RnoINT0131690 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005309 | Scn8a
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 8 [Source:RGD Symbol;Acc:3638]
Coordinates
chr7:142624194-142645126:+
Coord C1 exon
chr7:142624194-142624550
Coord A exon
chr7:142624551-142645087
Coord C2 exon
chr7:142645088-142645126
Length
20537 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAAA
5' ss Score
2.91
3' ss Seq
TCCCCCCCCCCTCCTCTAGGCAA
3' ss Score
-1.49
Exon sequences
Seq C1 exon
TCGCTGCTCAGCATTCCAGGCTCGCCCTTCCTCTCCCGACATAACAGCAAAAGCAGCATCTTCAGCTTCCGGGGACCCGGTCGGTTCCGGGACCCCGGCTCTGAGAATGAGTTCGCAGACGATGAACACAGCACCGTGGAGGAGAGCGAGGGCCGGCGTGACTCGCTCTTCATCCCGATCCGCGCCCGCGAGCGCCGCAGCAGCTACAGTGGCTACAGCGGCTACAGCCAGTGCAGCCGCTCGTCGCGCATCTTCCCCAGCCTGCGGCGCAGCGTGAAGCGCAACAGCACGGTGGACTGCAACGGCGTGGTGTCACTCATCGGGCCCGGCTCACACATCGGGCGGCTCCTGCCTGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CAACGACTGAGGTGGAAATTAAGAAGAAAGGCCCTGGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005309:ENSRNOT00000008160:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.312 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0310514=SPX=PD(31.9=54.6),PF119333=DUF3451=FE(47.8=100)
A:
PF119333=DUF3451=FE(5.3=100)
C2:
PF119333=DUF3451=PD(1.0=50.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]