAGGAGAAGGAAGCTCCCTCCTGGCCCCACTCCTCTCCCAATTATTGGTAATTTCCTCCAGATAGATGTGAAGAACATCAGCCAATCCTTAACCAAG
Seq A exon
GTAAGTATTGTCGGTGATCCTGTAATAACTTGATAAGGAAGATAAATTAGAACTTCTTTTAAATGAAAATATAGTACTGAAGACAGTAATGTTATAAATAATCATAAAGTCATACCTCTCACCAAGTATTGTGTAGCTTATGCCTTTTATAACTGGCACTTGTCAGGAATTGAATAATGAACAAGGTTTCATGTTGAAGAAAGTTAGGTCATGGCATTAATTTATTAATTATTTTAGTAACTCAAATCCTGACTGTAGTTTCTTCTTAGCTCTTCCTAATATTTGGTTGTGAGTTTCCATCTATTTCCAACTGCTGATTGTTGAAGCCTATCAGATGACAGTTATGCTAGTCTCATGTCTGTAAGTATAGCAGAATATCATTAATAGGGTCATGGATAGGCTTTTTCTTAAGGAATGTCTCTCAAGTTGGGCCAGGCATTGTTTGGTAATTTCTTCAAATTTTGCTCCAGCTTTATCCATGCACAACTTGTAGACATGAAAAATTGTGACTTGAAGGTTTTGTGGCTGGGATGGTGTCCCTGCCTGTCCACTAAAGTTTTGCCTGGTCTTAGCAGGTGGCTATTTTAGCGTCTATATCCCCTACTGAAACAGTTATGGCTACAGTCACCCTCATAGATTACTGGAGTTTCTATTTTACTAGGTTCCTAGCTTGTTCAAGAAGGATTTCTTTTCTTTTCTTTCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTCCCTCCCTTCCTCCCTTCCTTTCTCCCTTCCTTCCTCCCTCCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTCCTTTCTTCCTTCCTTTCTTTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTTCAATACACACCCCAGGGGATCAATGAGTTTGAGGCCCTTTCCATGTTCTCTCAGATAAATCATCTAAACTGACCCACGAGCCCAAGGCAAAAGAAGCAGTCATTAGAAGTCTGCCAACCAAAGATTAAAACAGGGGCAGAAGGAACACCCATTCAGAGCCCGCCCCACATGTGGCCCATACATATAGAGCCACCAAATTATACAAGATGGATGAAGCAAAGAAGTGCAGGCCGACAGGAACCGGATGTAGACCTCTCCTGAGAGCAACAGCCAGAATACAGCAAAGAAGCAGTCATTAGAAGTCTGCCAACCAAAGATTAAAACAGGGGCAGAAGGAACACCCATTCAGAGCCCGCCCCACATGTGGCCCATACATATAGAGCCACCAAATTATACAAGATGGATGAAGCAAAGAAGTGCAGGCCGACAGGAACCGGATGTAGACCTCTCCTGAGAGCAACAGCCAGAATACAGCAAATACATAGGCGAATGCCAGCAGCAAACCACTGAACTGAGAACGGTACCCCCATTGAAGGAATCAGAGAAAGGACTGGAAGAGCTTGAAGGGGCTCTCAACCTTACATGAACAACAATGCCAACCAACCAGAGCTTCCAGAGACTAAGCCACTACCCAAAGACTATACATGGACTGACCCTGGGCTCCAACCTCATAGGTAGCAATGAATAGCCTAGTAAGAGCACCAGTGGAAGGGGAAGCCCTTGGTCCTGCCAGACTGAACCCCCAGTGAACGTGATTGTTGGGAGGAGGGCAGTAATGGGGGGAGAATGTGGAGGGGAACACCCATATAGAAAGCGACGGGGAGGAGTTAGGGGGATGGTGGCCCAGAACCGGGAAATGGAATAACAATAAAATGTAAATAAAAAATACCCAAATTAATAAAGATGGAAAATAAAAGAATACTTAAAAAATATAAATGTTACCCCCTTTCCAGGTTTACTGTCCGTCAGCCCCATAACCCCTCCTCCCTTTCTGTAAGAGTGTTCCCCTTCCCATCCATCTCCCCCTAACCTCTGTAAACAATCCCCTGAACTGGGAGTCCAACCTTGGCAGGACCAAGGGCTTGCCCTTCCATTGGTACCCCAACAAGGCTATTCACAGCTACATGTGTAGTTGGAGCCCAAGGTCAGTCCATGTATTGACTTTGGGTGGTGGTTTAATTCCTGGAAGTGCTGGTTGGCTGTCATTGTTATTCTTTTGGGGTCGCAAGCCCCTTCAGCTCTTTCAATTCTTTATCTAATTCCTCCAACAGGGGTCCCATTCTCAGTTCAGTGGTTTGCTGCTAGCATTCACTTCTGTATTTGACACGTTCCGTTGTGTCTCTTGGGAGAGATCTATATCTGGTTCCTGTCATCATTCACTTCTTTGCTTCATGCATCTTATCTGTTTTGCTGGATATATGTTATATATATATATATATATATATATTATGAATGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCTCCAGGCATAAAAAGATATCTGATTGTATGCATACATATAATCTATTTTTGGGGGGGGATTTTAGAGTTATATAATATGATAACAACAAACTTCTTCTTTCTCTGCTGTAAATGATGAGAATAACCCTGACATTGGGCCACTGAAGTTCTGAACATTATAAAATAAATAAAGCTTTTTGACTCTAAGGTTAAAGAATATAATTATTAACTAGAGTCATGTTTATTTTTTGTGATAGTGGTTATCATCAATATATTTACATAATGAATAGTCAAGTAATTATGGACATAATAGTTCAGAATTGAGCTTTTGTTTATGTAGAAATGTCCTCCTTAGCCTCAGACATTTGAACACTAGGTACCCAGTTGGTACTGCTGTTTGGGAACACTTAGCTGGTATCAGTTATTGTTATTTTCTCTGTACAGAATCATGCTTAACCAGTTTCATATGTGCATTAGTGGAAAATGGAGAATCATGAAACTTTTCTTCAAGAATCTATAATAAAGTCAGGGTAATAAGCATGCTCGTTAGATATTCACAGTGGATTTTAAATTCTTCCAACTATGATCTGTGAGATACTGACAGTTCTTTTTGTTTCACCACCCTTAGAAAAAGAATAATGGTCTTTTATAATTGAGTAAAGATGTGTGACTGACATGTATGTTTTCTGTTCTTTGTTTTGTATTGGACAAGAGTAAAATAAGGAGCTATAAAGCATATGTATTGAAAAAATATGTTGGATGTTGTATGGATACACTTTTAGTATGCGATGATCTTGTGGATATGTAAATATATTTCTGGTTTATTGGGGCAATGTGGAAGAGTTTCGTTGGACCCTGTATGTTTGTTATAGTATGATTTTGTTAAAATAACTTTCTTGAGTATATACTATATCTAAGTAATATATTGACTTAGTCGTATATTCGAGGTTTTTGAATCTTAAAGTTTAGTTACCTGGGGTCAGCATTTGCCCTTTGCCCTTTAGAAATATTTGTTATTTTATTATCCGAACCTTCGCCAGGATAATCTTTGTGTTCCACACCCCAACTACGATTCCGTACTATGGCCAGATGTATATCTTCTAGCATATGAGTGGCAGAACGTTTCTGATATCCTGAAAGTGTCCAAATTCTGAGGCCATGAATTTCCTACTGTTTTTGTTCTCCTCCATTATACATACCTTGCGAGCTTTACAGACTATCCATTTTTCTTCCCTAGTTTTTTTTGCAATGAGTCGAGGTAATTGTCCTAGTGAGATTATTCCCTGAACTTTGCTGTGAGATACTCATTGTACGTGAAGCAGGTGGGGTTGTAGTGGCGATCATCTGTTCTGAACATCTCTGTAGAATCGCGTATGCTTCTAGGAACGACGCTTAGCATGTCCTCGTGATAGGTAAGTGTGGACAACCAAGAGATCATCGGGATGAATAGTAGAATCTGCGTTAATTATGCTAGTGCGTACTACTCATGTTCTATCGATGTACGTATATCCTCGAGCAGCATTATGGACCGACAAGAGTGTCATTGAGGTCGGTGTAAGTTCCTCTCAATTTAACACTGTAGGCCACGATTTCTCTCCCCAATGTATATTCGGTAATGTCTCCATTAGAATGTGATGAAGAATGATTCTGCTTTACCATTTGTCTTATCGATTCGAGTCTCCTTGTGGCTTCTATGTGTACCTTGGACTACTGTGTAAAATCATACACTCTGATAGACAAAGGGGGTAGTCAGCTGCTCTAGAAGTAAGCTTTGCTGGTTGTGGATGATACAATGGCTGTGCTTTCCTTCTTCTGATACTGCCCGCCCAGATTCTAAGCTAATGTCCATCATAAATTACGTGTCATCTAAACCGATCGTATGTGCTGTTCTCCTTTACACACCGCTAATTTGTGTAGCTTATGACTTCTAGTGCTTTATAGGAATTGGTCAGGATTGATATGAACAAGGTATTTGAGAAGTTAGGTCATGGCTTAATTTATTATTATTTTAGTACTCAAACTCCTGACTGTCGTTTTTTCTTAGTATTCTAATATTTTGGTTGTGTTTCATCTATTTCATGTAATTGTTGAGTATCGATTGACGTTTGCTGTTCATGTCTGTAGTATAGCAGGAGTATCATTAATAGGGTCATGGATAGGCTTTTATTTAAGGAATGTCTCTTAGTTGGCCAGGCATTGTTTGGTATTTTTCAATTTTGCTCCGTTTTCATGCACAATTGGAACATAAAATTGTGAGNNNNNTGTACCCCATTTCTTAATGGTGTTATTTGGCTCTCTGGATTCTAACATCTTGAGTTTTTGTATATTTTGGATATTAGCCCTCCATCGGATGTACAAGTGTTAAAGATATTTTCCAAATCTGTTGGTTACCGTTTGTTCTAATGACAGTGTTCTTTGCCTTACGGAAGCTTTGCAGTTTTTTGAGGTTCCATTTGTCAATACTTGATATTAGATTATAAGCCATTGGTGCTCTGTTCAGAAAAGTTTCCCCAGTGCCCATGTGTTCAAGACTCTTCCCTACTTTTTCTATTACTTTGAATGTATCTGGTCAGATGTGGAGAGAGTACTCTCCTCCTGTTTCTCAGAGTATATCTCCCCCCACTGTAAGTGATTTGGGTATAGGGAACGGTTTGACTGGTTAGTTCAGATCTG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Seq C2 exon
TTTTCAAAAACCTATGGCCCTGTGTTCACTCTGTATTTGGGCTCACAGCCCACTGTCATATTGCATGGATATGAAGCAATAAAGGAAGCTCTGATTGATAACGGGGAGAAGTTTTCTGGTAGAGGAAGCTATCCAATGATTGAAAATGTTACTAAAGGTTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000021405:ENSRNOT00000040325:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.018 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=PU(18.3=46.4)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(11.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]